新冠肺炎CT辅助诊断方案/新冠病毒全基因组分析方案 Q&A-阿里云开发者社区

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新冠肺炎CT辅助诊断方案/新冠病毒全基因组分析方案 Q&A

简介: 近期,我们发布了新冠肺炎CT辅助诊断解决方案和新冠病毒全基因组分析方案,收到来自行业内的很多的咨询,我们会在这个帖子为大家做统一回复。

近期,我们发布了新冠肺炎CT辅助诊断解决方案和新冠病毒全基因组分析方案,收到来自行业内的很多的咨询,我们会在这个帖子为大家做统一回复。

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新冠肺炎CT辅助诊断解决方案:点击查看
新冠病毒全基因组分析方案:点击查看

Q&A
Q:CT影像阅片300+,是说一个疑似人就要有300张片子吗?
A:拍一次CT,就有一个序列,一个序列是300~400张片子。

Q:我想问一下,人种的不同,会不会影响我们算法的准确度?
A:目前还没测过国外的数据,有可能精度会有影响。

Q:还有对于其他ct系统的集成我们能做到什么程度?
A:目前一般不建议直接对接CT系统,而是对接医院的PACS系统。

Q:PACS系统全球都是一样的吗?
A:PACS系统是基于国际通用的DICOM协议的,所以基本上全球都一样。

Q:我感觉数据安全会是大问题?
A:目前我们跟国内医院的合作是通过在医院内部署一台前置机,对医院数据做隔离,同时对数据进行脱敏,然后上传公网调用AI服务。

Q:是谁在负责方案部署的工作呢?
我们在日本的部署方式是在日本region上部署API服务,然后日本本地的云PACS合作伙伴会对接AI服务的API。

Q:PACS系统语言支持英文吗?
A:我们的合作的云PACS ISV都是可以支持英文的。

Q:基因检测用血液监测呢?
A:一般不用血液样本,主要是咽拭子、痰液、粪便等。

Q:咽拭子或痰等呼吸道分泌物据说可能病毒量比较少,而推荐血液检测PCR?
A:血液的比较少,咽拭子要看情况的,有些位置病毒多,有些少。

Q:CT的检测影像会被阿里云/达摩院留存,用来训练模型吗?
A:不会。没有反馈的数据我们留下数据没有意义,而且还有合规方面的风险。一般AI诊断完后会自动删除。

Q:前置机是我们提供吗?还是我们只提供API?
A:前置机的话一般是医院或者合作的PACS提供。

Q:医生的移动办公APP我们有英文合作伙伴吗?
A:国内合作伙伴有英文版;海外CBM/SA也可以推荐海外ISV。

Q:上传基因数据需要专线?
A:不需要专线,建议边测边传。

CT的拍摄条件及图片质量
Q:是否有所使用机器的情报(品牌和型号等)?
A:大部分的数据主要来及以下厂家SIEMENS、GE、PHILLIPS、TOSHIBA,但是目前没有具体的型号信息。

Q:是否有片子的厚度分布数据(xmm占y%)
A:Slice thickness (0mm, 1.5mm):33.3%
Slice thickness (1.5mm, 5mm): 54.5%
Slice thickness (5mm, -): 12.2%

Q:本系统是否有使用准则(不仅限新冠病毒,普通肺炎的图片,或是医院拍摄的胸部CT片子是否可以使用等)
A:目前对于拍摄的CT片子没有特殊的要求,在我们的训练集和测试集中,纵膈窗重建的数据和肺窗重建的数据的比例接近1:1, 同时对于早期病例数据,我们建议使用薄层CT数据。
**
其他肺炎的鉴别能力**
Q:如何定义通常肺炎及其他肺炎?是否有区分通常肺炎(=新冠病毒以外的病毒性肺
炎)和其他(包含细菌性肺炎,误吸性肺炎等全部肺炎)?
A:目前我们将新冠肺炎以外的其他肺炎都统称为常规肺炎,暂时没有区分常规肺炎能
力。

Q:其他肺炎的诊断正确率(其他种类肺炎的病例数,患者CT数等)
A:常规肺炎的病例大约有1700例,其中在测试集有200例左右,具体指标稍后测试完给出。

中国国内的最终识别正确率,96%正确率的证据,可信性,影响因素等
**Q:如何得出正确率(判断结果和PCR阴性/阳性的一致率?经过临床诊断的病例,临床
医生最终确诊的病例,放射科医生读片结果的比对等?)**
※第五版规定只有湖北省可将CT读片结果视为临床诊断病例。但第六版之后并没有相关的项目。**
A:1,目前该AI服务的其中一个功能是输出新冠肺炎的概率、常规肺炎的概率和其他
情况的概率(三个概率的和为1,我们取概率最大的类型作为该病例的AI输出结果)
2,我们目前的测试数据有600+,其中新冠数据、常规肺炎数据、其他情况的数据
比例接近1:1:1。关于这些测试数据的GroundTruth(GT),其中新冠数据的GT来
自医院对外发布的确诊数据、常规肺炎的GT和其他情况的GT来自历史回顾性数据
(新冠爆发之前的数据)。
3,“CT读片结果视为临床诊断病例”:在我们所有的确诊数据中,只有不到200例
数据是通过CT被确诊为新冠病例的。

Q:判断正确的时间点(PCR多次实验?患者出院或死亡时临床医生确诊的病名?等等)
A:这些信息无法获取。

Q:是否有和医生的诊断,临床医生或放射科医生读片结果进行比对?是否有数据?
A:我们所有的数据GroundTruth都是来自放射科医生和临床医生,我们的验证也是在
这些数据上面进行的。

Q:CT图片的数量和质量,是否多次拍摄同一个患者以及患者情报等因素如何影响正确
率?是否有数据确认?
A:我们有小部分数据是病人全病程的CT数据,目前对早期数据的判断精度不是很高,
具体数据目前暂时无法统计。

基因分析一体机常见问题:
方案定位和后续更新
面对疫情的紧急需求,将测序仪、试剂、软件打包成软硬一体的解决方案,降低测序和分析的用户使用难度。帮助医院病理科/检验科,疾控中心等机构,甚至是基层医院,实现病毒的院内检测。在此基础上,后续增加流感、病原等相关分析流程算法,提高基因测序的临床应用普及程度。
售卖条件
对于具备开展病毒检测的生物安全实验室,已经具备实验和测序能力的机构,可提供基因分析一体机的售卖。如果不具备测序能力,需要联合合作伙伴,提供自动建库仪,基因测序仪,试剂耗材等方案配套。
交付方式
一体机软硬一体,交付时只需要简单配置即可。

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