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BioPython安装与入门

简介: BioPython安装与入门
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BioPython简介

Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。


Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库,包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲,Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类,从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST, Clustalw, FASTA, Genbank...),访问在线的服务器(NCBI,Expasy...),常见和不那么常见程序的接口(Clustalw, DSSP,MSMS...),标准的序列类,各 种收集的模块,KD树数据结构等等,还有一些文档。


BioPython主要功能

将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构,包含以下支持的格式:

Blast输出结果 – standalone和在线Blast

Clustalw

FASTA

GenBank

PubMed和Medline

ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite

SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件

UniGene

SwissProt

被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。

处理常见的生物信息学在线数据库的代码:

NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务

ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目, 包括Prosite搜索

常见生物信息学程序的接口,例如:

NCBI的Standalone Blast

Clustalw比对程序

EMBOSS命令行工具

一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。

对序列实现常规操作的工具,如翻译,转录和权重计算。

利用k最近邻接、Bayes或SVM对数据进行分类的代码。

处理比对的代码,包括创建和处理替换矩阵的标准方法。

分发并行任务到不同进程的代码。

实现序列的基本操作,翻译以及BLAST等功能的GUI程序。

使用这些模块的详细文档和帮助,包括此文件,在线的wiki文档,网站和邮件列表。

整合BioSQL,一个也被BioPerl和BioJava支持的数据库架构。

BioPython安装:通过pip安装

(安装之前确定安装了anaconda或者miniconda或者pip)

pip install biopython

测试安装

import Bio

image.png

入门小实例

#!/usr/bin/env python3
 
from Bio.Seq import Seq
 
#create a sequence object
my_seq = Seq('CATGTAGACTAG')
 
#print out some details about it
print ('seq %s is %i bases long' % (my_seq, len(my_seq)))
print ('reverse complement is %s' % my_seq.reverse_complement())
print ('protein translation is %s' % my_seq.translate())

image.png

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