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SFINX: 一个基于Shiny部署的鉴定蛋白互作关系平台
目前研究蛋白质互作方法有很多,传统的方法是将天然蛋白免疫沉淀与质谱检测结合(CoIP-MS),另外流行的还有亲和纯化/质谱法(AP-MS),与CO-IP类似,它使用感兴趣的诱饵蛋白(bait proteins)上的表位标签和捕获探针来识别协同的猎物蛋白,不需要为每个新的诱饵蛋白购买或者开发特定抗体,得到的融合蛋白可以用链霉亲和素(strep)磁珠来亲和纯化,用生物素洗脱最终得到蛋白复合物。
基于R语言绘制Network几种方式
平时对于网络图的绘制,一般我们都会在R中生成边和点列表后导入到Cytoscape和Gephi等的本地工具软件当中,而R语言中也自带有不少优秀的包也可精美的可视化我们的数据,所有函数也比较简单,有时间的不妨学习一下~~
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