读图
对于蛋白质相互作用网络图:
节点表示蛋白质,
节点的连线表示蛋白质之间存在相互作用,
节点的颜色表示基因的聚类
连线的颜色反映了相互作用类型,包括试验验证的或预测得到的,也包含直接物理作用、共表达、基因融合等关系。
蛋白质-蛋白质相互作用网络
蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制,以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。
常用的PPI分析数据库有STRING,bioGRID,然而在分析时其功能也是有一定的局限性。
这篇Cell使用的数据库名字叫做GeNets(网址:http://apps.broadinstitute.org/genets#)。这个数据库可以通过机器学习方法对差异基因进行分析,找出其关键基因以及信号通路;也可以通过聚类找到的差异基因进行聚类。
绘制
1. 打开并注册GeNets
http://apps.broadinstitute.org/genets#
2. 导入数据
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3.开始作图
210503_3
4. 调整
去掉Not Assigned基因。
下载节点信息数据
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删去Not Assigned 基因
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把剩下的基因粘贴回去重新分析。
5. 设置并导出
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对图片进行设置。大家动动手就知道每个项目是什么意思了,这里就不细说了,后面会在视频里讲的详细点。
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