这个问题可能与Flink CDC SQL server2016和CDC2.4.1的工作原理有关。在启动时，将StartupOptions设置为initial意味着Flink将从初始状态开始处理数据流。而开启checkpoint可能会导致全量同步的数据变多，这可能是因为checkpoint会触发Flink重新处理从初始状态开始的所有数据。另一方面，如果不开启checkpoint，Flink将从上次成功处理的位置继续处理，因此全量同步的数据量可能会较少。
解决这个问题的一种可能的方法是调整checkpoint的设置。可以尝试减小checkpoint的时间间隔，或者调整并行度等参数，以减少全量同步的数据量。此外，如果使用的是SQL Server 2017或更高版本，并且开启了CDC功能，还需要确保SQL Server代理服务正在运行，因为CDC功能需要这个服务的支持。
请注意，这些都只是可能的解决方案，具体情况可能需要根据你的环境和需求进行调整。如果问题仍然存在，建议寻求专业的技术支持或者在相关的社区和论坛中寻求帮助。
