开发者社区> 卖萌哥、> 正文
阿里云
为了无法计算的价值
打开APP
阿里云APP内打开

conda的安装与使用(最新版)

简介: 有很多的生信软件都可以通过conda安装,省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件,conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里下,下载好了之后怎么安装,我果断打开了https://bioconda.github.io/recipes ,告诉她安装conda吧,只要一行命令conda install gatk就行了。
+关注继续查看

有很多的生信软件都可以通过conda安装,省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件,conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里下,下载好了之后怎么安装,我果断打开了https://bioconda.github.io/recipes ,告诉她安装conda吧,只要一行命令conda install gatk就行了。
然后她很可爱的问我conda怎么装。。果断就把这篇教程丢给她了,但是发现现在的用法和以前的不是很一样了,所以就把原来的教程更新了一下以飨读者。

img_b5c9999c92e76b816e60281aa549dabe.png
你要的gatk

conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的,适用于 Linux,OS X 和Windows,也可以打包和分发其他软件。

安装conda

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(这里的常用不代表你常用 微笑.jpg),miniconda则是精简版,需要啥装啥,所以推荐使用miniconda。

下载网址

conda官网:https://conda.io/miniconda.html

选择适合自己的版本,用wget命令下载。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这里选择的是latest-Linux版本,所以下载的程序会随着python的版本更新而更新(现在下载的版本默认的python版本已经是3.7了)

安装命令:

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

注意,以前的教程都是教一路yes下来的,但是会有隐患,特别是当你的服务器之前有安装过软件的话,conda会污染你原来的环境,把你原来设置好的东西进行更改。具体的惨痛教训请参见:
Anaconda is a snake.

所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。

img_5761465151d5e8a21eb9d9e9d3882592.png
选择no

启动conda

在上一步选择no之后,输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢?
找到你刚才安装的miniconda,如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面,cd到miniconda3的bin目录下面,能看到有一个activate。

img_829629066bce5cf76cf099285618f372.png
activate

这里需要给activate添加一下权限才能使用

chmod 777 activate 

接下来启动conda

. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果,我比较懒。

img_974ef223efe34df476106fd4d745d648.png
成功启动conda

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了
img_98bbf14dc89e603035c9b7ea04a44d84.png
conda list

添加清华conda镜像源

添加清华源:(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

显示安装的频道

 conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

利用conda安装生物信息软件

安装命令:

 conda install gatk

搜索需要的安装包:

提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在
conda available packages

当然, 也可以用这个命令进行搜索

 conda search gatk

安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置:

 which gatk

如需要安装特定的版本:

conda install 软件名=版本号
conda install gatk=3.7

这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。

查看已安装软件:

conda list

更新指定软件:

conda update gatk

卸载指定软件:

conda remove gatk

退出conda环境

退出也很简单,之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:

. ./deactivate

就退出当前的环境了

创建软件的软链接

跟着命令一路敲到这里的小旁友们估计发现了,现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了,敲命令没法执行了!
怎么办呢!其实只要把安装好的软件软连接到一个处在环境变量里的位置就可以使用了。三步走:

  • 第一步,创建一个文件夹
    我一般的习惯是在/home目录下创建一个.soft文件夹
  • 第二步,将这个文件夹添加到环境变量中
export PATH="~/.soft:$PATH"
  • 第三步,软链接
ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/.soft

这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc:. ./bashrc

创建conda环境

之前创建的时候显示的是(base)这是conda的基本环境,有些软件依赖的是python2的版本,当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级,有可能会引发别的软件的报错,所以,可以给一些特别的软件一些特别的关照,比如创建一个单独的环境。
在conda环境下,输入conda env list(或者输入conda info --envs也是一样滴)查看当前存在的环境:

img_7c1c316bd403724a1f7b86b5f06d1e8e.png
目前的环境

目前只有一个base

conda create -n python2 python=2
#-n: 设置新的环境的名字
#python=2 指定新环境的python的版本

conda会创建一个新的python2的环境,并且会很温馨的提示你只要输入conda activate python2就可以启动这个环境了


img_a55032449f5a353c45f1fb9ddff0cca5.png
新的环境

骚操作:allias简化启动

img_e4b23d249b0c17dca359594e87f76f0d.png
image.png

linux提供了一个给大家偷懒的命令叫alias,只要在你的.bashrc里设置一下就好了,我添加了一条叫做condaup的命令,这样就可以免去每次敲. ~/miniconda/bin/dactivate的麻烦,一步搞定~技术宅改变世界!
img_0d9ba345535670befa8d43e771557aeb.png
image.png

参考及感谢


ps:简书终于提供markdown编辑器的同步滚动了!开心!

版权声明:本文内容由阿里云实名注册用户自发贡献,版权归原作者所有,阿里云开发者社区不拥有其著作权,亦不承担相应法律责任。具体规则请查看《阿里云开发者社区用户服务协议》和《阿里云开发者社区知识产权保护指引》。如果您发现本社区中有涉嫌抄袭的内容,填写侵权投诉表单进行举报,一经查实,本社区将立刻删除涉嫌侵权内容。

相关文章
Python基础系列N讲 | 1500字详解Anaconda安装教程(附安装包)
Python基础系列N讲 | 1500字详解Anaconda安装教程(附安装包)
16 0
Python系列之环境安装
Python可以实现强大的数据爬虫功能,并且数据分析与挖掘挺方便,也提供了大量的库,比如numpy, pands,matplotlib等。尤其,使用Python做机器学习也成了近年来的趋势,有人经常会问R语言与Python,该怎么取舍,我觉得都要学习,R语言擅长绘图,Python对于数据采集,各种算法,机器学习可能支持更好。
40 0
Python 入门篇-最新版python3.7.2的安装。
Python 入门篇-最新版python3.7.2的安装。
44 0
如何用conda安装软件|处理conda安装工具的动态库问题
哪里不对修哪里 阅读完本文后,请看这一篇慎用Anaconda进行软件管理 conda的确是一个非常好的工具,对于初学者而言,安装软件就跟用XXX软件管理器一样方便。
2043 0
ubuntu16.10和ubuntukylin-16.04桌面版下载安装
ubantu官网地址:www.ubuntu.org.cn/index_kylin ubantu中国官网:cn.ubuntu.com/ 16.04比较稳定,16.10还只是测试版 我选择的是优麒麟 16.04 LTS(长期支持)版本(16.10的版本安装和04的基本一样) Ubuntu Kylin (中文又被称为优麒麟)是基于Ubuntu的一款官方衍生版。
1449 0
如何在Ubuntu上安装最新版本的Node.js
版权声明:本文为博主chszs的原创文章,未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/chszs/article/details/37521463 如何在Ubuntu上安装最新版本的Node.js 作者:chszs,转载需注明。
710 0
java.util.concurrent包(4)——Callable和Future
Callable和Future,一个产生结果,一个拿到结果。Callable接口类似于Runnable,从名字就可以看出来了,但是Runnable不会返回结果,并且无法抛出返回结果的异常,而Callable功能更强大一些,被线程执行后,可以返回值,这个返回值可以被Future拿到,也就是说,Future可以拿到异步执行任务的返回值,下面来看一个简单的例子: public class Ca
1068 0
Linux基本配置和管理 9 ---- ubuntu下安装配置jdk
原文出处 第一步:下载jdk-7-linux-i586.tar.gz [plain] view plaincopy wget -c http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/7/jdk-7-linux-i586.tar.gz   (注:如果下载不下来,建议使用迅雷下载,然后拷贝到Linux系统上。
1121 0
Git的安装与使用
1,下载git https://code.google.com/p/msysgit/downloads/list  2,安装git ,我们选择命令行形式,这样无论在window下还是在linux下 都可以。
812 0
+关注
卖萌哥、
生物信息学研究生
20
文章
1
问答
文章排行榜
最热
最新
相关电子书
更多
低代码开发师(初级)实战教程
立即下载
阿里巴巴DevOps 最佳实践手册
立即下载
冬季实战营第三期:MySQL数据库进阶实战
立即下载