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Cytoscape网络可视化 | 以WGCNA结果的网络可视化为例
R实战 | Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制
跟着Nat Commun学作图 | Post-hoc图(Extended error bar plot)
R实战 | 森林图绘制
autoReg | 自动线性和逻辑回归和生存分析
跟着Cell学作图 | 双曲线火山图
Q&A | 热图的单元格颜色和数值标签可以不一一对应吗?
跟着 Nat Med. 学作图 | GSVA+limma差异通路分析+发散条形图
Seurat 4.0 | 单细胞转录组数据整合(scRNA-seq integration)
R实战| 雷达图(Radar Chart)
跟着Cell学作图 | Proteomaps图
GOplot | 更美观的富集分析可视化
R实战 | 山脊图(ridgeline plot)
木舟总结 | 2021年推文笔记分类汇总
R实战|卡方检验及其可视化
WGCNA 简明指南|3.使用WGCNA实现网络可视化
分享一篇 Science 里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法
WGCNA 简明指南|2. 模块与性状关联分析并识别重要基因
WGCNA 简明指南|1. 基因共表达网络构建及模块识别
Nature Reviews Genetics | 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱
R实战 | 对称云雨图 + 箱线图 + 配对散点 + 误差棒图 +均值连线
Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析
R 实战| 几种常用的绘制离散变量热图/方块图/华夫图的方法
跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析
R实战 | 利用upset展示实验设计分组(ggupset)
跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图
跟着Nat Commun学作图 | 2.时间线图
R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析
跟着Nat Commun学作图 | 1.批量箱线图+散点+差异分析
R实战 | OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化
跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图
很多时候,在用中位数/均数、四分位数等特殊位置为截点时,生存分析往往没有差异。这个时候常常需要找到一个最佳截点使得生存分析有差异。常用的选取生存分析的最佳截断有很多种方法,如X-tile软件、R的CatPredi包、cutoff包。今天给大家介绍的是survminer 包的surv_cutpoint()函数。
Q&A | 如何用R批量绘制并导出生存曲线图
R实战 | 文章第一表:三线表的绘制
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R绘图基础指南 | 3. 散点图
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R绘图基础指南 | 3. 散点图(三)
R绘图基础指南 | 2.折线图
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R绘图基础指南 | 1.条形图
ggcor | 相关分析和可视化的扩展工具
跟着Cell学作图 | 13.随机森林分类及其可视化(R包randomForest)
Nat Commun&JAMA INTERN MED|浅析两篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章
ImportError: DLL load failed while importing qhull: 找不到指定的模块。问题解决!
跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)
单组学的多变量分析| 2.稀疏偏最小二乘判别分析(sPLS-DA)
这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中同一个软件(IPA)做的两张图。
单组学的多变量分析|1.PCA和PLS-DA
R 中的 IF, ELSE, ELSE IF 语句的简单用法