图解大数据 | GraphFrames @基于图的数据分析挖掘

作者：韩信子@ShowMeAI
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1.GraphFrames介绍

由Databricks、UC Berkeley以及MIT联合为Apache Spark开发了一款图处理类库，名为GraphFrames。该类库构建在DataFrame之上，既能利用DataFrame良好的扩展性和强大的性能，同时也为Scala、Java和Python提供了统一的图处理API。

1） Spark对图计算的支持

Spark从最开始的关系型数据查询，到图算法实现，到GraphFrames库可以完成图查询。

2） GraphFrames的优势

GraphFrames是类似于Spark的GraphX库，支持图处理。但GraphFrames建立在Spark DataFrame之上，具有以下重要的优势：

• 支持Scala，Java 和Python AP：GraphFrames提供统一的三种编程语言APIs，而GraphX的所有算法支持Python和Java。
• 方便、简单的图查询：GraphFrames允许用户使用Spark SQL和DataFrame的API查询。
• 支持导出和导入图：GraphFrames支持DataFrame数据源，使得可以读取和写入多种格式的图，比如Parquet、JSON和CSV格式。

2.构建GraphFrames

• 获取数据集与代码 → ShowMeAI的官方GitHub https://github.com/ShowMeAI-Hub/awesome-AI-cheatsheets
• 运行代码段与学习 → 在线编程环境 http://blog.showmeai.tech/python3-compiler

以航班分析为例，我们需要构建GraphFrames：

• ① 先把数据读取成DataFrame。
• ② 再通过DataFrame查询，构建出点和边。
• ③ 再通过点和边构建GraphFrames。

# Create Vertices (airports) and Edges (flights)
tripVertices=airports.withColumnRenamed("IATA","id").distinct()
tripEdges=departureDelays
   .select("tripid","delay","src","dst","city_dst","state_dst")

# This GraphFrame builds upon the vertices and edges based on our trips (flights)
tripGraph=GraphFrame(tripVertices, tripEdges)

3.简单query与数据分析

1） 查询机场个数和行程个数

# 查询机场个数和行程个数（查询节点和边的个数）
print("Airports:", tripGraph.vertices.count())
print("Trips:", tripGraph.edges.count())

2） 查询最长的航班延迟

# 查询最长延误时间（通过分组统计完成）
longestDelay = tripGraph.edges.groupby().max("delay")

3） 晚点与准点航班分析

# 晚点与准点航班分析（通过数据选择与过滤，进行边的分析）
print "On-time / Early Flights: %d" % tripGraph.edges.filter("delay <= 0").count()
print "Delayed Flights: %d" % tripGraph.edges.filter("delay > 0").count()

4）从旧金山出发的飞机中延迟最严重的航班

# 从旧金山出发的飞机中延迟最严重的航班（数据选择+边分析+分组统计）
tripGraph.edges.filter(“src = ‘SFO’ and delay > 0”).groupBy(“src”, “dst”).avg(“delay”).sort(desc(“avg(delay)”))

4.图中点与边相关计算

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1） 图中度的分析

在航班案例中：入度：抵达本机场的航班数量；出度：从本机场出发的航班数量；度：连接数量。

display(tripGraph.degrees.sort(desc("degree")).limit(20))

2） 图中边的分析

边的分析，通常是对成对的数据进行统计分析的

import pyspark.sql.functions as func 
topTrips = tripGraph.edges.groupBy("src", "dst").agg(func.count("delay").alias("trips"))

5.图入度与出度相关应用

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1） 入度出度对图进一步分析

通过入度和出度分析中转站：入度/出度≈1，中转站；入度/出度>1，出发站；入度/出度<1，抵达站。

# Calculate the inDeg (flights into the airport) and outDeg (flights leaving the airport) 
inDeg = tripGraph.inDegrees 
outDeg = tripGraph.outDegrees 

# Calculate the degreeRatio (inDeg/outDeg) 
degreeRatio = inDeg.join(outDeg, inDeg.id == outDeg.id).drop(outDeg.id).selectExpr("id", "double(inDegree)/double(outDegree) as degreeRatio").cache() 

# Join back to the `airports` DataFrame (instead of registering temp table as above) 
nonTransferAirports = degreeRatio.join(airports, degreeRatio.id == airports.IATA) \ 
    .selectExpr("id", "city", "degreeRatio").filter("degreeRatio < .9 or degreeRatio > 1.1") 

# List out the city airports which have abnormal degree ratios. 
display(nonTransferAirports)

# Join back to the `airports` DataFrame (instead of registering temp table as above) 
transferAirports = degreeRatio.join(airports, degreeRatio.id == airports.IATA) \ 
    .selectExpr("id", "city", "degreeRatio").filter("degreeRatio between 0.9 and 1.1") 

# List out the top 10 transfer city airports 
display(transferAirports.orderBy("degreeRatio").limit(10))

2） 广度优先搜索

通过广度优先搜索，可以对图中的两个点进行关联查询：比如我们查询从旧金山到布法罗，中间有一次中转的航班。

# Example 1: Direct Seattle to San Francisco 
filteredPaths = tripGraph.bfs(fromExpr = "id = 'SEA'", toExpr = "id = 'SFO'", maxPathLength = 1) 
display(filteredPaths) 

# Example 2: Direct San Francisco and Buffalo 
filteredPaths = tripGraph.bfs(fromExpr = "id = 'SFO'", toExpr = "id = 'BUF'", maxPathLength = 1) 
display(filteredPaths) 

# Example 2a: Flying from San Francisco to Buffalo 
filteredPaths = tripGraph.bfs(fromExpr = "id = 'SFO'", toExpr = "id = 'BUF'", maxPathLength = 2) 
display(filteredPaths)

6.Pagerank算法与相关应用

可以通过pagerank算法进行机场排序：每个机场都会作为始发站和终点站很多次，可以通过pagerank算法对其重要度进行排序。

# Determining Airport ranking of importance using `pageRank` 
ranks = tripGraph.pageRank(resetProbability=0.15, maxIter=5) 
display(ranks.vertices.orderBy(ranks.vertices.pagerank.desc()).limit(20))

参考资料

• 数据科学工具速查 | Spark使用指南(RDD版) http://www.showmeai.tech/article-detail/106
• 数据科学工具速查 | Spark使用指南(SQL版) http://www.showmeai.tech/article-detail/107
• SparkGraphx官方文档，http://spark.apachecn.org/docs/cn/2.2.0/graphx-programming-guide.html
• pregel 与 spark graphX 的 pregel api：https://blog.csdn.net/u013468917/article/details/51199808
• 浅谈GraphX：https://blog.csdn.net/shangwen\_/article/details/38645601
• SparkGraphX介绍：https://blog.csdn.net/oanqoanq/article/details/79559223

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