Apache Hudi在医疗大数据中的应用

本文涉及的产品
实时计算 Flink 版,5000CU*H 3个月
云原生大数据计算服务 MaxCompute,5000CU*H 100GB 3个月
云原生大数据计算服务MaxCompute,500CU*H 100GB 3个月
简介: 本篇文章主要介绍Hudi在医疗大数据中的应用,主要分为5个部分进行介绍:1. 建设背景,2. 为什么选择Hudi,3. Hudi数据同步,4. 存储类型选择及查询优化,5. 未来发展与思考。

1. 建设背景


我们公司主要为医院建立大数据应用平台,需要从各个医院系统中抽取数据建立大数据平台。如医院信息系统,实验室(检验科)信息系统,体检信息系统,临床信息系统,放射科信息管理系统,电子病例系统等等。

10.png

在这么多系统中构建大数据平台有哪些痛点呢?大致列举如下。

  • 接入的数据库多样化。其中包括很多系统,而系统又是基于不同数据库进行开发的,所以要支持的数据库比较多,例如MySQL,Oracle,Mongo db,SQLServer,Cache等等。
  • 统一数据建模。针对不同的医院不同的系统里面的表结构,字段含义都不一样,但是最终数据模型是一定的要应用到大数据产品上的,这样需要考虑数据模型的量化。
  • 数据量级差别巨大。不一样的医院,不一样的系统,库和表都有着很大的数据量差异,处理方式是需要考虑兼容多种场景的。
  • 数据的时效性。数据应用产品需要提供更高效的实时应用分析,这也是数据产品的核心竞争力。


2. 为什么选择Hudi


我们早期的数据合并方案,如下图所示

11.png

即先通过binlog解析工具进行日志解析,解析后变为JSON数据格式发送到Kafka 队列中,通过Spark Streaming 进行数据消费写入HBase,由HBase完成数据CDC操作,HBase即我们ODS数据层。由于HBase 无法提供复杂关联查询,这对后续的数据仓库建模并不是很友好,所以我们设计了HBase二级索引来解决两个问题:1. 增量数据的快速拉取,2. 解决数据的一致性。然后就是自研ETL工具通过DataX 根据最后更新时间增量拉取数据到Hadoop ,最后通过Impala数据模型建模后写入Greenplum提供数据产品查询。

上述方案面临了如下几个问题

  • 数据流程环节复杂,数据要经过Kafka,HBase,Hdfs,Impala。
  • 数据校验困难,每层数据质量校验比较麻烦。
  • 数据存储冗余,HBase存储一份,Hive Hdfs 也存储一份。
  • 查询负载高,HBase表有上限一旦表比较多,维护的Region个数就比较多,Region Server 容易出现频繁GC。
  • 时效性不高,流程长不能保证每张表都能在10分钟内同步,有些数据表有滞后现象。

12.png

面对上述的问题,我们开始调研开源的实现方案,然后选择了Hudi,选择Hudi 优势如下

  • 多种模式的选择。目前Hudi 提供了两种模式:Copy On Write和Merge On Read,针对不同的应用场景,可选择不同模式,并且每种模式还提供不同视图查询,。
  • 支持多种查询引擎。Hudi 提供Hive,Spark SQL,presto、Impala 等查询方式,应用选择更多。
  • Hudi现在只是Spark的一个库, Hudi为Spark提供format写入接口,相当于Spark的一个库,而Spark在大数据领域广泛使用。
  • Hudi 支持多种索引。目前Hudi 支持索引类型HBASE,INMEMORY,BLOOM,GLOBAL_BLOOM 四种索引以及用户自定义索引以加速查询性能,避免不必要的文件扫描。
  • 存储优势, Hudi 使用Parquet列式存储,并带有小文合并功能。


3. Hudi 数据同步


Hudi数据同步主要分为两个部分:1. 初始化全量数据离线同步;2. 近实时数据同步。

13.png

离线同步方面:主要是使用DataX根据业务时间多线程拉取,避免一次请求过大数据和使用数据库驱动JDBC拉取数据慢问题,另外我们也实现多种datax 插件来支持各种数据源,其中包括Hudi的写入插件。

14.png

近实时同步方面:主要是多表通过JSON的方式写入Kafka,在通过Flink多输出写入到Hdfs目录,Flink会根据binlog json的更新时间划分时间间隔,比如0点0分到0点5分的数据在一个目录,0点5分到0点10分数据一个目录,根据数据实时要求选择目录时间的间隔。接着通过另外一个服务轮询监控Hdfs是否有新目录生成,然后调用Hudi Merge脚本任务。运行任务都是提交到线程池,可以根据集群的资源调整并合并的数量。

这里可能大家有疑问,为什么不是Kafka 直接写入Hudi ?官方是有这样例子,但是是基于单表的写入,如果表的数据多达上万张时怎么处理?不可能创建几万个Topic。还有就是分流的时候是无法使用Spark Write进行直接写入。


4. 存储类型选择及查询优化


我们根据自身业务场景,选择了Copy On Write模式,主要出于以下两个方面考虑。

  • 查询时的延迟,
  • 基于读优化视图增量模式的使用。

关于使用Spark SQL查询Hudi也还是SQL拆分和优化、设置合理分区个数(Hudi可自定义分区可实现上层接口),提升Job并行度、小表的广播变量、防止数据倾斜参数等等。

关于使用Presto查询测试比Spark SQL要快3倍,合理的分区对优化非常重要,Presto 不支持Copy On Write 增量视图,在此基础我们修改了hive-hadoop2插件以支持增量模式,减少文件的扫描。


5. 未来发展与思考


  • 离线同步接入类似于FlinkX框架,有助于资源统一管理。FlinkX是参考了DataX的配置方式,把配置转化为Flink 任务运行完成数据的同步。Flink可运行在Yarn上也方便资源统一管理。
  • Spark消费可以支持多输出写入,避免需要落地Hdfs再次导入。这里需要考虑如果多表传输过来有数据倾斜的问题,还有Hudi 的写入不仅仅只有Parquert数据写入,还包括元数据写入、布隆索引的变更、数据合并逻辑等,如果大表合并比较慢会影响上游的消费速度。
  • Flink对Hudi的支持,社区正在推进这块的代码合入。
  • 更多参与社区,希望Hudi社区越来越好。
相关实践学习
基于MaxCompute的热门话题分析
本实验围绕社交用户发布的文章做了详尽的分析,通过分析能得到用户群体年龄分布,性别分布,地理位置分布,以及热门话题的热度。
SaaS 模式云数据仓库必修课
本课程由阿里云开发者社区和阿里云大数据团队共同出品,是SaaS模式云原生数据仓库领导者MaxCompute核心课程。本课程由阿里云资深产品和技术专家们从概念到方法,从场景到实践,体系化的将阿里巴巴飞天大数据平台10多年的经过验证的方法与实践深入浅出的讲给开发者们。帮助大数据开发者快速了解并掌握SaaS模式的云原生的数据仓库,助力开发者学习了解先进的技术栈,并能在实际业务中敏捷的进行大数据分析,赋能企业业务。 通过本课程可以了解SaaS模式云原生数据仓库领导者MaxCompute核心功能及典型适用场景,可应用MaxCompute实现数仓搭建,快速进行大数据分析。适合大数据工程师、大数据分析师 大量数据需要处理、存储和管理,需要搭建数据仓库?学它! 没有足够人员和经验来运维大数据平台,不想自建IDC买机器,需要免运维的大数据平台?会SQL就等于会大数据?学它! 想知道大数据用得对不对,想用更少的钱得到持续演进的数仓能力?获得极致弹性的计算资源和更好的性能,以及持续保护数据安全的生产环境?学它! 想要获得灵活的分析能力,快速洞察数据规律特征?想要兼得数据湖的灵活性与数据仓库的成长性?学它! 出品人:阿里云大数据产品及研发团队专家 产品 MaxCompute 官网 https://www.aliyun.com/product/odps 
目录
相关文章
|
1月前
|
消息中间件 数据挖掘 Kafka
Apache Kafka流处理实战:构建实时数据分析应用
【10月更文挑战第24天】在当今这个数据爆炸的时代,能够快速准确地处理实时数据变得尤为重要。无论是金融交易监控、网络行为分析还是物联网设备的数据收集,实时数据处理技术都是不可或缺的一部分。Apache Kafka作为一款高性能的消息队列系统,不仅支持传统的消息传递模式,还提供了强大的流处理能力,能够帮助开发者构建高效、可扩展的实时数据分析应用。
91 5
|
2月前
|
SQL 存储 分布式计算
ODPS技术架构深度剖析与实战指南——从零开始掌握阿里巴巴大数据处理平台的核心要义与应用技巧
【10月更文挑战第9天】ODPS是阿里巴巴推出的大数据处理平台,支持海量数据的存储与计算,适用于数据仓库、数据挖掘等场景。其核心组件涵盖数据存储、计算引擎、任务调度、资源管理和用户界面,确保数据处理的稳定、安全与高效。通过创建项目、上传数据、编写SQL或MapReduce程序,用户可轻松完成复杂的数据处理任务。示例展示了如何使用ODPS SQL查询每个用户的最早登录时间。
169 1
|
2月前
|
消息中间件 分布式计算 大数据
大数据-166 Apache Kylin Cube 流式构建 整体流程详细记录
大数据-166 Apache Kylin Cube 流式构建 整体流程详细记录
81 5
|
23天前
|
机器学习/深度学习 人工智能 运维
智能化运维:AI与大数据在IT运维中的应用探索####
本文旨在探讨人工智能(AI)与大数据分析技术如何革新传统IT运维模式,提升运维效率与服务质量。通过具体案例分析,揭示AI算法在故障预测、异常检测及自动化修复等方面的实际应用成效,同时阐述大数据如何助力实现精准运维管理,降低运营成本,提升用户体验。文章还将简要讨论实施智能化运维面临的挑战与未来发展趋势,为IT管理者提供决策参考。 ####
|
29天前
|
消息中间件 Java Kafka
Spring Boot 与 Apache Kafka 集成详解:构建高效消息驱动应用
Spring Boot 与 Apache Kafka 集成详解:构建高效消息驱动应用
43 1
|
1月前
|
机器学习/深度学习 存储 大数据
云计算与大数据技术的融合应用
云计算与大数据技术的融合应用
|
2月前
|
分布式计算 大数据 Apache
利用.NET进行大数据处理:Apache Spark与.NET for Apache Spark
【10月更文挑战第15天】随着大数据成为企业决策和技术创新的关键驱动力,Apache Spark作为高效的大数据处理引擎,广受青睐。然而,.NET开发者面临使用Spark的门槛。本文介绍.NET for Apache Spark,展示如何通过C#和F#等.NET语言,结合Spark的强大功能进行大数据处理,简化开发流程并提升效率。示例代码演示了读取CSV文件及统计分析的基本操作,突显了.NET for Apache Spark的易用性和强大功能。
65 1
ly~
|
2月前
|
供应链 搜索推荐 安全
大数据模型的应用
大数据模型在多个领域均有广泛应用。在金融领域,它可用于风险评估与预测、智能营销及反欺诈检测,助力金融机构做出更加精准的决策;在医疗领域,大数据模型能够协助疾病诊断与预测、优化医疗资源管理和加速药物研发;在交通领域,该技术有助于交通流量预测、智能交通管理和物流管理,从而提升整体交通效率;电商领域则借助大数据模型实现商品推荐、库存管理和价格优化,增强用户体验与企业效益;此外,在能源和制造业中,大数据模型的应用范围涵盖从需求预测到设备故障预测等多个方面,全面推动了行业的智能化转型与升级。
ly~
214 2
|
2月前
|
存储 大数据 分布式数据库
大数据-165 Apache Kylin Cube优化 案例 2 定义衍生维度及对比 & 聚合组 & RowKeys
大数据-165 Apache Kylin Cube优化 案例 2 定义衍生维度及对比 & 聚合组 & RowKeys
49 1

推荐镜像

更多