基于excel和python拆分数据为多行

简介: 在基因富集操作后我们会得到这样的结果,像下图这样可以看到富集的通路中都涉及了哪些基因ID,但是这样查看并不友好,我们可以拿这两列数据去做个转换,清楚直观的呈现这种对应关系。也就是将后面按 / 分割的基因拆分为多行。

基于excel和python拆分数据为多行



在基因富集操作后我们会得到这样的结果,像下图这样可以看到富集的通路中都涉及了哪些基因ID,但是这样查看并不友好,我们可以拿这两列数据去做个转换,清楚直观的呈现这种对应关系。也就是将后面按 / 分割的基因拆分为多行。

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Excel+Word操作

1. 我们先复制这两列数据到空白区域

983f31767bcfb7e1f1d156b7a60ab66.png

2.打开word,将这两列数据复制,按照目标样式粘贴进来

6b27b2ea53dab60b0115a47549f0ace.png

3. 然后光标就停留在第一个框,ctrl + H弹出查找与替换,将/ 全部替换为^p

92da9f367012db219d4e8451ec3ca55.png

f87a9bdc79e09b138dccee6494e6c51.png

可以看到现在已经变为多列的形式了。


4.我们复制该表粘贴回Excel中,并添加框线。

8e4bcf5ae5ea9e60b37edc68a51701a.png

python 编程

以这俩列数据作为输入文件写个代码test.py,如下

#!/usr/bin/python 
import sys
dict = {}
final = open(sys.argv[2],'w')
with open(sys.argv[1],'r') as p:
    for line in p:
        line = line.strip().split('\t')
        gene = line[0]
        dict[gene] = line[1]
for key,value in dict.items():
    for i in value.split('/'):
        print(f'{key}\t{i}',file=final)
final.close()

python test.py input.txt output.txt 产生结果文件为下图:

5e8c1bf495ee37572ecb46688cf791c.png

OK,两种方法处理其实都比较快的,对python不太熟悉的就用Excel就好了~~

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