五(可忽略)、接下来博主在导入创建一个深度学习模型库DeepPurpose的python虚拟环境DeepPurpose并配置的过程,相当于实践一下,只想创建python虚拟环境在第四步就已经成功结束。注意:若用户开启VPN则安装前需要关闭VPN,避免安装不成功。
- 下载项目代码库到E:/DeepPurpose路径文件下。
git clone https://github.com/kexinhuang12345/DeepPurpose.git E:/DeepPurpose
- 将路径转到上一步git项目下载到本地的路径,也就是E:/DeepPurpose路径。
E:
cd DeepPurpose
- 导入E:/DeepPurpose路径下的yml 文件,再根据 yml 文件内容新创建对应虚拟环境(注意:运行下面命令之前必须路径转到yml文件的路径,而且这是新创建一个虚拟环境那么如果是同一台电脑必须删除原同名的虚拟环境或者将原虚拟环境更换名称)。
conda env create -f environment.yml
conda activate DeepPurpose
- 上步操作只会创建虚拟环境并导入conda命令直接安装的包,但是原虚拟环境大部分pip安装的包需要在新的虚拟环境下pip导入安装通过之前原虚拟环境pip导出的requirements.txt(注意:上步虚拟环境已经创建,若在此步报一些安装错误可以打开requirements.txt文件删除这些报错安装的包,到时候需要再pip单个下载pip之前安装报错的包到此虚拟环境;为保证顺利pip下载,启用https://pypi.douban.com/simple这个镜像可以下载快速顺利,当然不用镜像也可以只不过时间长容易安装超时报错)。
pip install -r requirements.txt -i https://pypi.douban.com/simple
- 之前创建好的一个python虚拟环境,名称是DeepPurpose(注意:创建python虚拟环境在成功结束后一定要将新创建的虚拟环境的Scripts文件内容添加到环境变量PATH中)。
- 激活python虚拟环境DeepPurpose。
conda activate DeepPurpose
- 安装相关python包和库等。
conda install -c conda-forge rdkit
或者
conda install -c rdkit rdkit
conda install -c conda-forge notebook
或者
pip install jupyter notebook
conda install -c conda-forge scikit-learn
或者
pip install scikit-learn
pip install rdkit-pypi
pip install git+https://github.com/bp-kelley/descriptastorus
或者先通过github链接将项目下载到本地,然后转此项目setup.py文件,然后执行下面的命令:
python setup.py install
pip install DeepPurpose
六、若在python虚拟环境中(博主举例python虚拟环境是rothschildlhl)出现“pip-script.py’ is not present.”类似的错误,原因在于pip更新不成功,原来的pip版本也被破坏。
- 更新pip命令
pip install --upgrade pip
- 解决错误,根据下面命令重新安装最新版本pip
conda activate rothschildlhl
python -m ensurepip
python -m pip install --upgrade pip
七、Conda导出导入和更新虚拟环境
- 激活(切换)到需要导出的虚拟环境(博主举例以之前创建的虚拟环境transformers为例)。
conda activate transformers
- 将虚拟环境transformers导出保存为yml文件并命名为xrlhl.yml,此操作只会导出conda命令直接安装的包,原虚拟环境大部分pip安装的包需要pip导出安装库到pip.txt,后续再导入到新虚拟环境(注意:默认导出文件到命令行前面的路径,博主举例的是C:\Users\25216,可以见下图)。
conda env export > xrlhl.yml
pip freeze >pip.txt
- 导入yml 文件,再根据 yml 文件内容新创建对应虚拟环境(注意:运行下面命令之前必须路径转到yml 文件的路径,而且这是新创建那么如果是同一台电脑必须删除原同名的虚拟环境或者将原虚拟环境更换名称)。
conda env create -f xrlhl.yml
conda activate transformers
pip install -r pip.txt
- 根据 yaml(yml)文件更新已经创建的虚拟环境(注意:博主举例是xrlhl.yml文件更新虚拟环境DeepPurpose)。
conda env update -n DeepPurpose --file xrlhl.yml