阿里云E-HPC+i4p大内存实例,加速寻因生物单细胞数据分析效率

本文涉及的产品
云服务器 ECS,每月免费额度280元 3个月
云服务器ECS,u1 2核4GB 1个月
简介: 将单细胞测序技术与IT基础设施结合在一起,实现1+1大于2的效果。

视频:阿里云弹性计算加速寻因生物单细胞测序分析


寻因生物是一家专注于单细胞技术的生物科技企业,拥有自主研发的微孔芯片与油包水双技术单细胞捕获平台,致力于通过国产高通量单细胞全链条产品及服务,将单细胞技术普适化应用于临床及药物研发,助力相关疾病研究。

图片1.png


单细胞测序技术呼唤更高计算性能


自单细胞测序技术问世以来,先后被Nature Methods 评为年度技术,被 Nature 评为最值得期待的生物技术之一。相比于传统的检测技术,单细胞技术以细胞为研究单位,用更高的分辨率揭示个体的发育及疾病发生发展的机制。


更高的分辨率就意味着单细胞测序数据分析时需要更高的计算资源(更高的内存占用和CPU占用)。还要求数据分析人员有良好的编程基础、各种软件包的管理能力和较强的数据挖掘能力等,学习成本较高,这就导致了数据分析的通量和能力成为了单细胞技术快速成果转化的瓶颈。


阿里云E-HPC+i4p,加速寻因生物数据分析效率


为了提升数据分析的效率、简化用户操作流程,寻因生物基于千余项目实战经验自主研发出SeekSoul Online单细胞在线生信分析云平台。


该平台部署在阿里云i4p持久内存型实例中,并在实例中使用了Memory Machine大内存软件,不但完全消除磁盘读写带来的I/O瓶颈,还使得数据加载和导出时间从1000秒缩至2.5秒,任务的并发能力提升了5倍以上。同时,搭配的阿里云弹性高性能计算平台(E-HPC),通过统一调度不同规格云服务器,自动在业务高峰时扩容、低谷时释放,避免了资源浪费,有效保证项目周期。

图片2.png


寻因生物生信数据科学家马兴勇表示:“正是在这些技术的加持下,让我们的SeekSoul Online单细胞在线生信分析云平台可以集成多款高耗资源软件,数据库等,通过快速处理大规模单细胞测序数据,实现从单细胞数据质控到下游分析,再到个性化分析,一站式、可交互式单细胞数据分析操作。真正实现了将单细胞测序技术与IT基础设施结合在一起,达到了1+1>2的效果。”


点击这里,了解阿里云高性能计算平台E-HPC。

相关文章
|
25天前
|
存储 分布式计算 网络协议
阿里云服务器内存型r7、r8a、r8y实例区别参考
在阿里云目前的活动中,属于内存型实例规格的云服务器有内存型r7、内存型r8a、内存型r8y这几个实例规格,相比于活动内的经济型e、通用算力型u1实例来说,这些实例规格等性能更强,与计算型和通用型相比,它的内存更大,因此这些内存型实例规格主要适用于数据库、中间件和数据分析与挖掘,Hadoop、Spark集群等场景,本文为大家介绍内存型r7、r8a、r8y实例区别及最新活动价格,以供参考。
阿里云服务器内存型r7、r8a、r8y实例区别参考
|
19天前
|
缓存 编解码 弹性计算
阿里云服务器e/u1/c7/c7a/c8a/c8y/g7/g7a/g8a/g8ae实例适用场景汇总
目前阿里云活动购买云服务器时,除了轻量应用服务器之外,活动内的云服务器实例规格主要以e/u1/c7/c7a/c8a/c8y/g7/g7a/g8a/g8ae这几种为主,本文主要为大家介绍了阿里云服务器的实例规格是什么,有什么用?并汇总了阿里云轻量应用服务器和阿里云服务器e/u1/c7/c7a/c8a/c8y/g7/g7a/g8a/g8ae实例规格适用场景,以供大家了解和选择适合自己的需求的实例规格。
阿里云服务器e/u1/c7/c7a/c8a/c8y/g7/g7a/g8a/g8ae实例适用场景汇总
|
5天前
|
弹性计算 安全
电子好书发您分享《阿里云第八代企业级ECS实例,为企业提供更安全的云上防护》
阿里云第八代ECS实例,搭载第五代英特尔至强处理器与飞天+CIPU架构,提升企业云服务安全与算力。[阅读详情](https://developer.aliyun.com/ebook/8303/116162?spm=a2c6h.26392459.ebook-detail.5.76bf7e5al1Zn4U) ![image](https://ucc.alicdn.com/pic/developer-ecology/cok6a6su42rzm_f422f7cb775444bbbfc3e61ad86800c2.png)
31 14
|
15天前
|
存储 缓存 PHP
阿里云服务器实例、CPU内存、带宽、操作系统选择参考
对于使用阿里云服务器的用户来说,云服务器的选择和使用非常重要,如果实例、内存、CPU、带宽等配置选择错误,可能会影响到自己业务在云服务器上的计算性能及后期运营状况,本文为大家介绍一下阿里云服务器实例、CPU内存、带宽、操作系统的选择注意事项,以供参考。
阿里云服务器实例、CPU内存、带宽、操作系统选择参考
|
22天前
|
缓存 编解码 前端开发
2024年阿里云服务器经济型e、通用算力型u1及计算型、通用型实例适用场景参考
目前阿里云的活动中提供了多种云服务器实例规格,包括经济型e、通用算力型u1、计算型c7/a系列和通用型g7/a系列等,适用于不同场景。实例规格定义了CPU、内存等配置,影响计算和存储能力。本文主要为大家介绍了阿里云服务器的实例规格是什么,并汇总了阿里云轻量应用服务器和阿里云服务器e/u1/c7/c7a/c8a/c8y/g7/g7a/g8a/g8ae实例规格适用场景,以供参考。
2024年阿里云服务器经济型e、通用算力型u1及计算型、通用型实例适用场景参考
|
27天前
|
存储 缓存 编解码
阿里云服务器通用型g7、g7a、g8a、g8ae、g8i、g8y实例区别参考
在阿里云目前的活动中,属于通用型实例规格的云服务器有通用型g7、通用型g7a、通用型g8a、通用型g8ae、通用型g8y这几个实例规格,相比于活动内的经济型e和通用算力型u1等实例规格来说,这些实例规格等性能更强,适用于中小型数据库系统、缓存、搜索集群、大数据服务和集群计算等场景。本文为大家介绍通用型g7、g7a、g8a、g8ae、g8y实例区别及最新活动价格,以供参考。
阿里云服务器通用型g7、g7a、g8a、g8ae、g8i、g8y实例区别参考
|
27天前
|
弹性计算 关系型数据库 MySQL
阿里云服务器经济型e实例2核2G3M带宽99元搭建网站图文教程参考
经济型e实例2核2G,3M固定带宽,40G ESSD Entry云盘,价格只要99元,这是阿里云精心为开发者和普通企业用户推出的一款上云首选必备产品,可用于中小型的web应用以及企业应用。本文为大家展示使用这款云服务器搭建网站的相关教程,以供参考。
阿里云服务器经济型e实例2核2G3M带宽99元搭建网站图文教程参考
|
28天前
|
存储 编解码 网络协议
阿里云服务器计算型c7、c7a、c8a、c8y实例区别参考
在阿里云目前的活动中,属于计算型实例规格的云服务器有计算型c7、计算型c7a、计算型c8a、计算型c8y这几个实例规格,相比于活动内的经济型e和通用算力型u1等实例规格来说,这些实例规格等性能更强,本文为大家介绍计算型c7、c7a、c8a、c8y实例区别及最新活动价格,以供参考。
阿里云服务器计算型c7、c7a、c8a、c8y实例区别参考
|
调度 弹性计算 存储
拆解超算上云的障碍,阿里云用了这三招|E-HPC如何改变云超算?
2019年阿里云上海峰会,由阿里云资深技术专家何万青带来以“阿里云超算E-HPC平台”为题的演讲。本文内容包括了HPC概念及发展趋势,面向“大计算”设计的弹性基础设施,客户应用云上优化,着重介绍了E-HPC自动伸缩,闲时计算方案与混合云,数据全流程可视化以及HPC工作流与数据迁移等。
1780 0
|
11月前
|
存储 弹性计算 运维
带你读《生命科学行业云上解决方案及最佳实践》——阿里云 E-HPC 生命科学行业整体解决方案(上)
带你读《生命科学行业云上解决方案及最佳实践》——阿里云 E-HPC 生命科学行业整体解决方案(上)
295 0

相关产品

  • 弹性高性能计算