如何提高R语言运行速度

今天与大家分享的是R语言中的并行计算的内容，将探讨如何使用parallel和foreach包在R中进行并行计算，以及在不同情况下提高计算效率的方法。

目标如下

让计算等待时间缩短

早点下班

1. 什么是并行计算？

并行计算是计算机科学中的一个概念，它涉及到同时执行多个计算任务以加速整体的处理速度，这是通过在多个处理器或多个计算节点上同时执行代码来实现的。

2. 为什么需要并行计算？

随着数据规模的增长，我们需要更快地处理数据。单线程的程序只能在一个CPU核心上运行，而并行计算可以同时利用多个核心，从而大大提高计算速度。

3. CPU多线程基础

多线程是一种允许单个程序或应用执行多个任务（线程）的技术。每个线程都运行在其自己的CPU核心上，这使得多线程程序可以更高效地使用多核CPU。

4. R语言中的并行计算

R语言提供了多种并行计算的方法，其中最常用的是parallel和foreach包。

4.1 parallel包

使用parallel包的mclapply函数，可以轻松地实现并行计算。

library(parallel)

定义一个简单的函数来模拟计算任务

f <- function(x) {
  Sys.sleep(1)  # 模拟耗时1秒的任务
  return(x^2)
}

使用mclapply函数并行处理数据

result <- mclapply(1:4, f, mc.cores = 2)
print(result)

4.2 foreach包

foreach包提供了一个更加灵活的并行框架。与传统的for循环相比，它的语法更加简洁。

library(foreach)
library(doParallel)

注册并行后端

cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)

使用foreach函数并行处理数据

result <- foreach(i=1:4) %dopar% {
  Sys.sleep(1)  # 模拟耗时1秒的任务
  return(i^2)
}
print(result)

停止并行后端

stopCluster(cl)

5. 性能比较

为了对比普通for循环、mclapply和foreach的性能，我们将使用上面定义的函数f模拟计算任务。

普通for循环

start.time <- Sys.time()
result <- vector("list", 4)
for(i in 1:4) {
  result[[i]] <- f(i)
}
end.time <- Sys.time()
cat("For loop time:", end.time - start.time, "\n")

使用mclapply

start.time <- Sys.time()
result <- mclapply(1:4, f, mc.cores = 2)
end.time <- Sys.time()
cat("mclapply time:", end.time - start.time, "\n")

使用foreach

cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)
start.time <- Sys.time()
result <- foreach(i=1:4) %dopar% f(i)
end.time <- Sys.time()
cat("foreach time:", end.time - start.time, "\n")
stopCluster(cl)

从上述代码的输出中，我们可以看到mclapply和foreach的执行时间都明显短于传统的for循环。（此处演示设置的线程数是2，实际上一般生信计算服务器可以达到一百多个线程，计算速度还可以明显提高）

如何使用并行计算模式？

在R中尽量避免使用for循环，在R中使用for循环速度很慢，在写代码的时候，应该尽可能的避免使用for循环。

查看电脑的可用线程数量

detectCores(logical = F)#查看电脑的物理核数
install.packages("future")
library(future)
availableCores()#查看电脑可用的线程数

foreach初级用法

使用foreach()+%do%代替for循环，计算速度和for循环差不多。但函数foreach返回了一个列表（list）。使用foreach的优势在于%do%后的花括号{}之间可以像for循环那样写多条语句。

x1 <- list()
foreach(i = 1:30000) %do% {
  x1[[i]] <- mean(rnorm(1e5))
}
# 上述代码等同于以下for结构
for (i in 1:30000){
  x1[i] <- mean(rnorm(1e5))
}

foreach高级用法

使用foreach进行并行计算，需要将上面的%do%替换为%dopar%来启动并行计算，在使用并行计算之前，首先需要加载doParallel包，创建一个集群并注册。

library(foreach)
library(doParallel)
# 创建一个集群并注册
cl <- makeCluster(128) # 128是设置的线程数
registerDoParallel(cl)
# 启动并行计算
x2 <- foreach(i = 1:3e4, .combine = c) %dopar% {
  mean(rnorm(1e5))
}
# 在计算结束后别忘记关闭集群
stopImplicitCluster()
stopCluster(cl)

特别注意：foreach默认的返回值数据类型为list，可以使用".combine"参数来指定输出数据的类型为向量。

foreach函数中也可以使用rbind或者cbind等函数以矩阵形式输出结果。

下面是一个原始的for循环代码，对一个矩阵进行循环计算，运行耗时大约6分钟。

x <- matrix(0,nrow=3e4,ncol=6)
for (i in 1:30000) {
  x[i,] <- summary(rnorm(1e5))
}

对其进行重构优化，采用dopar的方式并行计算，将返回的结果按行合并（rbind），计算实际耗时1分钟。

# 创建一个集群并注册
cl <- makeCluster(36)
registerDoParallel(cl)
# 启动并行计算
x <- foreach(i = 1:3e4, .combine = rbind) %dopar% {
  summary(rnorm(1e5))
}
# 结束任务
stopImplicitCluster()
stopCluster(cl)

foreach函数使用技巧

cl <- makeCluster(20)
registerDoParallel(cl)
out <- foreach(i = 1:100,
               .combine = rbind,
               .packages = "tidyverse",
               .errorhandling = "pass") %dopar% {
                 a <- i
                 b <- mean(rnorm(10000))
                 c <- str_c(a,"-",b)
                 d <- c(a,b,c)
                 if (i == 2){
                   stop("no")
                 }
                 return(d)
               }
stopCluster(cl)

.package

写在%dopar%后的代码经常会用到第三方R包，这些包必须在.package中指定，也就是说一旦函数主体内出现了引用其他包的函数，就要在此指定。比如上面的tidyverse包中“str_c”函数。

.errorhandling

处理循环中出现错误时的应对方法，默认为stop，即出现错误就停止，但是这样会导致已经计算的内容全部失效，还得重新算。另外还有两种方式，remove选项可以在遇到错误时自动移除错误项，pass可以在出现错误时跳过该项，后者的区别是会记录出现错误的位置。

变量作用域

函数内部的局部变量具有自身的作用域，在离开运行环境时将会失效，因此在并行计算过程中也要考虑到该问题。

一个R语言函数有自己的运行环境，通常顶层环境就是全局变量，在任意位置都可以调用，而函数内部变量无法在顶层环境使用。

如果在dopar结构在函数中，则不会主动加载全局环境中的变量。

x1 <- 1
x2 <- 2
f <- function(x1) {
  foreach(i = 1:100, .combine = c)  %dopar% {
    x1 + x2 + i
  }
}

比如，上面这个会报错x2无法找到，因为foreach只识别了f函数环境的变量，而不会识别全局环境的变量。修改方法是将x2作为f函数的参数，或者.export参数。

# 方法一
f <- function(x1, x2) {
  foreach(i = 1:3, .combine = c)  %dopar% {
    x1 + x2 + i
  }
}
# 方法二
f <- function(x1) {
  foreach(i = 1:3, .combine = c, .export = 'x2')  %dopar% {
    x1 + x2 + i
  }
}

如何提前下班？

数据分析除了写代码，还离不开复杂的计算过程，有时候一个步骤的执行耗时好久，不得不加班！那么如何才能加速计算时间，每天早点下班呢？

CPU和内存的权衡

R语言并行计算的内存消耗量很大，因为R语言计算时都需要将数据全部加载到内存中进行操作。

适当的选择核心数量和内存大小，防治任务意外卡死。主要的解决方法是提高配置（钞能力）或者将一个大任务切分成若干小任务。

超线程不要太压榨

现在的处理器基本都实现了超线程的功能，在运行并行任务时不要一次性设置全部线程，不然速度不增反降。

对于支持超线程的CPU，并行计算时建议选择物理核心数量的1.5倍为上限，可以用detectCores(logical = F)命令查看自己电脑的物理核心数量

结论

并行计算为我们提供了一种有效地利用多核CPU的方法，从而加速数据处理速度。在R中，我们可以使用parallel和foreach包轻松实现并行计算，当处理大量数据时，建议尝试并行计算以提高效率。

最后，希望这篇文章能帮助大家更好地理解R语言中的并行计算技术。如果有任何建议，请后台留言或私信，感谢大家的阅读，欢迎分享和点赞！

参考资料

https://blog.csdn.net/u011375991/article/details/131272023

想不想早点下班？压榨CPU