基因组survey
在组装基因组之前一定要先对要组装的物种有一个大致的了解，判断其复杂程度, 标准如下
- 基因组大小：基因组越大，测序花的钱越多
- 简单基因组: 杂合度低于0.5%, GC含量在35%~65%, 重复序列低于50%
- 二倍体普通基因组: 杂合度在0.5%~1.2%中间，重复序列低于50%。或杂合度低于0.5%，重复序列低于65%
- 高复杂基因组: 杂合度>1.2% 或 重复率大于65%
k-mers估计法
最简单的策略就是基于k-mer对基因组做一个简单的了解, 使用jellyfish统计k-mers，然后作图
jellyfish count -m 21 -s 20G -t 20 -o 21mer_out -C <(zcat test_1.fq.gz) <(zcat test_2.fq.gz)
# -m k-mers的K
# -s Hash大小, 根据文件大小确定
# -t 线程
# -o 输出前缀
# -C 统计正负链
jellyfish histo -o 21mer_out.histo 21mer_out
一些注意事项：
- 绝对不要用
--min-qual-char或其他参数，它们会将低质量的碱基替换成N - 在测序时由于不知道测得到底是DNA的哪一条链，因此k-mer及其互补链其实是等价的，所以一定要用
-C参数
将数据导入R语言中，进行作图
pdf("21_mer.out.pdf")
dataframe19 <- read.table("21mer_out.histo")
plot(dataframe19[1:200,], type="l")
dev.off()
由于只有一个主峰，说明该物种的杂合度并不高，基本上也就是二倍体。如果图中出现多个峰，说明它可能是多倍体或者是基因组杂合度高。
基因组大小(G)估计算法为:
其中 
为K-mer的期望测序深度, 
为K-mer的总数。 通常将K-mer深度分布曲线的峰值作为其期望深度。
基因组的杂合性和使得来自杂合片段的K-mer深度较纯合区段降低50%。如果目标基因组有一定的杂合性，会在k-mer深度分布曲线主峰位置(c)的1/2处(c/2)出现一个小峰。杂合度越高，该峰越明显。
推荐文献: Genomic DNA k-mer spectra: models and modalities
基于组装
基于K-mers可以较好的预测基因组大小，并定性的了解基因组的复杂情况，如果想更具体的了解基因组的复杂度，可以先将50X以上的段片段进行组装，然后进行分析。
组装的工具比较多，推荐用SOAPdenovo，因为速度快。
新建一个contig.config, 增加如下内容
max_rd_len=150
[LIB]
avg_ins=200
reverse_seq=0
asm_flags=3
rd_len_cutoff=100
rank=1
pair_num_cutoff=3
map_len=32
q1=read_1.fq
q2=read_2.fq
组装出参考序列
~/opt/biosoft/SOAPdenovo2/SOAPdenovo-63mer all -s contig.config -R -K 63 -p 30 -o assembly/graph
最后graph.scafSeq是拼接后的序列, 提取出大于300bp的序列.
# adjust format
bioawk -c fastx -v name=1 '{if(length($seq)>300) print ">"name "\n" $seq;name+=1}' assembly/graph.scafSeq >contig.fa
杂合度估计
将原来的序列回贴到contig上，并用samtools+bcftools进行snp calling.统计变异的碱基占总体的比例。
mkdir -p index
bwa index contig.fa -p index/contig
bwa mem -v 2 -t 10 index/contig read_1.fq read_2.fq | samtools sort -n > align.bam
samtools mpileup -f contig align.bam | bcftools call -mv -Oz -o variants.gz
一方面由于SOAPdenovo组装过程中会出错, 另一方面samtools在变异检测上也存在很高的假阳性, 所以总得先按照深度和质量过滤一批假阳性。
bcftools view -i ' DP > 30 && MQ > 30' -H variants.vcf.gz | wc -l
# 325219, 无过滤是445113
变异数目占基因组大小的比例就是杂合度。我的contig大概是200M，找到0.3M左右的变异，也就是0.0015，即0.15%.
重复序列估计
基于同源注释，用RepeatMasker寻找重复序列. 这里要注意分析的fasta的ID不能过长，也就是最好是>scaffold_1这种形式，不然会报错。
~/opt/biosoft/RepeatMsker/RepeatMasker -e ncbi -species arabidopsis -pa 10 -gff -dir ./ contig.fa
# -e ncbi
# -species 选择物种 用~/opt/biosoft/RepeatMasker/util/queryRepeatDatabase.pl -tree 了解
# -pa 并行计算
# -gff 输出gff注释
# -dir 输出路径
输出结果中主要关注如下三个
- output.fa.masked, 将重复序列用N代替
- output.fa.out.gff, 以gff2形式存放重复序列出现的位置
- output.fa.tbl, 该文件记录着分类信息
==================================================
file name: anno.fasta
sequences: 62027
total length: 273135210 bp (273135210 bp excl N/X-runs)
GC level: 36.80 %
bases masked: 79642191 bp ( 29.16 %)
==================================================
也就是说我们的物种有30%的重复序列，作为参考，拟南芥125Mb 14%重复序列, 水稻389M，36%重复
附录：软件安装
安装RepeatMasker
cd ~/src
wget http://tandem.bu.edu/trf/downloadstrf409.linux64
mv trf409.linux64 ~/opt/bin/trf
chmod a+x ~/opt/bin/trf
# RMBlast
cd ~/src
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.6.0/ncbi-blast-2.6.0+-src.tar.gz
wget http://www.repeatmasker.org/isb-2.6.0+-changes-vers2.patch.gz
tar xf ncbi-blast-2.6.0+-src
gunzip isb-2.6.0+-changes-vers2.patch.gz
cd ncbi-blast-2.6.0+-src
patch -p1 < ../isb-2.6.0+-changes-vers2.patch
cd c++
./configure --with-mt --prefix=~/opt/biosoft/rmblast --without-debug && make && make install
# RepeatMasker
cd ~/src
wget http://repeatmasker.org/RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz
tar xf RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz
mv RepeatMasker ~/opt/biosoft/
cd ~/opt/biosoft/RepeatMasker
## 解压repbase数据到Libraries下
## 配置RepatMasker
perl ./configure
