【Rick_Bioinfo】小白初步学习linux服务器及配置生信相关软件有感

简介: 由于本地虚拟机安装VMware太卡了,于是本数据小白首次尝试在linux服务器上摸索,听闻阿里云有学生体验机会,非常感谢阿里云。本文展示了我自己摸索的过程,并总结了一系列如何解决因自身需要某些软件而出现的各类问题,同时也展示了本次体验的服务器的局限。

2022.04 我正式打开linux学习之旅!我首先使用VMware在我自己的笔记本上搭建Linux环境,跟着一系列教程后搭建好了,是centos8,但实在太卡了——在2020年我便知道了阿里云有学生这个活动,于是我一番摸索便有了这篇自我总结。


最开始,我发现我的学生信息已经被人注册过了。好家伙,我以为是别人把我信息用过了,于是我联系阿里云客服,客服直接给我透露了在2020年注册的账号,然后经过一番找回,是我自己,太好了,虚惊一场(


1.启动阿里云服务器并创建root账户及密码(选择所需实例等,创建镜像等此处不再赘述,跟着教程走就行)

2.安装并启动xshell、xftp再使用对应的公网ip进行登陆连接(这些也是免费整,学生放心弄)

3.分配用户

#注:需要先分配user#1.在root下使用useradd *username#2.passwd *username

4.我要安装R,但安装时会报错说powertools有问题,只能通过手动添加

#关于使用阿里云官方的centos都使用不上powertools的问题#需要在/etc/yum.repos.d/Centos-vault-8.5.2111.repo文件里在powertools下添加一个地址#baseurl=https://mirrors.aliyun.com/centos/$releasever-stream/PowerTools/$basearch/os/sudovim /etc/yum.repos.d/Centos-vault-8.5.2111.repo #找到powertools相对应的地方,然后加入上述地址保存即可yum clean all #yum下载的rpm包文件和头文件缓存在硬盘占用空间,清除掉yum makecache #把服务器的包信息下载到本地进行缓存
#如果不想切换到root,如果发现自己不能使用sudo命令,可根据如下程序添加#如何添加到sudoers#为普通用户配置sudosuvisudo
#这条命令其实就是用vi编辑它的配置文件。#:set number #进入vim的excute command模式,设置行号。#找到94行附近。#加入自己的普通账户,即刚才add的自己的*username#保存退出。exit#回到普通用户。cat /etc/shadow
#然后安装R即可,可以直接参考R语言官网的安装方法dnf install epel-release
dnf config-manager --set-enabled PowerTools
dnf install R
#安装Rstuido server,链接可在rstudio官网下载界面右键即可得到wget https://download2.rstudio.org/server/rhel8/x86_64/rstudio-server-rhel-2022.02.2-485-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2022.02.2-485-x86_64.rpm

5.开放服务器端8787端口:在阿里云控制台中找到【网络与安全】的安全组,加入入方向的访问,直接手动添加,【目的】8787,其他默认。


6.在浏览器中输入*公网ip:8787*即可进行登陆。

7.设置git(跳过配置等步骤

#git比较简单,要怎么设置即使用请自行查阅git使用方法yum install curl-devel expat-devel gettext-devel \
  openssl-devel zlib-devel
yum -y install git-core
git--version#git version 1.7.1


基本上到这就能好好使用了

但是,我也不知道为什么有些包就是安装不上,经过反复搜寻

有两个包比较坑,于下阐述

1.R的xml2包

#安装不上xml2是安装rgeos包出错,得先在系统安装依赖sudo yum install geos geos-devel
R
install.packages('xml2')

2.R的RcppEigen包

安装不上是因为内存较小,同学们不用太费力的尝试了。我加了虚拟内存也不行的。唉。

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