Cromwell 工作流引擎支持-阿里云开发者社区

Cromwell 是 Broad Institute 开发的工作流管理系统，当前已获得阿里云批量计算服务的支持。通过 Cromwell 可以将 WDL 描述的 workflow 转化为批量计算的作业（Job）运行。用户将为作业运行时实际消耗的计算和存储资源付费，不需要支付资源之外的附加费用。本文将介绍如何使用 Cromwell 在阿里云批量计算服务上运行工作流。

1. 准备工作

A) 开通批量计算服务

要使用批量计算服务，请根据官方文档里面的指导开通批量计算和其依赖的相关服务，如OSS等。

注意：创建 OSS Bucket 的区域,需要和使用批量计算的区域一致。

B) 下载 Cromwell

Cromwell 官方下载

注意：为了确保所有的特性可用，建议下载45及之后的最新版本。

C) 开通 ECS 作为 Cromwell server

当前批量计算提供了 Cromwell server 的 ECS 镜像，用户可以用此镜像开通一台 ESC 作为 server。镜像中提供了 Cromwell 官网要求的基本配置和常用软件。在此镜像中，Cromwell 的工作目录位于/home/cromwell，上一步下载的 Crowwell jar 包可以放置在 /home/cromwell/cromwell 目录下。

注意：用户也可以自己按照 Cromwell 官方的要求自己搭建 Cromwell server，上面的镜像只是提供了方便的方式，不是强制要求。

2. 使用 Cromwell

配置文件

Cromwell 运行的配置文件，包括：

Cromwell 公共配置。
批量计算相关配置，包含了批量计算作为后端需要的存储、计算等资源配置。

关于配置参数的详细介绍请参考 Cromwell 官方文档。如下是一个批量计算配置文件的例子 bcs.conf:

include required(classpath("application"))
database {
  profile = "slick.jdbc.MySQLProfile$"
  db {
    driver = "com.mysql.jdbc.Driver"
    url = "jdbc:mysql://localhost/db_cromwell?rewriteBatchedStatements=true&useSSL=false&allowPublicKeyRetrieval=true"
    user = "user_cromwell"
    #Your mysql password
    password = ""
    connectionTimeout = 5000
  }
}
workflow-options {
    workflow-log-dir = "/home/cromwell/cromwell/logs/"
}
call-caching {
  # Allows re-use of existing results for jobs you've already run
  # (default: false)
  enabled = false
  # Whether to invalidate a cache result forever if we cannot reuse them. Disable this if you expect some cache copies
  # to fail for external reasons which should not invalidate the cache (e.g. auth differences between users):
  # (default: true)
  invalidate-bad-cache-results = true
}
docker {
  hash-lookup {
    enabled = false
    # Set this to match your available quota against the Google Container Engine API
    #gcr-api-queries-per-100-seconds = 1000
    # Time in minutes before an entry expires from the docker hashes cache and needs to be fetched again
    #cache-entry-ttl = "20 minutes"
    # Maximum number of elements to be kept in the cache. If the limit is reached, old elements will be removed from the cache
    #cache-size = 200
    # How should docker hashes be looked up. Possible values are "local" and "remote"
    # "local": Lookup hashes on the local docker daemon using the cli
    # "remote": Lookup hashes on docker hub and gcr
    method = "remote"
    #method = "local"
    alibabacloudcr {
      num-threads = 5
      #aliyun CR credentials
      auth {
    #endpoint = "cr.cn-shanghai.aliyuncs.com"
        access-id = ""
        access-key = ""
      }
    }
  }
}
engine {
  filesystems {
    oss {
      auth {
        endpoint = "oss-cn-shanghai.aliyuncs.com"
        access-id = ""
        access-key = ""
      }
    }
  }
}
backend {
  default = "BCS"
  providers {
    BCS {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.bcs.BcsBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        root = "oss://your-bucket/cromwell_dir"
        region = "cn-shanghai"
        access-id = ""
        access-key = ""
        filesystems {
          oss {
            auth {
              endpoint = "oss-cn-shanghai.aliyuncs.com"
              access-id = ""
              access-key = ""
            }
        caching {
              # When a cache hit is found, the following duplication strategy will be followed to use the cached outputs
              # Possible values: "copy", "reference". Defaults to "copy"
              # "copy": Copy the output files
              # "reference": DO NOT copy the output files but point to the original output files instead.
              #              Will still make sure than all the original output files exist and are accessible before
              #              going forward with the cache hit.
              duplication-strategy = "reference"
            }
          }
        }
        default-runtime-attributes {
          failOnStderr: false
          continueOnReturnCode: 0
          autoReleaseJob: true
          cluster: "OnDemand ecs.sn1.medium img-ubuntu-vpc"
          #cluster: cls-6kihku8blloidu3s1t0006
          vpc: "192.168.0.0/16"
        } 
      }
    }
  }
}

如果使用前面章节中的镜像开通 ECS 作为 Cromwell server，配置文件位于 /home/cromwell/cromwell/bcs_sample.conf，只需要填写自己的配置即可使用 Cromwell。

*注意：Cromwell 可以在公网环境（如本地服务器、配置了公网 IP 的阿里云 ECS 等）运行，也可以在阿里云 VPC 环境下运行。在 VPC 环境下使用时，有如下几处要修改为 VPC 内网下的配置：

OSS 的内网 endpoint :

engine.filesystems.oss.auth.endpoint = "oss-cn-shanghai-internal.aliyuncs.com"

backend.providers.BCS.config.filesystems.oss.auth.endpoint = "oss-cn-shanghai-internal.aliyuncs.com"

添加批量计算的内网 endpoint:

backend.providers.BCS.config.user-defined-region = "cn-shanghai-vpc"

backend.providers.BCS.config.user-defined-domain = "batchcompute-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com"

添加容器镜像服务的内网 endpoint：

docker.hash-lookup.alibabacloudcr.auth.endpoint = "cr-vpc.cn-shanghai.aliyuncs.com"*

运行模式

Cromwell支持两种模式：

run 模式
server 模式

关于两种模式的详细描述，请参考 Cromwell 官网文档。下面重点介绍这两种模式下如何使用批量计算。

A) run模式

run模式适用于本地运行一个单独的 WDL 文件描述的工作流，命令行如下：java -Dconfig.file=bcs.conf -jar cromwell.jar run echo.wdl --inputs echo.inputs

WDL 文件：描述详细的工作流。工作流中每个 task 对应批量计算的一个作业（Job）。
inputs文件：是 WDL 中定义的工作流的输入信息inputs 文件是用来描述 WDL 文件中定义的工作流及其 task 的输入文件。如下所示：

{
  "workflow_name.task_name.input1": "xxxxxx"
}

运行成功后，WDL 文件中描述的工作流中的一个 task 会作为批量计算的一个作业（Job）来提交。此时登录批量计算的控制台就可以看到当前的 Job 状态。

当 workflow 中所有的 task 对应的作业运行完成后，工作流运行完成。

B) server 模式

启动 server

相比 run 模式一次运行只能处理一个 WDL 文件，server 模式可以并行处理多个 WDL 文件。关于 server 模式的更多信息，请参考 Cromwell 官方文档。可以采用如下命令行启动 server：java -Dconfig.file=bsc.conf -jar cromwell.jar serverserver 启动成功后，就可以接收来自 client 的工作流处理请求。下面分别介绍如何使用 API 和 CLI 的方式向 server 提交工作流。

使用 API 提交工作流

server 启动后，可以通过浏览器访问 Cromwell Server，比如 Server 的 IP 为39.105.xxx.yyy，则在浏览器中输入http://39.105.xxx.yyy:8000，通过如下图所示的界面提交任务：

更多API接口及用法，请参考 Cromwell 官网文档。

使用 CLI 提交工作流[推荐]

除了可以使用 API 提交工作流以外，Cromwell 官方还提供了一个开源的 CLI 命令行工具 widder。可以使用如下的命令提交一个工作流：

python widdler.py run echo.wdl echo.inputs -o bcs_workflow_tag:tagxxx -S localhost

其中-o key:value是用于设置option，批量计算提供了 bcs_workflow_tag:tagxxx 选项，用于配置作业输出目录的tag（下一节查看运行结果中会介绍）。

如果使用前面章节中的镜像开通 ECS 作为 Cromwell server，镜像中已经安装了 widdler，位于 /home/cromwell/widdler。可以使用如下的命令提交工作流：

widdler run echo.wdl echo.inputs -o bcs_workflow_tag:tagxxx -S localhost

更多命令用法可使用widdler -h命令查看，或参考官方文档。

3. 查看运行结果

工作流运行结束后，输出结果被上传到了配置文件或 WDL 中定义的 OSS 路径下。在OSS路径上面的目录结构如下：

如上图所示，在配置文件中的config.root目录下有如下输出目录：

第一层：workflowname 工作流的名称
第二层：通过上一节中 CLI 命令的-o设置的目录tag
第三层：workflow id，每次运行会生成一个
第四层：workflow 中每个 task 的运行输出，比如上图中的 workflow 15e45adf-6dc7-4727-850c-89545faf81b0 有两个 task，每个task对应的目录命名是call-taskname，目录中包含三部分内容：
- 批量计算的日志，包括 bcs-stdout 和 bcs-stderr
- 当前 task 的输出，比如图中的 output1/output2 等
- 当前 task 执行的 stdout 和 stderr

4. 使用建议

在使用过程中，关于 BCS 的配置，有如下的建议供参考：

使用集群

批量计算提供了两种使用集群的方式：

自动集群
固定集群

A) 自动集群

在config配置文件中指定默认的资源类型、实例类型以及镜像类型，在提交批量计算 Job 时就会使用这些配置自动创建集群，比如：

default-runtime-attributes {
        cluster : "OnDemand ecs.sn1ne.large img-ubuntu-vpc"
      }

如果在某些 workflow 中不使用默认集群配置，也可以通过inputs文件中指定 workflow 中某个 task 的对应的批量计算的集群配置（将 cluster_config 作为 task 的一个输入），比如：

{
      "workflow_name.task_name.cluster_config": "OnDemand ecs.sn2ne.8xlarge img-ubuntu-vpc"
}

然后在 task 中重新设置运行配置:

task task_demo {
    String cluster_config
    runtime {
        cluster: cluster_config
  }
}

就会覆盖默认配置，使用新的配置信息创建集群。
####B) 固定集群
使用自动集群时，需要创建新集群，会有一个等待集群的时间。如果对于启动时间有要求，或者有了大量的作业提交，可以考虑使用固定集群。比如：

default-runtime-attributes {
        cluster : "cls-xxxxxxxxxx"
      }

注意：使用固定集群时，如果使用完毕，请及时释放集群，否则集群中的实例会持续收费。

Cromwell Server 配置建议

大压力作业时，建议使用较高配置的机器作为 Cromwell Server，比如ecs.sn1ne.8xlarge等32核64GB的机器。
大压力作业时，修改 Cromwell Server 的最大打开文件数。比如在ubuntu下可以通过修改/etc/security/limits.conf文件，比如修改最大文件数为100万：

root soft nofile 1000000
root hard nofile 1000000
* soft nofile 1000000
* hard nofile 1000000

确认 Cromwell Server 有配置数据库，防止作业信息丢失。
设置 bcs.conf 里面的并发作业数，比如 system.max-concurrent-workflows = 1000

开通批量计算相关配额

如果有大压力场景，可能需要联系批量计算服务开通对应的配额，比如：

一个用户所有作业的数量（包括完成的、运行的、等待的等多种状态下）；
同时运行的作业的集群的数量（包括固定集群和自动集群）；

使用 NAS

使用 NAS 时要注意以下几点：

NAS 必须在 VPC 内使用，要求添加挂载点时，必须指定 VPC；
所以要求在 runtime 中必须包含：
- VPC 信息
- mounts 信息

下面的例子可供参考：

runtime {
    cluster: cluster_config
    mounts: "nas://1f****04-xkv88.cn-beijing.nas.aliyuncs.com:/ /mnt/ true"
    vpc: "192.168.0.0/16 vpc-2zexxxxxxxx1hxirm"
  }

高级特性支持

Glob

Cromwell 支持使用 glob 来指定工作流中多个文件作为 task 的输出，比如：

task globber {
  command <<<
    for i in `seq 1 5`
    do
      mkdir out-$i
      echo globbing is my number $i best hobby  out-$i/$i.txt
    done
  >>>
  output {
    Array[File] outFiles = glob("out-*/*.txt")
  }
}
workflow test {
  call globber
}

当 task 执行结束时，通过 glob 指定的多个文件会作为输出，上传到 OSS 上。

Call Caching

Call Caching 是 Cromwell 提供的高级特性，如果检测到工作流中某个 task (对应一个批量计算的 job )和之前已经执行过的某个 task 具有相同的输入和运行时等条件，则不需要再执行，直接取之前的运行结果，这样可以为客户节省时间和费用。一个常见的场景是如果一个工作流有 n 个 task，当执行到中间某一个 task 时由于某些原因失败了，排除了错误之后，再次提交这个工作流运行后，Cromwell 判断如果满足条件，则已经完成的几个 task 不需要重新执行，只需要从出错的 task 开始继续运行。

配置 Call Caching

要在 BCS 后端情况下使用 Call Caching 特性，需要如下配置项：

database {
  profile = "slick.jdbc.MySQLProfile$"
  db {
    driver = "com.mysql.jdbc.Driver"
    url = "jdbc:mysql://localhost/db_cromwell?rewriteBatchedStatements=true&useSSL=false"
    user = "user_cromwell"
    password = "xxxxx"
    connectionTimeout = 5000
  }
}
call-caching {
  # Allows re-use of existing results for jobs you have already run
  # (default: false)
  enabled = true
  # Whether to invalidate a cache result forever if we cannot reuse them. Disable this if you expect some cache copies
  # to fail for external reasons which should not invalidate the cache (e.g. auth differences between users):
  # (default: true)
  invalidate-bad-cache-results = true
}
docker {
  hash-lookup {
    enabled = true
    # How should docker hashes be looked up. Possible values are local and remote
    # local: Lookup hashes on the local docker daemon using the cli
    # remote: Lookup hashes on alibab cloud Container Registry
    method = remote
    alibabacloudcr {
      num-threads = 10
      auth {
        access-id = "xxxx"
        access-key = "yyyy"
      }
    }
  }
}
engine {
  filesystems {
    oss {
      auth {
        endpoint = "oss-cn-shanghai.aliyuncs.com"
        access-id = "xxxx"
        access-key = "yyyy"
      }
    }
  }
}
backend {
  default = "BCS"
  providers {
    BCS {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.bcs.BcsBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        #其他配置省略
        filesystems {
          oss {
            auth {
              endpoint = "oss-cn-shanghai.aliyuncs.com"
              access-id = "xxxx"
              access-key = "yyyy"
            }
            caching {
              # When a cache hit is found, the following duplication strategy will be followed to use the cached outputs
              # Possible values: copy, reference. Defaults to copy
              # copy: Copy the output files
              # reference: DO NOT copy the output files but point to the original output files instead.
              #              Will still make sure than all the original output files exist and are accessible before
              #              going forward with the cache hit.
              duplication-strategy = "reference"
            }
          }
        }
        default-runtime-attributes {
          failOnStderr: false
          continueOnReturnCode: 0
          cluster: "OnDemand ecs.sn1.medium img-ubuntu-vpc"
          vpc: "192.168.0.0/16"
        }
      }
    }
  }
}

database 配置：Cromwell 将 workflow 的执行元数据存储在数据库中，所以需要添加数据库配置，详细情况参考Cromwell 官网指导。
call-caching 配置：Call Caching 的开关配置等；
docker.hash-lookup 配置：设置 Hash 查找开关及阿里云 CR 等信息，用于查找镜像的 Hash 值。
backend.providers.BCS.config.filesystems.oss.caching 配置：设置 Call Caching命中后，使用原来输出的方式，批量计算在这里支持 reference 模式，不需要拷贝原有的结果，节省时间和成本。

命中条件

使用批量计算作为后端时，Cromwell 通过如下条件判断一个 task 是否需要重新执行：

条件	解释
inputs	task 的输入，比如 OSS 上的样本文件
continueOnReturnCode	公共运行时参数，可以继续执行的返回码
docker	公共运行时参数，后端的Docker配置
failOnStderr	公共运行时参数，stderr非空时是否失败
imageId	批量计算后端运行时参数，标识作业运行的 ECS 镜像，如果使用的官方镜像如`img-ubuntu-vpc`可不用填写此项
userData	批量计算后端，用户自定义数据

如果一个 task 的上述参数未发生改变，Cromwell 会判定为不需要执行的 task，直接获取上次执行的结果，并继续工作流的执行。

本文作者：阿里云批量计算团队

Cromwell 工作流引擎支持

1. 准备工作

A) 开通批量计算服务

B) 下载 Cromwell

C) 开通 ECS 作为 Cromwell server

2. 使用 Cromwell

配置文件

运行模式

A) run模式

B) server 模式

启动 server

使用 API 提交工作流

使用 CLI 提交工作流[推荐]

3. 查看运行结果

4. 使用建议

使用集群

A) 自动集群

Cromwell Server 配置建议

开通批量计算相关配额

使用 NAS

高级特性支持

Glob

Call Caching

配置 Call Caching

命中条件

阿里云基因组学

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