跟着PNAS学作图:R语言ggplot2花瓣图展示泛基因组分析中核心和可变基因

简介: 跟着PNAS学作图:R语言ggplot2花瓣图展示泛基因组分析中核心和可变基因

论文

Evolutionary history and pan-genome dynamics of strawberry (Fragaria spp.)

https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2105431118

草莓PNAS.pdf

今天的推文我们复现一下论文中的Figure1C

image.png

之前的推文复现过这个图,用的是python代码,今天的推文我们试着用R语言的ggplot2来复现一下

首先是构造数据集

df<-data.frame(x=LETTERS[1:7],
               A=c("F. daltoniana","F. viridius","F. vesca","F. pentaphylla",
                   "F. nilgerrensis","F. mandschurica","F. iinumae"),
               B=c(188,213,158,187,179,237,95),
               D=c(6882,5995,6973,3760,5527,5127,5480))

论文中是用到了7个基因组进行分析,

  • x是用来分组的变量
  • A是最外圈的文字标签
  • B是每个基因组独有的基因数
  • D是每个基因组和其他基因组共享的基因数

再构造画图数据

就是构造一个正弦函数,用正弦函数的图像代表花瓣
7是基因组的数量,如果基因组数是其他,就对应着把这个改了,210就是7*30,如果是8个基因组就把这个改成240,9个基因组就把这个改成270,下面gl中的7也需要对应着都改掉

x<-1:(7*30)
x
y<-sin(7*x*pi/210)
df1<-data.frame(x1=x,
                y1=abs(y),
                var=gl(7,30,labels = LETTERS[1:7]))
merge(df1,df,by.x = 'var',by.y = 'x') -> df2
df2

画图代码

library(ggplot2)
library(tidyverse)
ggplot()+
  geom_area(data = data.frame(x=1:210,y=0.7),
            aes(x=x,y=y),
            fill="#ecccea",
            alpha=1)+
  ggnewscale::new_scale_fill()+
  geom_area(data=df2,aes(x=x1,y=y1,fill=var),
            #fill="blue",
            alpha=0.8)+
  scale_fill_manual(values = c("#ff8e54","#f63c50","#0088bf","#77d793",
                               "#e1f594","#ffffbe","#ffe087"))+
  coord_polar()+
  geom_area(data = data.frame(x=1:210,y=0.2),
            aes(x=x,y=y),
            fill="#ebccea",
            alpha=1)+
  theme_void()+
  geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
            aes(x=x1,y=y1+0.2,label=A),
            fontface="italic")+
  geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
            aes(x=x1,y=y1-0.2,label=B))+
  geom_text(data=df2 %>% filter(y1==1),
            aes(x=x1,y=y1-0.6,label=D))+
  annotate(geom = "text",x=1,y=0,label="Core 10665")+
  theme(legend.position = "none")

image.png

第一个geom_area()函数画的是最大的圆

第二个geom_area()函数画的是花瓣

第三个geom_area()函数画的是最中间核心的圆

image.png

示例数据和代码可以给推文点赞,然后点击在看,最后留言获取

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