方法简析
ESTIMATE为研究人员提供了基于表达数据的肿瘤纯度、基质细胞存在水平和肿瘤组织中免疫细胞浸润水平的评分。
浸润基质细胞和免疫细胞是肿瘤组织中正常细胞的主要组成部分，不仅在分子研究中干扰肿瘤信号，而且在肿瘤生物学中具有重要作用。使用表达数据估计恶性肿瘤中的基质细胞和免疫细胞(Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data，ESTIMATE)是一种使用基因表达特征来推断肿瘤样本中基质细胞和免疫细胞的比例的方法。也就是说，基质细胞和免疫细胞含量多，那肿瘤纯度低，反之肿瘤纯度就高了。
开始分析
数据格式
combat_exp.txt
# estimate下载 getOption('timeout') options(timeout=1000) library(utils) rforge <- "http://r-forge.r-project.org" install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE) library(estimate) ?estimate library(help="estimate") # 评分 filterCommonGenes(input.f="combat_exp.txt", output.f="exp_estimate_score.gct", id = "GeneSymbol") estimateScore('exp_estimate_score.gct','exp_purify.gct' ) result <- read.table('exp_purify.gct',header = T,skip = 2) head(result)
> head(result) NAME Description GSM1820739 GSM1820740 GSM1820741 GSM1820742 1 StromalScore StromalScore -475.990263 -345.9680632 -390.8492694 -223.2208710 2 ImmuneScore ImmuneScore 2543.250642 2473.3975436 2732.0745355 2760.4281562 3 ESTIMATEScore ESTIMATEScore 2067.260379 2127.4294804 2341.2252661 2537.2072852 4 TumorPurity TumorPurity 0.614979 0.6079905 0.5827791 0.5591635
