gtsummary | 绘制回归模型结果表

简介: gtsummary | 绘制回归模型结果表

gtsummary

gtsummary包提供了一种优雅而灵活的方式来创建可供发表的分析表和汇总表。gtsummary包可以总结数据集、回归模型结果等。总结数据集即对数据进行描述统计,与我们之前介绍的table1包相似。详见:R实战 | 文章第一表:三线表的绘制。今天我们主要介绍回归模型结果表达绘制。

回归模型结果表

绘制

# 安装并加载包
install.packages("gtsummary")
library(gtsummary)
# 示例数据
head(trial)
> head(trial)
# A tibble: 6 × 8
  trt      age marker stage grade response death ttdeath
  <chr>  <dbl>  <dbl> <fct> <fct>    <int> <int>   <dbl>
1 Drug A    23  0.16  T1    II           0     0    24  
2 Drug B     9  1.11  T2    I            1     0    24  
3 Drug A    31  0.277 T1    II           0     0    24  
4 Drug A    NA  2.07  T3    III          1     1    17.6
5 Drug A    51  2.77  T4    III          1     1    16.4
6 Drug B    39  0.613 T4    I            0     1    15.6
# 建模
mod1 <- glm(response ~ trt + age + grade, trial, family = binomial)
# tbl_regression()绘制表格
t1 <- tbl_regression(mod1, exponentiate = TRUE)
t1

t1

# 合并多种回归结果表
library(survival)
# 生存模型
t2 <-
  coxph(Surv(ttdeath, death) ~ trt + grade + age, trial) %>%
  tbl_regression(exponentiate = TRUE) # 这里用了管道符简化
t2
# merge tables 
tbl_merge_ex1 <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Tumor Response**", "**Time to Death**")
  )
tbl_merge_ex1

tbl_merge_ex1

导出结果

# 保存为.html .tex .ltx .rtf
tbl_merge_ex1 %>%
  as_gt() %>%
  gt::gtsave(filename = "tbl_merge_ex1.html") # use extensions .html .tex .ltx .rtf
# 保存为word
install.packages('gdtools')
install.packages('flextable')
tf <- tempfile(fileext = ".docx")
tbl_merge_ex1 %>%
  as_flex_table() %>%
  flextable::save_as_docx(path = tf)

更多详细参数设置:Tutorial: tbl_summary • gtsummary (danieldsjoberg.com)(https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/tbl_summary.html)

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参考

Presentation-Ready Data Summary and Analytic Result Tables • gtsummary (danieldsjoberg.com)

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