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如何使用LAMMPS?

小天使爱美 2020-03-23 17:56:03 609

弹性高性能计算E-HPC如何使用LAMMPS?

lamp使用 amp使用
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  • 小天使爱美
    2020-03-23 18:07:30

    官网 http://lammps.sandia.gov/ 。

    简介 LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款经典分子动力学软件。LAMMPS包含的势可用于固体材料(金属、半导体)、软物质(生物大分子,聚合物)、粗粒化或介观尺度模型体系。

    算例 1 “3d Lennard-Jones melt” 准备工作 运行以下示例需要在创建集群时选择安装LAMMPS相关软件包。

    setup_LAMMPS

    同时还需选择所依赖的相关MPI库

    setup_mpi

    以及可视化结果查询服务中用到的VMD

    vmd

    操作步骤 1.. 进入EHPC控制台作业界面,点击右上角创建作业。

    2.. 在创建作业页面左侧添加用户信息,和作业执行命令:

    ./lammps.pbs 3.. 点击页面右侧编辑作业文件按钮,新建作业文件lammps.pbs脚本和3d Lennard-Jones melt算例文件lj.in。

    lammps.pbs脚本: #!/bin/sh #PBS -l select=2:ncpus=1:mpiprocs=1 #PBS -j oe export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/ module load lammps-openmpi/31Mar17 module load openmpi/1.10.7 echo "run at the beginning" mpirun lmp -in ./lj.in lj.in算例文件: lj.in

    4.. 提交作业,等待作业运行完成。

    5.. ‘VNC+VMD’方式查看作业运行结果内容:

    如果没有安装VMD,进入集群界面,安装VMD。 VMD

    打开远程可视化VNC服务(创建集群时必须打开可视化服务按钮)。 在可视化服务窗口,右键打开open Terminal,在root用户下输入: /opt/vmd/1.9.3/vmd 在VMD Main页面,点击file按钮新建一个Molecule,其中filename文件为集群用户目录(如:/home/alibaba/sample.xyz)下的sample.xyz文件,file type类型为automatically,最后直接点击load按钮进行加载即可。 load结果

    6.. 3d Lennard-Jones melt算例结果可视化展示:

    结果模型

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