徐洲更
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徐洲更
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生信媛公众号编辑、生信必修课之软件安装课程作者
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发表了文章 2017-05-04
GATK之FastaStats和CountReads
GATK的本职工作是Variant calling，但是就像我之前所说的，它作为基因组分析工具箱，还是有很多其他工具，今天学习的是诊断和质量控制工具的其中两个:CountReads，FastaStats。
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发表了文章 2017-05-02
GATK之BaseRecalibrator
BaseRecalibrator 简介 用途： 检测碱基质量分数中的系统错误。分类： 序列数据处理工具概要： 所谓的变异位点，就是与参考基因组不同的部分，假设原始数据中就存在着一些由于测序仪器产生的系统性误差，那么变异位点识别过程中找到的variant，就会存在大量的假阳性。
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发表了文章 2017-05-01
GATK之VariantAnnotator
VariantAnnotator 简要说明 用途： 利用上下文信息注释识别的变异位点(variant calls)分类： 变异位点操作工具概要： 根据变异位点的背景信息（与功能注释相对）进行注释。
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发表了文章 2017-05-01
如何使用R的apply
由于R语言的apply家族函数是用C写的，所以使用apply进行遍历的执行效率远远高于自己编写的循环语句。 函数介绍 apply的用法很简单： apply(X, MARGIN, FUN, ...) X: 是一个数组(array)，也就是说输入必须都是相同类型的数据，要么都是数值型，要么都是字符型。
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发表了文章 2017-05-01
Python爬虫：学了requests库和re库之后能做的事情
学习的最好模式，就是学了就去马上用。上次是学完了urllib和re库之后尝试爬取了豆瓣分享的书单，那个时候发现urllib这个标准库还是不太好使。今天刚学了requests这个更好用的库之后，尝试和re一起使用爬取简书的第一页。
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发表了文章 2017-04-30
基于urllib和re模块的爬虫简单实战
基于基础库的简单实战 爬取目标是千古刘传在豆瓣上的分享书单,网址为https://www.douban.com/doulist/44773558/ 明确爬取目标： 书名 作者 出版社 出版年 豆瓣评分 刘传评语 查看网页构造： 代码： from urllib import request url = 'https://www.
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发表了文章 2017-04-30
GATK入门的最佳姿势
GATK，全称是Genome Anlysis Toolkit，顾名思义，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，但是实际上功能超多，导致初学者都不知道从何学习GATK。
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发表了文章 2017-04-29
正则表达式
正则表达式 正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用实现定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。
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发表了文章 2017-04-25
基因告诉我什么
等待了将近一个月的时间，我在微基因（类似于23&me)的基因检测报告终于出来了。 作为一个热衷于生物信息学的初学者，当看到可以花850（原价999，用了一张150的优惠券）对自己做一次microassay（基因芯片）的时候，立刻产生了极大的兴趣，于是在清明前下单，然后清明后通过唾液采取送去了我的样本。
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发表了文章 2017-04-24
《认知学习法》学习笔记之“心念一闪，震动十方”
“认识你自己”是希腊德尔菲神庙门楣的铭言，也是苏格拉底的哲学原则。它在你人生的每一个节点都发挥作用，那么如何认识自己呢？ 认识自己从心智模式开始 心智模式（mindset)指的是我们看待成长的态度。
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发表了文章 2017-04-23
基础篇-Python的urllib库
urllib是Python自带的标准库，无需安装，直接可以用。 提供了如下功能： 网页请求 响应获取 代理和cookie设置 异常处理 URL解析 爬虫所需要的功能，基本上在urllib中都能找到，学习这个标准库，可以更加深入的理解后面更加便利的requests库。
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发表了文章 2017-04-23
基础篇-爬虫基本原理
本文为自己动手，丰衣足食！Python3网络爬虫实战案例的学习笔记，部分图片来源于视频截图。 爬虫：请求网站，并提取数据的自动化程序请求网站，并提取数据的自动化程序 爬虫基本流程 在了解爬虫的定义之后，那么再来看看爬虫是如何工作的吧。
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发表了文章 2017-04-22
认知学习法-学习笔记
认知迭代cognitive iteration 什么是认知，维基百科的定义是： 认知是一种通过思想、经验、感觉，理解和掌握知识的过程。Cognition is "the mental action or process of acquiring knowledge and understanding through thought, experience, and the senses. 因此认识，简单来说，就是认识知识的过程。
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发表了文章 2017-04-22
爬虫工作环境配置
磨刀不误砍柴工，在正式爬虫学习前，需要事先配置工作环境，包括如下： python环境。推荐python3，Windows建议用anaconda，Linux用如下代码 sudo apt-get install python3-dev build-es...
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发表了文章 2017-04-08
利用R进行数据操作（基础知识篇）
基本数据管理 目标： 操作日期和缺失值 熟悉数据类型的转换 变量的创建和重编码 数据集的排序、合并与取子集 选入和丢失变量 案例： R in action提供，用于研究男性和女性在领导各自企业上的不同 manager
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发表了文章 2017-04-07
由两类错误所带来思考
假设检验 统计学有一个非常重要的内容，叫做假设检验，用于判断抽样的结果是否符合事实的本质。有两个组成部分，一个是空假设(null hypothesis， H0),一个是备择假设（alternative hypothesis,Ha）. 以法官判案为例，他的空假设就是被告（嫌疑人）无罪，随着原告（公诉人）不断给出证据，他开始否定空假设，接受备择假设，也就是认为被告有罪。
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发表了文章 2017-04-07
统计学让我头疼
问题 这几天写生物统计作业的时候，由于上课没有仔细听讲，而且内心抱着不就是套公式的想法，结果脑子想的都快炸了，翻了好多书，但是最后的答案在我的眼里还是不合格。
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发表了文章 2017-03-28
活在未来，需要知道了解过去
如果突然有一天，你醒过来，你失忆了，忘了过去，你会怎么办。 如果有一个邪恶的科学家，用于把你固定在某一个时间段（A-B），每次到B的时候，时间重置到A，一切A-B之间的经历都没了。
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发表了文章 2017-03-26
如何写一个脚本（附送一个脚本）
为什么要写脚本 为了把时间放在更有意义的事情上 生信人每天会做大量的重复的操作，例如一个流程会用不同的参数跑好几遍找合适的参数，不断把一个格式的数据转换成另一种格式。
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发表了文章 2017-03-24
生信数据预处理的Linux三大神器
grep:最快的文本搜索工具 grep就是在文本提取和匹配上最快的工具，因为它只有一个目标，在每一行找匹配的内容，并且在这个任务上没有其他程序比他是做的更好。
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发表了文章 2017-03-24
欲用神器，必练内功
在武侠小说里，往往有这样一个场景：反面角色从主角手里抢到了某某神器，然后当着主角的面使用它，结果因为内功不够深厚，无法驾驭，被神器反噬，然后主角一般都有露出一种“早就和你说了，你不行”的神情。
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发表了文章 2017-03-21
生信数据分析中基本Unix命令的运用
内容写的特别的“简洁”，存在疑惑的部分，可以讨论 Unix基本命令能做的事 学习了cat, head, tail, less, more,cut,sort,wc,uniq等基本命令后，如何使用这些命令对生物信息数据做简单的分析呢。
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发表了文章 2017-03-20
用正确的姿势去学习
请停止无效努力的读书笔记之一 为了更好的成长，我们不可避免的要去学习很多知识。当学生那么多年后，很容易认为学习不就是看看书，看看视频，有钱的话请个老师，然后做点学习笔记，但是这个真的是学习的最好方式么，或者说有没有更加合理的方式。
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发表了文章 2017-03-16
“求助”不等于“麻烦”
由于每个人都不是万能的，都有一定的缺陷，所以不可避免的要求助别人。但是之前，甚至是现在我向别人求助的时候，总有一种“麻烦”别人的感觉，感觉自己打扰了别人，浪费了他人的时间。
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发表了文章 2017-03-15
“聪明人”的困境
这个世界存在一类“聪明人”，我可能也是其中的一员。这一类“聪明人”有一个特点，觉得自己的“学习能力”特别强，体现在能够迅速掌握一门技术，不明白为什么别人会卡某个问题上很久。
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发表了文章 2017-03-14
活在未来
有句话叫做“活在当下”，但是如果你仔细思考这句话。要我们活在当下，其实相当于要我们满足于现状，一旦你甘于现状，那么就有很大可能不思进取，结果通常不太好。
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发表了文章 2017-03-13
人要向计算机学习
通常意义上我们都认为计算机是学习人类的结果，但其实我们这些普通人应该向计算机学习。 计算机是人类里少数聪明的人设计发明的，学习计算机的一些重要理念，间接的学习了那些聪明人的思考方式。
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发表了文章 2017-03-07
日思清单3.7
财富不是金钱，更多应该指我们所能拥有的东西。为了更方面的获取我们需要的物品，于是产生了“钱”这个中介 我们可以忍受有人下棋比我们好，唱歌比我们好，演戏比我们好，但是我们无法忍受一个人钱比我们多。
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发表了文章 2017-03-05
日思清单3.5
不能说的话 所谓“时尚”，本质上就是自己看不见自己的样子。好比我们在地球上，却感觉不到地球在动 流行一时的不仅有衣服，还有道德观念。明明是专横武断、毫无依据的错误观点，但是大多数人却深信不疑，受到影响而不自知。
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发表了文章 2017-03-04
使用SHOREmap做mapping-by-sequencing
简介 SHOREmap可以用来分析传统作图群体（自然系natural strains和分化系,diverged accession杂交，或outcrossing)或近等作图群体（isogenic mapping population, 诱变后代与未诱变亲本进行杂交，即会交,backcrossing)所产生的重测序数据。
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发表了文章 2017-03-04
日思清单3.4
在一年多前，我大学室友经常会分享公众号“新生大学”的文章给我看。我当时并没有什么感觉，以为这个公众号是给哪些刚上大学的新生提供的，所以也就放弃了进一步的探索。
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发表了文章 2017-03-03
日思清单3.3【啥都没写】
当我开始写东西的时候，发现每天都有800多字，所以也就强迫自己现在也要写那么多字(尽管没有人看)。但是由于今天课程太满，没有去补充太多新鲜的信息有足够强度的思考（而且现在肚子又饿了），所以为了不让大脑把写作和痛苦连接在一起，最好的方式还是安安静静的停笔一天，周末在进行高强度的思考。
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发表了文章 2017-03-01
日思清单3.1
公众号千古刘传目前都在写日思清单，我也在读完《好好学习》之后也诞生了每天反思的想法，但是都是记录在自己笔记上，那么思考的质量无从判断，因此从现在开始都会把每天的想法放在简书上，希望有人看吧。
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发表了文章 2017-02-28
日思清单2.28
在“我为什么贪玩”中，我认为我无法坚持做最好的选择的原因是我缺少敏锐的感知能力，所以先讲一下为什么敏锐的感知能力可以帮助我们更好进行选择。 我之所以是我，是当下所有的感觉思想的集中体现，而感觉和思想其实和你的记忆密不可分。
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发表了文章 2017-02-27
日思清单2.27
玩，还是不玩，这是一个问题 每当上完课回到寝室，或者是周末起床，我都会面临一个非常巨大的问题，是打开电脑打一盘Dota2，还是打开Kindle或者翻开文献看几页。
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发表了文章 2017-02-26
日思清单2.26
订阅李笑来《通往财富自由之路》这个专栏已经差不多半年了，这半年的心态从“一定要升级我的操作系统”，到“其实等过几天看”，只是把3分钟热度延长了而已。 每个人都想改变，出名的只有几个 由于大部分人都不是含着“金钥匙”出生，中国也一直都有‘’望子成龙“或“望女成凤”的传统，所以可以假定我们每个人都希望出人头地，你还可以想象大家一般还会说“等我xx，我就xx”，比如我以前就说“等我赚了500万，我就宅在家里打游戏”。
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发表了文章 2016-10-12
利用Docker搭建Galaxy
前几天再看新买的《python Web开发实践》时发现一个神奇的工具---Docker，官网介绍是 Docker is the world's leading software containerization platform 我不禁想到生物信息学中有许多软件都要在类unix平台上运行，仅有部分移植到Windows上。
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发表了文章 2016-08-14
bash shell
bash的主要优点如下: 可以通过history查看命令的历史记录 命令和文件路径补全的好帮手-->TAB 命令别名 alias 工作控制、前景背景控制： (job control, foreground, background) 自动化脚本she...
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发表了文章 2016-08-14
shell script基础
shell script是利用shell的功能所写的一个“程序”，这个程序使用纯文本，将一些shell的语法和命令（含外部命令）写在里面，搭配正则表达式，管道命令与数据流重定向等功能，达到我们所需要的处理目的。
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发表了文章 2016-08-13
好久不见
距离上一篇文章，时间已经过去2个月了，没想到这一偷懒就是那么久。在这段期间，也发生了很多事情，最大的事情就是已经毕业了。 但是好不容易开了建立了这个个人网页，也不能随便荒废呀，继续写一下如何在win10用特殊的技巧使用Hexo吧 Linux on Windows 10 Windows 最让人诟病就是他的开发环境了，但是现在越来越开放的微软居然为win10提供了Linux的接口，不同于虚拟机的方式，内嵌的Linux和win10共享硬件，所以运行效率几乎没有变化，从此再也不需要辛辛苦苦重启打开我的Ubuntu了，也不用羡慕Mac OS了。
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发表了文章 2016-06-25
环境变量与文件查找
一、环境变量 1.变量 要解释环境变量，得先明白变量是什么，准确的说应该是 Shell 变量，所谓变量就是计算机中用于记录一个值（不一定是数值，也可以是字符或字符串）的符号，而这些符号将用于不同的运算处理中。
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发表了文章 2016-06-25
Linux 目录结构及文件基本操作
一、Linux 目录结构 在讲 Linux 目录结构之前，你首先要清楚一点东西，那就是 Linux 的目录与 Windows 的目录的区别，或许对于一般操作上的感受来说没有多大不同，但从它们的实现机制来说是完全不同的。
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发表了文章 2016-06-17
Scrapy进阶-命令行的工作原理（以runspider为例）
官方教程说当你写好自己的spiders如douban之后，你可以通过scrapy runspider/crawl douban启动你的爬虫。于是一开始的时候你就知道通过这个命令行来启动爬虫，但是你有没有想过当你敲下这行命令后，scrapy到底做了什么呢？ 命令入口：cmdline.
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发表了文章 2016-06-16
Scrapy基础——Cookies和Session
我在Python爬虫基础-模拟登陆曾经谈过Cookies和Session。那么如何我想使用Scrapy进行模拟登陆，那么肯定要逃不过Cookies和Session。
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发表了文章 2016-06-15
Scrapy基础——CrawlSpider详解
写在前面 在Scrapy基础——Spider中，我简要地说了一下Spider类。Spider基本上能做很多事情了，但是如果你想爬取知乎或者是简书全站的话，你可能需要一个更强大的武器。
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发表了文章 2016-06-15
Scrapy基础——Spider
写在前面 这是Scrapy学习的基础部分，大部分内容来自于官方文档的个人解读，不太适合那些想在30分钟以内学会Scrapy的人学习，但是如果你在看那些xx分钟入门Scrapy的时候存在疑问，可以翻看这篇查查相关内容。
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发表了文章 2016-06-12
Python爬虫基础-模拟登陆
为什么我们要让爬虫模拟登陆呢？ 有些内容只有登陆才能进行爬取，如知乎，不登录的主页只能看到注册和登陆 ； 你想爬取自己的个人信息 有什么方法呢？ cookie 在互联网发展的早期，由于大家的服务器都不是太好，所以服务端不会记住你的个人信息，这会增加服务器的压力。
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发表了文章 2016-06-12
Python爬虫基础-两个实用库
用Python学爬虫最大的好处就是python有很多实用库，免去了我们自己造轮子的环节，那么找哪些轮子呢？Python爬虫有两个比较实用的库，Requests和Beautiful Soup。
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发表了文章 2016-06-10
Scrapy基础——Debug和test
写代码的最常做的事情就是debug和test，那么如何在Scrapy中检查爬虫能否正常运行，保证在大规模作业时不会遇到奇奇怪怪的问题呢？这里主要根据实例说些debug的方法。
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发表了文章 2016-06-09
Scrapy进阶-模拟登陆初步
在认识爬虫中我给自己设定一个目标就是学习模拟登录。但是目前的知乎、豆瓣都要输入验证码，本以为可爱的简书是不会的，结果他居然要滑动图块解锁。但是学技术总要先会一点简单的呀，于是我就拿我自己的个人网站xuzhougent.top开刀了。
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「BioNano系列」那些Bionano未覆盖的区域是什么？
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