论文
Evolutionary history and pan-genome dynamics of strawberry (Fragaria spp.)
https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2105431118
草莓PNAS.pdf
今天的推文我们复现一下论文中的Figure1C
之前的推文复现过这个图，用的是python代码，今天的推文我们试着用R语言的ggplot2来复现一下
首先是构造数据集
df<-data.frame(x=LETTERS[1:7],
A=c("F. daltoniana","F. viridius","F. vesca","F. pentaphylla",
"F. nilgerrensis","F. mandschurica","F. iinumae"),
B=c(188,213,158,187,179,237,95),
D=c(6882,5995,6973,3760,5527,5127,5480))论文中是用到了7个基因组进行分析，
- x是用来分组的变量
- A是最外圈的文字标签
- B是每个基因组独有的基因数
- D是每个基因组和其他基因组共享的基因数
再构造画图数据
就是构造一个正弦函数，用正弦函数的图像代表花瓣
7是基因组的数量，如果基因组数是其他，就对应着把这个改了，210就是7*30，如果是8个基因组就把这个改成240,9个基因组就把这个改成270，下面gl中的7也需要对应着都改掉
x<-1:(7*30)
x
y<-sin(7*x*pi/210)
df1<-data.frame(x1=x,
y1=abs(y),
var=gl(7,30,labels = LETTERS[1:7]))
merge(df1,df,by.x = 'var',by.y = 'x') -> df2
df2画图代码
library(ggplot2)
library(tidyverse)
ggplot()+
geom_area(data = data.frame(x=1:210,y=0.7),
aes(x=x,y=y),
fill="#ecccea",
alpha=1)+
ggnewscale::new_scale_fill()+
geom_area(data=df2,aes(x=x1,y=y1,fill=var),
#fill="blue",
alpha=0.8)+
scale_fill_manual(values = c("#ff8e54","#f63c50","#0088bf","#77d793",
"#e1f594","#ffffbe","#ffe087"))+
coord_polar()+
geom_area(data = data.frame(x=1:210,y=0.2),
aes(x=x,y=y),
fill="#ebccea",
alpha=1)+
theme_void()+
geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
aes(x=x1,y=y1+0.2,label=A),
fontface="italic")+
geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
aes(x=x1,y=y1-0.2,label=B))+
geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
aes(x=x1,y=y1-0.6,label=D))+
annotate(geom = "text",x=1,y=0,label="Core 10665")+
theme(legend.position = "none")
第一个geom_area()函数画的是最大的圆
第二个geom_area()函数画的是花瓣
第三个geom_area()函数画的是最中间核心的圆
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