网址:https://monago.erc.monash.edu/
支持以下三种形式:
一、提交GOterms直接可视化
可以手动粘贴或者上传csv文件,格式只有三列:GO terms、P值、该term相关基因,注意基因直接用;号间隔
提交文件之后,左下角可以选择允许的最大P值或者手动输入
选择距离测量:可以通过下拉菜单选择距离测量。这就是如何比较GO术语之间的相似性,以便对相似的术语进行聚类。这里有三个选项;首先是“Number of overlapping genes”,这是GO术语中共有基因的百分比。第二个选项"Resnik similarity between GO terms"和“Simrel between GO terms”是两个GO术语之间的语义相似性度量。
点击提交,即可产生交互式界面
主界面是一个弦图,它附加了辅助的可视化元素,包括GO术语标签和分层聚类树。标签中使用前缀代表GO数据库三个分支,如BP(生物过程)、CC(细胞成分)和MF(分子功能)。
鼠标指定GO trem上时候,右侧面板会显示出相应的细节信息,已经该GO term的Hierarchy结构信息,点击save image可以保存相应的图形。
Details信息上方有搜索框,可以输入GO term或者Gene ID 进行快速检索
二、提交MonaGO的输出文件
可以下载存储主和弦图的当前状态的JSON文件,并上传以获得恢复。可视化界面中点击Export File可以输出monago格式文件,方便后续上传修改。
三、使用DAVID结果
MonaGO可以输入genes list并通过DAVID服务器得到富集结果并可视化,可看到与David功能界面大体一致。
总的来说操作并不复杂,不失为富集结果可视化的一种替代方式,感兴趣的可以试一下~~