凯凯何_Boy_社区达人页

2023年06月

• 06.15 14:05:53
  发表了文章 2023-06-15 14:05:53

  拿到基因表达矩阵之后的那点事(三)

  之前的流程我们已经通过三种常用的方法对样品之间做了差异分析，接下来我们就以最流行的DEseq2包分析的结果接着进行分析，可视化~
• 06.15 13:57:20
  发表了文章 2023-06-15 13:57:20

  Learn R package together--(3)

  论文中作图经常会有合并图排版需求，一般会放入PPT中或AI手动调节，若是在R中出图前直接调好岂不是更美滋滋，So本次就介绍几种关于合并图形的包cowplot、gridExtra、ggpubr、patchwork
• 06.15 13:51:39
  发表了文章 2023-06-15 13:51:39

  拿到基因表达矩阵之后的那点事(二)

  上次说了除了FPKM/RPKM标准化，我们可以直接拿原始Counts去进行差异分析，基于Deseq2、edgeR、limma三个包简单介绍一下分析流程。其中edgeR包在无生物学重复的研究中也用的较多~~
• 06.15 13:36:36
  发表了文章 2023-06-15 13:36:36

  利用Typora+码云来搭建你的个人图床

  图床一般是指储存图片的服务器，有国内和国外之分。国外的图床由于有空间距离等因素决定访问速度很慢影响图片显示速度。就是专门用来存放图片，同时允许你把图片对外连接的网上空间，不少图床都是免费的。
• 06.15 13:30:03
  发表了文章 2023-06-15 13:30:03

  Learn R package together--(2)

  介绍俩个小众但实用的包wherepackage、rPlotter
• 06.15 13:24:12
  发表了文章 2023-06-15 13:24:12

  扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

  A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the smallest value) should be performed firstly for downstream analysis.
• 06.15 13:17:03
  发表了文章 2023-06-15 13:17:03

  宏基因组之物种注释（基于nr库）

  昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。 软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度)
• 06.15 13:12:12
  发表了文章 2023-06-15 13:12:12

  宏基因组之基因预测

  12年有篇BMC的文献对几款预测的软件做了评估，其实参考大多数的文献中最常见的俩个软件也就是Prodigal和Metagenemark这俩个软件，分析过程中我这俩个软件都感受一下，现在将过程记录一下~~有兴趣的话可以看看这篇文献哦。
• 06.15 12:58:03
  发表了文章 2023-06-15 12:58:03

  Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录

  Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录
• 06.15 12:48:15
  发表了文章 2023-06-15 12:48:15

  python脚本系列-两列数据互相转化

  python脚本系列-两列数据互相转化

  
• 06.15 12:42:15
  发表了文章 2023-06-15 12:42:15

  拿到基因表达矩阵之后的那点事(一)

  做转录组一般拿到基因表达矩阵之后工作即可开始做差异分析，在此之前还有一步就是对矩阵做标准化，常见的几种RPKM、FPKM、TMM等，虽然RPKM、FPKM方法被吐槽的尤为厉害，但是大多数测序公司给出的结果依然还是很多在使用这种方法，这里我还是以RPKM作为演示。
• 06.15 12:27:58
  发表了文章 2023-06-15 12:27:58

  群落堆叠柱状图+冲击图绘制

  群落堆叠柱状图+冲击图绘制
• 06.15 12:10:08
  发表了文章 2023-06-15 12:10:08

  Shell之小tip (1)

  Shell之小tip ：1. 查看服务器的基本信息。2.后台运行任务。3. find的一些用法。4.文件压缩打包5.sed、grep、awk三剑客。
• 06.15 12:03:07
  发表了文章 2023-06-15 12:03:07

  Learn R package together--(1)

  ggrepel包 此包可解决标签重合问题
• 06.15 10:40:16
  发表了文章 2023-06-15 10:40:16

  谈谈转录组测序基础知识及常见问题

  转录组基础知识