本文首发于“生信补给站”公众号 ggplot2|从0开始绘制折线图
话说“一图胜千言”，在各类数据分析报告中经常会看见各种各样的图形，例如折线图、条形图、箱线图、点图等。
其中折线图可以反映某种现象的趋势，本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的线形图。
一 绘制单条折线图
载入数据及函数包
library(ggplot2) df <- data.frame(dose=c("A", "B", "C"), len=c(5.16, 10.10, 30)) head(df) dose len 1 A 5.16 2 B 10.10 3 C 30.00
1.1 绘制基本的折线图
ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) +geom_line()
1.2 添加点，并更改线型 和颜色
ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) +geom_line(linetype = "dashed",color="red")+ geom_point()
1.3 添加箭头
library(grid) ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1))+geom_line(arrow = arrow())+geom_point() #自定义箭头类型 myarrow=arrow(angle = 15, ends = "both", type = "closed") ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) +geom_line(arrow=myarrow)+geom_point()
1.4 附赠
ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) + geom_step()+ geom_point()
注：因为横坐标的属性为因子（离散型的字符转换为因子），所以需要添加‘group = 1’的设置。
二 绘制多条折线图
设置数据
df2 <- data.frame(supp=rep(c("Case", "Control"), each=3), dose=rep(c("A", "B", "C"),2),len=c(6.8, 15, 38, 5.16, 10.10, 30)) head(df2) supp dose len 1 Case A 6.80 2 Case B 15.00 3 Case C 38.00 4 Control A 5.16 5 Control B 10.10 6 Control C 30.00
2.1 绘制多条折线图，更改线型
ggplot(data=df2, aes(x=dose, y=len, group=supp))+ geom_line(linetype="dashed", color="blue", size=1.2)+ geom_point(color="red", size=3)
2.2 分组更改线型和点的形状
ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line(aes(linetype=supp))+ geom_point(aes(shape=supp))
2.3 自定义更改线型
ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line(aes(linetype=supp))+ geom_point()+ scale_linetype_manual(values=c("twodash", "dotted"))
2.4 更改颜色
p <- ggplot(df2, aes(x=dose, y=len, group=supp)) + geom_line(aes(color=supp))+ geom_point(aes(color=supp)) p
其他自定义颜色方式：
# Use custom color palettes p+scale_color_manual(values=c("#E69F00", "#56B4E9")) # Use brewer color palettes p+scale_color_brewer(palette="Dark2") # Use grey scale p +scale_color_grey() + theme_classic()
2.5 添加误差棒
利用ToothGrowth数据集，首先分组计算每一分组的均值和标准差，整理成如下格式：
supp dose len sd 1 OJ 0.5 13.23 4.459709 2 OJ 1.0 22.70 3.910953 3 OJ 2.0 26.06 2.655058 4 VC 0.5 7.98 2.746634 5 VC 1.0 16.77 2.515309 6 VC 2.0 26.14 4.797731
绘制添加误差棒的折线图
ggplot(df3, aes(x=dose, y=len, group=supp, color=supp)) + geom_errorbar(aes(ymin=len-sd, ymax=len+sd), width=.1) + geom_line() +geom_point()+ scale_color_brewer(palette="Paired")+theme_minimal()
注：可以使用position_dodge 参数，防止errorbars重叠
三 折线图汇总展示
ggplot(df3, aes(x=dose, y=len, group = supp, color=supp))+ geom_errorbar(aes(ymin=len-sd, ymax=len+sd), width=.1, position=position_dodge(0.05)) + geom_line(aes(linetype=supp)) + geom_point(aes(shape=supp))+ labs(title="Plot of lengthby dose",x="Dose (mg)", y = "Length")+ theme_classic()+ scale_color_manual(values=c('#999999','#E69F00'))
四 参考资料
ggplot2：数据分析与图形艺术
http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-essentials
好了，就是这么简单，输出基本图形后，根据自己的喜好进行细节的调整即可
