关键词：临床试验；变异检测；TMB；
文献介绍
- 标题（英文）：Bioinformatic Methods and Bridging of Assay Results for Reliable Tumor Mutational Burden Assessment in Non-Small-Cell Lung Cancer
- 标题（中文）：生物信息学方法和检测结果的桥接，用于非小细胞肺癌的可靠肿瘤突变负荷评估
- 发表期刊：Molecular Diagnosis & Therapy
- 作者单位：Bristol-Myers Squibb公司
- 发表年份：2019
- 文章地址：https://doi.org/10.1007/s40291-019-00408-y
图1 文献介绍
肿瘤突变负荷（TMB）是衡量肿瘤基因组突变数量的重要指标，在癌症免疫治疗中具有潜在预测价值。然而，TMB评估方法的多样性导致跨研究和平台间的结果解释面临挑战。为解决这一问题，研究组通过比较全外显子测序（WES）和FoundationOne CDx基因面板在评估TMB方面的差异，为TMB评估方法的标准化提供了重要见解。
测序流程
在研究数据处理和分析阶段，研究组使用Sentieon生成BAM文件，以及使用Sentieon TNsnv用于检测单核苷酸变异（SNV）和进行生殖系突变去除。
图2 Sentieon的作用
研究组对312名非小细胞肺癌（NSCLC）患者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤样本和配对血液样本进行了WES分析。同时，使用FoundationOne CDx测定对其中44个样本进行了TMB评估，发现WES和FoundationOne CDx的TMB评估结果高度相关。
图3 本研究中通过WES评估TMB的工作流程。实心黑色箭头表示所有WES分析中包含的步骤。虚线灰色箭头显示本研究中调查了哪些步骤对TMB输出的影响。COSMIC：癌症体细胞突变目录，ExAC：外显子组联盟，indel：短插入/缺失，NGS：下一代测序，SNV：单核苷酸变异，TMB：肿瘤突变负荷，WES：全外显子测序
WES分析平均每个肿瘤样本产生8400万个读段，平均肿瘤靶向覆盖度为84.6×。包括“所有突变”的TMB评分比仅考虑错义突变高3.1倍，发现两者高度相关（Spearman's r = 0.99）。其中错义突变的中位数为170，"所有突变"的中位数为540。这意味着全面考虑所有突变类型可能提供更准确的TMB评估，有助于更好地预测免疫治疗的效果。
图4 CheckMate 026样本中WES的TMB分析。数据显示仅包括错义突变的TMB评分与"所有突变"（包括同义、插入缺失、移码、错义和无义突变）的TMB评分。蓝色线表示线性回归线。
组织学类型分析揭示了鳞状和非鳞状NSCLC样本的TMB差异。鳞状NSCLC样本的中位错义突变数在CheckMate 026和TCGA数据集中分别为212和196，非鳞状NSCLC样本分别为148和156。包括"所有突变"时，TMB评分显著增加，尤其对CheckMate 026样本影响更大。这强调了不同组织学类型肿瘤的遗传异质性，可能影响治疗策略的选择和预后评估。
图5 比较CheckMate 026样本中通过WES确定的TMB评分与公开可用的TCGA数据获得的评分。a) TMB评估仅包括错义突变。b) TMB评估包括"所有突变"。深蓝色线显示每个子集的中位数和四分位范围。
生殖系变异过滤方法的选择对TMB评分有重要影响。仅用肿瘤样本的"仅肿瘤TMB"方法比使用配对正常样本的"肿瘤/正常TMB"方法平均高出约100个突变。这种差异在不同种族间存在变化：白人患者为84个突变，黑人/非裔美国人患者为132个突变，亚洲患者为213个突变。这突出了考虑种族差异和选择适当的生殖系变异过滤方法的重要性，对于准确评估TMB和个体化治疗决策至关重要。
WES与FoundationOne CDx的TMB评估结果高度相关（Spearman's r = 0.90）。FoundationOne CDx的TMB截止水平确定为10 mut/Mb，相当于WES的199个错义突变。在所选截止值附近，两种方法的阳性和阴性一致性分别为83%和85%，总体一致性达到84%。这一结果为不同平台间TMB评分的标准化提供了基础，有助于在临床实践中更一致地应用TMB作为生物标志物，提高免疫治疗患者选择的准确性。
图6 a) WES和FoundationOne CDx检测评估的TMB相关性。b) 将TMB数据分组为由截止值定义的类别。
表1 通过全外显子测序和FoundationOne CDx检测得出的肿瘤突变负荷数据之间的一致性
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文献讨论
图7 文献讨论
文章讨论了肿瘤突变负荷(TMB)作为免疫治疗生物标志物的重要性及其测定方法的标准化问题。强调了不同TMB测定方法间存在的差异，以及统一这些方法的必要性。尽管存在差异，研究发现不同方法的结果具有良好相关性。研究组呼吁建立准确、可重复的TMB评估标准，以促进其在临床实践中的应用。
结论
该研究强调了TMB评估方法标准化的重要性。研究结果表明，尽管不同测定方法存在诸多变化因素，但通过适当的校准和参数报告，TMB测试的临床实施是可行的。这为癌症免疫治疗的精准医疗策略提供了重要支持。然而，研究也指出了未来改进的方向，如增加样本量、优化预分析程序和分析参数，以进一步提高TMB确定的精确度。总的来说，这项研究为TMB在癌症诊断和治疗中的应用铺平了道路，同时也强调了继续完善和标准化TMB评估方法的必要性。
