本文首发于“生信补给站”公众号 ggplot2| 绘制KEGG气泡图
对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。
本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。
一 载入数据集和R包
library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway)
不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致，但是这几列几乎都会有。
二 绘制KEGG气泡图
2.1初始化数据并绘制散点图
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+ geom_point()
可在以下几个方面进行优化：
A：标题，横纵坐标轴；
B：按照通路上基因的多少定义点的大小；
C：根据P值定义点的颜色；
2.2 修改点的大小
#按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) + geom_point() + geom_point(aes(size=Gene))
2.3 修改点的颜色
#定义连续型的配色 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+ geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+ scale_color_gradient(low="green",high = "red")
三 汇总展示
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+ geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+ scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ # labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函数定义函数样式 []添加下标，^添加上标 x="Pvalue", ##自定义标轴 y="Pathway name", title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴 theme_bw() #去掉背景
四 参考资料
ggplot2：数据分析与图形艺术
好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
