跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)

简介: 这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure:蛋白质相互作用网络。

读图


对于蛋白质相互作用网络图:


节点表示蛋白质,


节点的连线表示蛋白质之间存在相互作用,


节点的颜色表示基因的聚类


连线的颜色反映了相互作用类型,包括试验验证的或预测得到的,也包含直接物理作用、共表达、基因融合等关系。


蛋白质-蛋白质相互作用网络

蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制,以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。


常用的PPI分析数据库有STRING,bioGRID,然而在分析时其功能也是有一定的局限性。


这篇Cell使用的数据库名字叫做GeNets(网址:http://apps.broadinstitute.org/genets#)。这个数据库可以通过机器学习方法对差异基因进行分析,找出其关键基因以及信号通路;也可以通过聚类找到的差异基因进行聚类。


绘制


1. 打开并注册GeNets


http://apps.broadinstitute.org/genets#


2. 导入数据


image.png

210503_2

3.开始作图


image.png

210503_3

4. 调整


去掉Not Assigned基因。


下载节点信息数据

image.png


210503_4

删去Not Assigned 基因

image.png


210503_5

把剩下的基因粘贴回去重新分析。


5. 设置并导出


image.png

210503_7

对图片进行设置。大家动动手就知道每个项目是什么意思了,这里就不细说了,后面会在视频里讲的详细点。

image.png


210503_6


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