跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)

简介: 跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)

1韦恩图


维恩图(Venn diagram),或译Venn图、文氏图、温氏图、韦恩图,是在所谓的集合论或者类的理论数学分支中,在不太严格的意义下用以表示集合(或类)的一种草图。维恩图是科研文章中最常见的图形了,可以表示多个数据集之间的交互作用。


因为常用,所以有非常多的工具。如,


在线网站


VENN DIAGRAMS(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/


Venny2.1(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html


BioVenn(http://www.biovenn.nl/


DeepVenn(http://www.deepvenn.com/


常用R包


VennDiagram


ggvenn


ggVennDiagram


等等。


大家根据需要,挑选自己喜欢的工具即可。本教程中,我将会使用Vennerable进行绘制。


2绘制


值得注意的是本图中的圆圈大小与个数是成比例的,而不是等圆。

BiocManager::install("RBGL") #安装依赖包
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安装Vennerable包
library(Vennerable) #加载
data(StemCell) #使用内置的数据集
str(StemCell)
Vstem <- Venn(StemCell)
Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)

image.png


导出pdf或svg格式图片,简单经过AI(Adobe Illustrator)加工后,出图。

image.png


image.png

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