Front Immunol 复现 | 4. 使用estimate包评估肿瘤纯度

简介: Front Immunol 复现 | 4. 使用estimate包评估肿瘤纯度

方法简析


ESTIMATE为研究人员提供了基于表达数据的肿瘤纯度、基质细胞存在水平和肿瘤组织中免疫细胞浸润水平的评分。


浸润基质细胞和免疫细胞是肿瘤组织中正常细胞的主要组成部分,不仅在分子研究中干扰肿瘤信号,而且在肿瘤生物学中具有重要作用。使用表达数据估计恶性肿瘤中的基质细胞和免疫细胞(Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data,ESTIMATE)是一种使用基因表达特征来推断肿瘤样本中基质细胞和免疫细胞的比例的方法。也就是说,基质细胞和免疫细胞含量多,那肿瘤纯度低,反之肿瘤纯度就高了。


开始分析


数据格式



image.png

combat_exp.txt

# estimate下载
getOption('timeout')
options(timeout=1000)
library(utils)
rforge <- "http://r-forge.r-project.org"
install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE)
library(estimate)
?estimate
library(help="estimate")
# 评分
filterCommonGenes(input.f="combat_exp.txt", output.f="exp_estimate_score.gct", id = "GeneSymbol")
estimateScore('exp_estimate_score.gct','exp_purify.gct' )
result <- read.table('exp_purify.gct',header = T,skip = 2)
head(result)
> head(result)
           NAME   Description  GSM1820739   GSM1820740   GSM1820741   GSM1820742
1  StromalScore  StromalScore -475.990263 -345.9680632 -390.8492694 -223.2208710
2   ImmuneScore   ImmuneScore 2543.250642 2473.3975436 2732.0745355 2760.4281562
3 ESTIMATEScore ESTIMATEScore 2067.260379 2127.4294804 2341.2252661 2537.2072852
4   TumorPurity   TumorPurity    0.614979    0.6079905    0.5827791    0.5591635


相关文章
|
22天前
|
人工智能
自动化、可复现,基于大语言模型群体智能的多维评估基准Decentralized Arena来了
Decentralized Arena(De-Arena)是一个用于评估大语言模型(LLM)的多维度、去中心化基准平台。它通过分布式评估机制提高公正性和透明度,采用多维度指标全面衡量模型性能,实现自动化和可复现的评估流程,促进LLM技术的健康发展与合作交流。
24 7
|
1月前
|
机器学习/深度学习 自然语言处理
完全使用自生成数据实现LLM自我纠正,DeepMind新突破SCoRe:纠正性能提升15.9%
【10月更文挑战第27天】Google DeepMind 研究人员开发了 SCoRe 方法,利用多回合在线强化学习显著提升大型语言模型(LLM)的自我纠正能力。该方法分为两个阶段:第一阶段通过强化学习减少行为崩溃,第二阶段使用奖励塑造优化两次尝试的性能。实验结果显示,SCoRe 在数学和编程任务上分别提升了 4.4% 和 12.2% 的自我纠正性能。
46 3
|
6月前
|
机器学习/深度学习 算法 Python
YOLOV5应用实战项目:钢材表面缺陷检测(数据集:NEU-CLS)笔记
YOLOV5应用实战项目:钢材表面缺陷检测(数据集:NEU-CLS)笔记
|
7月前
R语言对巨灾风险下的再保险合同定价研究案例:广义线性模型和帕累托分布Pareto distributions分析
R语言对巨灾风险下的再保险合同定价研究案例:广义线性模型和帕累托分布Pareto distributions分析
|
并行计算 PyTorch 算法框架/工具
CenterNet复现错误总结
CenterNet复现遇到的一些问题总结
139 0
|
机器学习/深度学习 算法 测试技术
Sentieon实战:NGS肿瘤变异检测流程
Sentieon实战:NGS肿瘤变异检测流程
200 0
|
机器学习/深度学习 算法 数据挖掘
Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析
Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析
117 0
|
安全 Ubuntu Shell
vulstack红队评估(四)
根据作者公开的靶机信息整理
194 0
|
Ubuntu 安全 网络协议
vulstack红队评估(三)
一共是5台机器,目标是拿下域控获取flag文件
243 0
|
自动驾驶 机器人 计算机视觉
3D检测难点 | 3D检测如何解决远处小目标问题?Deformable PV-RCNN 或是个答案!
3D检测难点 | 3D检测如何解决远处小目标问题?Deformable PV-RCNN 或是个答案!
191 0