新燕刀_个人页

2020年01月

• 01.09 10:35:58
  发表了文章 2020-01-09 10:35:58

  写在2020：进入“全民”基因组时代，除测序外我们还需要什么？

  写在2020年，展望未来10年，“全民”的基因组时代正在加速到来，它必然将全方位的加深我们对于生命科学的理解，为人类疾病的预防、诊断和治疗提供全新的技术手段，诞生一个庞大的生命经济产业。根据统计，全球用于罕见病，癌症的全基因组测序的样本数，在未来几年内可能很快就超过10亿级别的规模。这对于任何从事这一领域的科学家、研究机构、政府和企业来说，面临行业的浪潮，是巨大的机遇，也必然是巨大的挑战。

  
• 01.06 13:57:37
  发表了文章 2020-01-06 13:57:37

  GATK 软件分析流程

  GATK 软件分析流程由阿里云和 Broad Institute 合作提供。Broad Institute 提供的 GATK 流程最佳实践用 工作流定义语言（WDL） 编写，通过批量计算集成的 Cromwell 工作流引擎解析执行。用户将为作业运行时实际消耗的计算和存储资源付费，不需要支付资源之外的附加费用。 Broad Institute GATK 网站和论坛为 GATK 工具和 WDL 提供了更完整的背景信息，文档和支持。 如果需要执行用 WDL 编写的通用工作流程，请参考 cromwell 工作流引擎和 WDL 支持的 APP 。

  
• 01.06 11:42:47
  发表了文章 2020-01-06 11:42:47

  写在2020：进入“全民”基因组时代，除测序外我们还需要什么？

  从1900年孟德尔遗传定律被重新发现，到摩尔根的连锁和交换定律，再到1953年沃森(James D. Watson)和克里克（Francis Crick）发现DNA双螺旋结构，在不远的近现代科学史中，人们逐渐揭开自然界丰富多彩生物多样性背后的遗传与演化规律，建立了一套完整的学科体系。所有物种都有共同的起源，个体随机产生变异信息，通过定向的自然选择作用，再稳定遗传给下一代，以适应不断变化的外界环境，并由此进化出地球上所有的生命，包括人类。基因，作为整个遗传过程的基本单元，本质上就是一段具有功能性的DNA或者RNA的序列，它存储着生命体的所有信息，与我们每个人的生老病死都息息相关。

  

2019年11月

• 11.13 15:33:47
  发表了文章 2019-11-13 15:33:47

  Cromwell 工作流引擎支持

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2019年10月

• 10.31 15:35:28
  发表了文章 2019-10-31 15:35:28

  从宇宙到生命：为什么我们需要不断提高基因测序通量？

  我好像是一个在海边玩耍的孩子，不时为拾到比通常更光滑的石子或更美丽的贝壳而欢欣鼓舞，而展现在我面前的是完全未探明的真理之海。 ­ ——牛顿临终遗言
• 10.22 17:46:16
  发表了文章 2019-10-22 17:46:16

  基因组survey

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• 10.22 17:38:33
  发表了文章 2019-10-22 17:38:33

  使用stack分析RAD-seq

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• 10.22 14:54:40
  发表了文章 2019-10-22 14:54:40

  使用Falcon对三代测序进行基因组组装

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• 10.18 11:08:56
  发表了文章 2019-10-18 11:08:56

  PB 级数据处理挑战，Kubernetes如何助力基因分析？

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• 10.18 10:32:19
  发表了文章 2019-10-18 10:32:19

  基因测序企业如何解决存储和计算需求与有限IT基础设施的矛盾

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• 10.18 10:17:28
  发表了文章 2019-10-18 10:17:28

  LoRDEC: accurate and efficient long read error correction LoRDEC:精确且高效的长read校正

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• 10.15 15:45:16
  发表了文章 2019-10-15 15:45:16

  【译】使用Spark SQL 运行大规模基因组工作流

  原文链接：https://databricks.com/blog/2019/06/26/scaling-genomic-workflows-with-spark-sql-bgen-and-vcf-readers.html

2019年09月

• 09.04 14:01:20
  发表了文章 2019-09-04 14:01:20

  E-HPC支持多队列管理和自动伸缩

  阿里云E-HPC（弹性高性能计算）在最近的发布中支持多队列调度以及管理，另外发布针对多队列调度自动伸缩的策略支持。
• 09.04 10:50:16
  发表了文章 2019-09-04 10:50:16

  工作流在Kubernetes集群中的实践

  本文主要介绍如何在ACK上基于工作流引擎进行大规模基因测序工作。阿里云工作流引擎基于开源项目Argo实现，支持并发、循环、重试等多种执行策略。