基因大数据:一面是科技,一面是责任

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云原生大数据计算服务 MaxCompute,5000CU*H 100GB 3个月
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简介: 基因大数据,一面是科技,一面是责任。以基因科技为核心,为行业提供“存、传、算、用”全栈式解决方案,用数据智慧为精准医疗保驾护航。

基因是带有遗传信息的DNA片段,储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。大数据是信息时代庞大的信息资产,以及对这些含有意义的数据进行专业化处理。基因大数据就是这样一项能力,将生命数字化且生产成本超摩尔定律下降,并以每年PB级增长规模快速应用到医疗健康等机构。

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不做跟随者,要做冒险家


2009年基因测序的浪潮在美国西海岸日益兴盛,圣地亚哥某实验室,一群来自Cornell、Yale、GoldmanSachs、IDG等知名高校及机构的年轻人聚在一起进行二代基因测序技术研究,抱着孤注一掷的勇气将所有的积蓄投入进去做了启动资金,希望有朝一日能将这份研究成果带回国,让基因科技普惠更多中国老百姓的同时,为国内基因技术赶超国际一流水平贡献一份力量。


2014年,国内基因检测行业的转折点已悄然来临——国家卫健委启动了基因检测的规范管理,行业即将迈入有序发展的快车道。传统的一切都亟待新的改变和发展,而最终澎湃的心让这群年轻人做出了归国创业的决定。同年,人和未来生物科技有限公司成立,基于生物技术和信息技术(BT+IT)双轮驱动,专注于基因检测前沿技术及基因大数据智能基础设施的开发,致力于成为精准医学整体解决方案服务商。


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留在美国,意味着有成熟的市场环境和大量从事基因研究的科研人才;归国创业则必须做好面临各种市场、非市场问题的准备。“比起在现有的规则里做一个跟随者,做一个探寻未知市场的冒险家对于我们来说会更有吸引力。”


当然,“冒险家们”其实很聪明,他们明白此时美国基因检测市场“红海”一片,几家龙头企业跑马圈地,初创和中小型企业的生存空间被压缩。而中国基因检测市场正蓬勃发展,对于有“新技术”傍身的初创公司来讲,这里为圆梦提供了最舒适的“温床”。


走出一条差异化“大道”


随着科技的进步,医疗健康行业正以搬山造海的势头迎来巨变,而变革的源头正是以基因大数据为代表的行业细分领域崛起。


在同行把业务重点放在基因测序、肿瘤靶向药物用药指导、肿瘤复发监测等主赛道之时,人和未来借助以BT(生物技术)+IT(信息技术)为基础的数据处理和分析能力,走上了一条差异化的“大道”。

 

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“当下全球测序产出的DNA数据正在激增,但100多GB的数据如何压缩到几个GB,以及数据分析解读如何在10几分钟的时间快速完成是个难点。”


随着测序技术的发展,基因数据以远超摩尔定律的速度在积累。但在过去的很多年里,它却是生命健康领域数字化程度最低的数据类型之一。在多方探索之下,人和未来技术团队研发出了GTX基因大数据智能基础设施。其中,GTX.ZIP能将FASTQ文件压缩到原来大小的2%,数据解压还要100%一致还原,在这样的极高倍率压缩技术的支持下,使用百兆网络,就能达到以千兆速度上传数据的效果,使得大规模测序数据上云成为可能。


GTX.FPGA能在18多分钟内完成人类全基因组数据分析,将全基因组计算带入百元时代。对比单台标准服务器,数据分析速度提高了90倍。GTX.Digest则可以根据患者的基因型数据与表型信息,结合文本挖掘和人工智能技术进行基因解读,从而协助临床遗传专家快速发现和筛选致病突变。


“以前,想要在海量的数据中找到致病原因难度不异于海底捞针,而现在,通过技术的革新,人和未来将基因数据从下机到数据压缩、存储、传输、计算、分析、解读、挖掘等全流程,都串起来了。”

 

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云上的健康守护


基因数据对算力的需求会随着样本量的增减而变化,本地服务器的部署难度较大。多了则会造成很大的成本浪费,少了则会影响业务开展。整合不同规格的计算资源,打通线上线下计算集群成为了基因企业最行之有效的方案。从创业初期到现在,阿里云伴随客户一起成长,人和借助阿里云FPGA云服务器算力更高、成本更低的优势,实现了将海量历史数据迁移上云,大大降低了本地高性能NAS的容量和性能压力。


基因数据从测序仪下机后,样本数据通过闪电立方或专线上传到云端的OSS对象存储中,再通过批量计算配合ECS计算集群完成基因测序与分析任务,阿里云强大的云计算与大数据能力为人和未来的业务发展保驾护航,卓越的计算能力随时为人和未来提供数百万核时的计算能力。


人和未来已成功将公司的核心技术GTX.ZIP基因数据压缩以及GTX.FPGA基因数据加速计算部署在阿里云端上 。


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