读图
蛋白质组图显示蛋白质组的定量组成，重点关注蛋白质的功能。它们是根据蛋白质组数据和KEGG通路基因分类自动建立的。每个蛋白质用一个多边形表示，功能相关的蛋白质排列在共同区域。为了强调高表达的蛋白质，多边形区域代表蛋白质丰度，以蛋白质大小加权。
本文的图显示，TIL(tumor infiltrating lymphocyte )治疗 和Anti- PD1(pro-grammed death 1) 治疗的有反应组(Responders)和无反应组(Non-responders)的差异蛋白(DEPS)的KEGG富集情况。图谱显示TIL处理后DEPS的KEGG通路与抗PD1处理的DEPS的KEGG通路高度相似。
示例数据
使用两列tsv格式(TAB分隔)。第一列为基因名称/蛋白质uniprot ID，第二列为相对面积大小/丰度值。两列之间以TAB分隔。
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使用Proteomaps，需引用：
[1] Liebermeister W., Noor E., Flamholz A., Davidi D., Bernhardt J., and Milo R. (2014), Visual account of protein investment in cellular functions. PNAS 111 (23), 8488-8493.
