阿里云架构师朱波:云上高性能计算加速药物研发

简介: 资源的弹性供应能力、灵活的定价模式以及高效的运维管理。

摘要:本文整理自阿里云行业解决方案架构师朱波(默苍),在阿里云云计算情报局的分享。本篇内容主要分为三个部分:

1. 深势科技简介

2. 深势科技E-HPC最佳实践

3. 总结


01 深势科技简介


1.png 



深势科技具有科研与产业落地能力。公司的科研队伍由物理建模、数值算法、机器学习、高性能计算,以及药物和材料计算等多个领域构成。自研的新一代分子模拟算法在保持量子力学精度的基础上,结合高性能计算,能够对数十亿原子规模的体系进行量子力学精度的计算模拟。


深势科技运用人工智能和分子模拟算法,结合先进计算手段求解重要科学问题,为人类文明最基础的生物医药、能源、材料和信息科学与工程研究打造新一代微尺度工业设计和仿真平台。

 

02 深势科技E-HPC最佳实践

image.gif

2.png


深势科技药物设计平台是基于人工智能、物理建模和高性能计算的新一代药物设计平台。平台提供包括结构建模、靶点发现、虚拟筛选、分子推荐、结合亲和力评估和大分子药物设计等临床前药物发现阶段的各类场景的完整解决方案,提供一站式的计算服务。

image.gif3.png


深势科技的业务需求主要有三点:


第一,深势科技的业务量波动较大,希望能够提供基于作业负载的弹性伸缩能力,最大化利用计算资源。


第二,高性能运维管理。深势科技有大量超算集群,算力资源调度和算力资源管理是刚需,由于集群的作业量很大,深势科技希望提供作业细力度的费用账单,便于计费。


第三,高性价比。深势科技作为初创企业,追求高性价比,希望以较低成本完成有效计算。


阿里云凭借领先的产品和技术支持,成为深势科技的选择。首先,针对弹性问题,阿里云超大规模的CPU,GPU,算力资源池和弹性供应能力,能随时响应客户的各种计算需求


阿里云是国内少有提供云上高弹性、高性能计算平台E-HPC的云厂商。阿里云E-HPC集群的自动伸缩能力,超越传统超算的静态资源分配,用户可根据负载,实现按需扩容或缩容。


通过自定义设置,有效提升作业吞吐量,加快作业处理速度,极大提升集群的利用率。


其次,针对高效运维管理问题,阿里云的自动运维可视化管理技术,E-HPC可为客户提供集权管理、作业管理、用户管理和可视化的能力。在不改变科学计算业务使用习惯的同时,提供更高效的弹性集群调度服务,更好地使用算力资源。


阿里云平台实现对集群的主动运维。热升级、迁移及自动化运维的应用性,让深势科技无需管理硬件资源的生命周期,提升集群管理效率。让客户能够专注于应用与科研本身,更加便捷的使用云超算带来的便利。


与此同时,基于费用中心的账单,E-HPC提供开源计费工具,支持作业细力度的费用统计,高效解决计费需求。


针对高性价比的需求,阿里云上的算力资源有灵活的定价模式,可以按需按量计费。用更灵活的购买方式,综合优化算力成本。阿里云的解决方案满足了深势科技,低成本构建高可用算力集群的需求。


通过加阿里云算力集群,平均每条管线的合成规模由上千缩小到数十,大幅度降低合成成本,减少定制合成的等待时间。

4.png


Uni-Fold克服了AlphaFold2未开源训练代码、硬件支持单一、模型不可商用等局限性。在训练与推理环节进行了NVIDIA GPU上的适配、性能优化及功能完善。

image.gif5.png


Hermite Uni-FEP能够精准预测,蛋白-配体结合的能力。已有蛋白-配体的共晶结构,在药化家经验指导下,对初始配体分子进行改造修饰,借助FEP精确计算改造前后的亲和力差异,代替非必要的实验,实现降本增效。


E-HPC实现多节点并行计算,作业调度器解决计算资源的弹性管理和任务调度。

 

03 总结

image.gif6.png

image.gif


阿里云高性能计算,为生命科学行业提供了海量的弹性计算能力、便捷的资源任务管理工具、高效的数据存储和分析报表,有效支撑生命科学行业需求,保障业务有序高效进行。


阿里云与深势科技共同打造了成本更低、算力更优的云上生命科学计算平台,实现算力普惠,未来也将共同实现更大的梦想,让生命科学产业与云计算技术的融合更深入。


点击这里,观看嘉宾的演讲视频回放。


相关文章
|
12天前
|
人工智能 云计算 网络架构
阿里云引领智算集群网络架构的新一轮变革
11月8日~10日在江苏张家港召开的CCF ChinaNet(即中国网络大会)上,众多院士、教授和业界技术领袖齐聚一堂,畅谈网络未来的发展方向,聚焦智算集群网络的创新变革。
阿里云引领智算集群网络架构的新一轮变革
|
12天前
|
人工智能 运维 网络架构
阿里云引领智算集群网络架构的新一轮变革
11月8日至10日,CCF ChinaNet(中国网络大会)在江苏张家港召开,众多院士、教授和技术领袖共聚一堂,探讨网络未来发展方向。阿里云研发副总裁蔡德忠发表主题演讲,展望智算技术发展趋势,提出智算网络架构变革的新思路,发布高通量以太网协议和ENode+超节点系统规划,引起广泛关注。阿里云HPN7.0引领智算以太网生态蓬勃发展,成为业界标杆。未来,X10规模的智算集群将面临新的挑战,Ethernet将成为主流方案,推动Scale up与Scale out的融合架构,提升整体系统性能。
|
16天前
|
存储 人工智能 调度
阿里云吴结生:高性能计算持续创新,响应数据+AI时代的多元化负载需求
在数字化转型的大潮中,每家公司都在积极探索如何利用数据驱动业务增长,而AI技术的快速发展更是加速了这一进程。
|
11天前
|
存储 人工智能 大数据
阿里云吴结生:高性能计算持续创新,响应数据+AI时代的多元化负载需求
在数字化转型的大潮中,每家公司都在积极探索如何利用数据驱动业务增长,而AI技术的快速发展更是加速了这一进程。
|
18天前
|
存储 人工智能 弹性计算
对话阿里云吴结生:AI时代,云上高性能计算的创新发展
在阿里云智能集团副总裁,弹性计算产品线负责人、存储产品线负责人 吴结生看来,如今已经有很多行业应用了高性能计算,且高性能计算的负载正呈现出多样化发展的趋势,“当下,很多基础模型的预训练、自动驾驶、生命科学,以及工业制造、半导体芯片等行业和领域都应用了高性能计算。”吴结生指出。
|
1月前
|
分布式计算 大数据 Serverless
云栖实录 | 开源大数据全面升级:Native 核心引擎、Serverless 化、湖仓架构引领云上大数据发展
在2024云栖大会开源大数据专场上,阿里云宣布推出实时计算Flink产品的新一代向量化流计算引擎Flash,该引擎100%兼容Apache Flink标准,性能提升5-10倍,助力企业降本增效。此外,EMR Serverless Spark产品启动商业化,提供全托管Serverless服务,性能提升300%,并支持弹性伸缩与按量付费。七猫免费小说也分享了其在云上数据仓库治理的成功实践。其次 Flink Forward Asia 2024 将于11月在上海举行,欢迎报名参加。
179 1
云栖实录 | 开源大数据全面升级:Native 核心引擎、Serverless 化、湖仓架构引领云上大数据发展
|
16天前
|
机器学习/深度学习 人工智能 弹性计算
阿里云AI服务器价格表_GPU服务器租赁费用_AI人工智能高性能计算推理
阿里云AI服务器提供多种配置选项,包括CPU+GPU、CPU+FPGA等组合,支持高性能计算需求。本文汇总了阿里云GPU服务器的价格信息,涵盖NVIDIA A10、V100、T4、P4、P100等多款GPU卡,适用于人工智能、机器学习和深度学习等场景。详细价格表和实例规格见文内图表。
|
2月前
|
Cloud Native Java 编译器
将基于x86架构平台的应用迁移到阿里云倚天实例云服务器参考
随着云计算技术的不断发展,云服务商们不断推出高性能、高可用的云服务器实例,以满足企业日益增长的计算需求。阿里云推出的倚天实例,凭借其基于ARM架构的倚天710处理器,提供了卓越的计算能力和能效比,特别适用于云原生、高性能计算等场景。然而,有的用户需要将传统基于x86平台的应用迁移到倚天实例上,本文将介绍如何将基于x86架构平台的应用迁移到阿里云倚天实例的服务器上,帮助开发者和企业用户顺利完成迁移工作,享受更高效、更经济的云服务。
将基于x86架构平台的应用迁移到阿里云倚天实例云服务器参考
|
2月前
|
缓存 Kubernetes Java
阿里云 SAE Web:百毫秒高弹性的实时事件中心的架构和挑战
SAE 事件中心通过智能诊断显示通知与用户连接起来,SAE WEB 百毫秒弹性实例给事件中心带来了新的实时性、海量数据和高吞吐的挑战,本篇将带您了解 SAE 整体事件中心的架构和挑战。
147 10
|
3月前
|
机器学习/深度学习 人工智能 弹性计算
阿里云AI服务器价格表_GPU服务器租赁费用_AI人工智能高性能计算推理
阿里云AI服务器提供多样化的选择,包括CPU+GPU、CPU+FPGA等多种配置,适用于人工智能、机器学习和深度学习等计算密集型任务。其中,GPU服务器整合高性能CPU平台,单实例可实现最高5PFLOPS的混合精度计算能力。根据不同GPU类型(如NVIDIA A10、V100、T4等)和应用场景(如AI训练、推理、科学计算等),价格从数百到数千元不等。详情及更多实例规格可见阿里云官方页面。
251 1