八、Linux Shell 脚本：变量与字符串
Shell脚本里的变量就像一个个贴着标签的“箱子”。装东西（赋值）时，=两边千万不能有空格。用单引号''装进去的东西会原封不动，用双引号""则会让里面的$变量先“变身”再装箱。默认箱子只能在当前“房间”（Shell进程）用，想让隔壁房间（子进程）也能看到，就得给箱子盖个export的“出口”戳。此外，Shell还自带了$?（上条命令的成绩单）和$1（别人递进来的第一个包裹）等许多特殊箱子，非常有用。
七、Linux Shell 与脚本基础
别再一遍遍地敲重复的命令了，把它们写进Shell脚本，就能一键搞定。脚本本质上就是个存着一堆命令的文本文件，但要让它“活”起来，有几个关键点：文件开头最好用#!/usr/bin/env bash来指定解释器，并用chmod +x给它执行权限。执行时也有讲究：./script.sh是在一个新“房间”（子Shell）里跑，不影响你；而source script.sh是在当前“房间”里跑，适合用来加载环境变量和配置文件。
六、Linux核心服务与包管理
在没有网络的情况下，使用系统安装光盘是获取RPM包的常用方法。场景二：配置本地文件镜像源 (使用系统安装光盘/ISO)(检查RPM包的GPG签名以保证安全) 或。YUM/DNF包管理工具 (yum/dnf)(此处可以放置您为本主题制作的思维导图)处理依赖问题的危险选项 (应极力避免)(覆盖文件、替换已安装包)。(list) 则是列出文件。(query file) 是。(假设系统安装光盘已挂载到。信息 (verbose)。(upgrade) 选项。(all) 已安装的包。(package) 选项
Sentieon | 小麦全基因组（WGS）分析流程
今天给大家介绍的是基于 Sentieon 软件开发的用于小麦全基因组测序数据的自动化流程脚本。该流程实现了从原始测序数据（FASTQ）到变异检测结果（GVCF）以及joint calling的完整分析流程，支持多个测序平台和输出格式。
脚本支持原始测序数据（raw_fastq）、过滤后的测序数据（clean_fastq），进行质控、比对、排序、标记重复、生成质量评估指标，最终通过Haplotyper 算法进行变异检测，输出 gVCF 文件。
测试小麦样本平均测序深度7.55x，从FastQ到VCF全流程分析最快用时1.4个小时，大幅缩短小麦全基因组WGS分析时间，有效加快小麦的分子育种。