Sentieon | 小麦全基因组（WGS）分析流程
今天给大家介绍的是基于 Sentieon 软件开发的用于小麦全基因组测序数据的自动化流程脚本。该流程实现了从原始测序数据（FASTQ）到变异检测结果（GVCF）以及joint calling的完整分析流程，支持多个测序平台和输出格式。
脚本支持原始测序数据（raw_fastq）、过滤后的测序数据（clean_fastq），进行质控、比对、排序、标记重复、生成质量评估指标，最终通过Haplotyper 算法进行变异检测，输出 gVCF 文件。
测试小麦样本平均测序深度7.55x，从FastQ到VCF全流程分析最快用时1.4个小时，大幅缩短小麦全基因组WGS分析时间，有效加快小麦的分子育种。
五、Linux进程与磁盘管理
管理Linux服务器就像身兼两职：既是“医生”，又是“城市规划师”。作为“医生”，你得用ps和top给系统“体检”，看看哪些进程在运行；必要时用kill命令做“外科手术”，终止掉问题进程。作为“规划师”，你得先用fdisk把“土地”（磁盘）划分成“地块”（分区），再用mkfs铺上“地基”（文件系统），最后用mount把地块“挂牌”使用。而df和du就是你随时查看“土地”使用情况的测量工具。
四、Linux核心工具：Vim, 文件链接与SSH
要想在Linux世界里游刃有余，光会“走路”还不够，还得配上几样“高级装备”。首先是Vim编辑器，它像一把瑞士军刀，让你能在命令行里高效地修改文件。然后要懂“软硬链接”，软链接像个快捷方式，硬链接则是给文件起了个别名。最后，SSH是你的“传送门”，不仅能让你安全地远程登录服务器，还能用scp轻松传输文件，设置好密钥更能实现免-密登录，极大提升效率。
三、Linux用户与权限管理详解
管理Linux系统就像当一个大楼的管家。首先，你得用useradd和passwd给新员工发“钥匙”（创建用户并设密码），并用groupadd把他们分到不同“部门”（用户组）。然后，你要为每个“房间”（文件或目录）设定规矩，这就是文件权限：用chmod命令设置谁（所有者、同部门、其他人）可以“进入”（x）、“读取”（r）或“写入”（w）。最后，用chown还能把房间的归属权转让给别人。
二、Linux文本处理与文件操作核心命令
熟悉了Linux的基本“行走”后，就该拿起真正的“工具”干活了。用grep这个“放大镜”在文件里搜索内容，用find这个“探测器”在系统中寻找文件，再用tar把东西打包带走。最关键的是要学会使用管道符|，它像一条流水线，能把这些命令串联起来，让简单工具组合出强大的功能，比如 ps -ef | grep 'nginx' 就能快速找出nginx进程。
一、初识 Linux 与基本命令
玩转Linux命令行，就像探索一座新城市。首先要熟悉它的“地图”，也就是/根目录下/etc（放配置）、/home（住家）这些核心区域。然后掌握几个“生存口令”：用ls看周围，cd去别处，mkdir建新房，cp/mv搬东西，再用cat或tail看文件内容。最后，别忘了随时按Tab键，它能帮你自动补全命令和路径，是提高效率的第一神器。