Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三)

简介: Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(三)

Python调用OpenBabel的API,输出sdf文件中分子的分子量


官网手册地址:点击打开链接


第一种方式


from pybel import *


for molecule in readfile("sdf","Sofosbuvir.sdf"):

   print molecule.molwt

第二种方式

from openbabel import *
obconversion = OBConversion()
obconversion.SetInFormat("sdf")
obmol = OBMol()
notatend = obconversion.ReadFile(obmol,"Sofosbuvir.sdf")
while notatend:
    print obmol.GetMolWt()
    obmol = OBMol()
    notatend = obconversion.Read(obmol)

image.png

多分子sdf文件中分子的分子量输出

实例

from pybel import *
for molecule in readfile("sdf","NatProduct.sdf"):
    print molecule.molwt

image.png


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