Pandas 2.2 中文官方教程和指南(十六)(1)

简介: Pandas 2.2 中文官方教程和指南(十六)

处理缺失数据

原文:pandas.pydata.org/docs/user_guide/missing_data.html

被视为“缺失”的值

pandas 使用不同的标记值来表示缺失值(也称为 NA),具体取决于数据类型。

numpy.nan适用于 NumPy 数据类型。使用 NumPy 数据类型的缺点是原始数据类型将被强制转换为np.float64object

In [1]: pd.Series([1, 2], dtype=np.int64).reindex([0, 1, 2])
Out[1]: 
0    1.0
1    2.0
2    NaN
dtype: float64
In [2]: pd.Series([True, False], dtype=np.bool_).reindex([0, 1, 2])
Out[2]: 
0     True
1    False
2      NaN
dtype: object 

NaT适用于 NumPy 的np.datetime64np.timedelta64PeriodDtype。对于类型应用程序,请使用api.types.NaTType

In [3]: pd.Series([1, 2], dtype=np.dtype("timedelta64[ns]")).reindex([0, 1, 2])
Out[3]: 
0   0 days 00:00:00.000000001
1   0 days 00:00:00.000000002
2                         NaT
dtype: timedelta64[ns]
In [4]: pd.Series([1, 2], dtype=np.dtype("datetime64[ns]")).reindex([0, 1, 2])
Out[4]: 
0   1970-01-01 00:00:00.000000001
1   1970-01-01 00:00:00.000000002
2                             NaT
dtype: datetime64[ns]
In [5]: pd.Series(["2020", "2020"], dtype=pd.PeriodDtype("D")).reindex([0, 1, 2])
Out[5]: 
0    2020-01-01
1    2020-01-01
2           NaT
dtype: period[D] 

NA适用于StringDtypeInt64Dtype(和其他位宽)、Float64Dtype(和其他位宽)、:class:BooleanDtypeArrowDtype。这些类型将保持数据的原始数据类型。对于类型应用程序,请使用api.types.NAType

In [6]: pd.Series([1, 2], dtype="Int64").reindex([0, 1, 2])
Out[6]: 
0       1
1       2
2    <NA>
dtype: Int64
In [7]: pd.Series([True, False], dtype="boolean[pyarrow]").reindex([0, 1, 2])
Out[7]: 
0     True
1    False
2     <NA>
dtype: bool[pyarrow] 

要检测这些缺失值,请使用isna()notna()方法。

In [8]: ser = pd.Series([pd.Timestamp("2020-01-01"), pd.NaT])
In [9]: ser
Out[9]: 
0   2020-01-01
1          NaT
dtype: datetime64[ns]
In [10]: pd.isna(ser)
Out[10]: 
0    False
1     True
dtype: bool 

注意

isna()notna()也会将None视为缺失值。

In [11]: ser = pd.Series([1, None], dtype=object)
In [12]: ser
Out[12]: 
0       1
1    None
dtype: object
In [13]: pd.isna(ser)
Out[13]: 
0    False
1     True
dtype: bool 

警告

np.nanNaTNA之间的相等比较不像None那样起作用。

In [14]: None == None  # noqa: E711
Out[14]: True
In [15]: np.nan == np.nan
Out[15]: False
In [16]: pd.NaT == pd.NaT
Out[16]: False
In [17]: pd.NA == pd.NA
Out[17]: <NA> 

因此,DataFrameSeries与这些缺失值之一进行相等比较并不提供与isna()notna()相同的信息。

In [18]: ser = pd.Series([True, None], dtype="boolean[pyarrow]")
In [19]: ser == pd.NA
Out[19]: 
0    <NA>
1    <NA>
dtype: bool[pyarrow]
In [20]: pd.isna(ser)
Out[20]: 
0    False
1     True
dtype: bool 

NA语义

警告

实验性:NA的行为仍可能在没有警告的情况下发生变化。

从 pandas 1.0 开始,实验性的NA值(单例)可用于表示标量缺失值。NA的目标是提供一个可以在各种数据类型之间一致使用的“缺失”指示器(而不是根据数据类型而定的np.nanNonepd.NaT)。

例如,在具有可空整数 dtype 的 Series 中存在缺失值时,它将使用 NA

In [21]: s = pd.Series([1, 2, None], dtype="Int64")
In [22]: s
Out[22]: 
0       1
1       2
2    <NA>
dtype: Int64
In [23]: s[2]
Out[23]: <NA>
In [24]: s[2] is pd.NA
Out[24]: True 

目前,pandas 尚未默认使用那些使用 NA 的数据类型,如 DataFrameSeries,因此您需要明确指定 dtype。在转换部分中解释了将其转换为这些 dtype 的简单方法。

算术和比较操作中的传播

一般来说,在涉及 NA 的操作中,缺失值会传播。当其中一个操作数未知时,操作的结果也是未知的。

例如,在算术操作中,NA 会传播,类似于 np.nan

In [25]: pd.NA + 1
Out[25]: <NA>
In [26]: "a" * pd.NA
Out[26]: <NA> 

有一些特殊情况,即使其中一个操作数是NA,结果也是已知的。

In [27]: pd.NA ** 0
Out[27]: 1
In [28]: 1 ** pd.NA
Out[28]: 1 

在相等性和比较操作中,NA 也会传播。这与np.nan的行为不同,其中与np.nan的比较总是返回False

In [29]: pd.NA == 1
Out[29]: <NA>
In [30]: pd.NA == pd.NA
Out[30]: <NA>
In [31]: pd.NA < 2.5
Out[31]: <NA> 

要检查一个值是否等于 NA,请使用 isna()

In [32]: pd.isna(pd.NA)
Out[32]: True 

注意

在这种基本传播规则上的一个例外是缩减(例如均值或最小值),pandas 默认跳过缺失值。更多信息请参见计算部分。

逻辑操作

对于逻辑操作,NA 遵循 三值逻辑(或Kleene 逻辑,类似于 R、SQL 和 Julia)。这种逻辑意味着只有在逻辑上需要时才传播缺失值。

例如,对于逻辑“或”操作(|),如果操作数之一是True,我们已经知道结果将是True,无论另一个值是什么(因此无论缺失值是True还是False)。在这种情况下,NA 不会传播:

In [33]: True | False
Out[33]: True
In [34]: True | pd.NA
Out[34]: True
In [35]: pd.NA | True
Out[35]: True 

另一方面,如果操作数之一是False,结果取决于另一个操作数的值。因此,在这种情况下,NA 会传播:

In [36]: False | True
Out[36]: True
In [37]: False | False
Out[37]: False
In [38]: False | pd.NA
Out[38]: <NA> 

逻辑“与”操作(&)的行为可以使用类似的逻辑推导(现在,如果操作数之一已经是False,那么 NA 将不会传播):

In [39]: False & True
Out[39]: False
In [40]: False & False
Out[40]: False
In [41]: False & pd.NA
Out[41]: False 
In [42]: True & True
Out[42]: True
In [43]: True & False
Out[43]: False
In [44]: True & pd.NA
Out[44]: <NA> 

在布尔上下文中的NA

由于 NA 的实际值是未知的,将 NA 转换为布尔值是模棱两可的。

In [45]: bool(pd.NA)
---------------------------------------------------------------------------
TypeError  Traceback (most recent call last)
Cell In[45], line 1
----> 1 bool(pd.NA)
File missing.pyx:392, in pandas._libs.missing.NAType.__bool__()
TypeError: boolean value of NA is ambiguous 

这也意味着NA不能在被评估为布尔值的上下文中使用,例如if condition: ...,其中condition可能是NA。在这种情况下,可以使用isna()来检查NA或避免conditionNA,例如在填充缺失值之前。

当在if语句中使用SeriesDataFrame对象时,会出现类似情况,请参阅在 pandas 中使用 if/truth 语句。

NumPy ufuncs

pandas.NA实现了 NumPy 的__array_ufunc__协议。大多数 ufunc 与NA一起工作,并通常返回NA

In [46]: np.log(pd.NA)
Out[46]: <NA>
In [47]: np.add(pd.NA, 1)
Out[47]: <NA> 

警��

目前,涉及 ndarray 和NA的 ufunc 将返回一个填充有 NA 值的对象 dtype。

In [48]: a = np.array([1, 2, 3])
In [49]: np.greater(a, pd.NA)
Out[49]: array([<NA>, <NA>, <NA>], dtype=object) 

这里的返回类型可能会在将来更改为返回不同的数组类型。

更多关于 ufunc 的信息,请参阅 DataFrame 与 NumPy 函数的互操作性。

转换

如果你有一个使用np.nanDataFrameSeries,可以在DataFrame中使用Series.convert_dtypes()DataFrame.convert_dtypes()将数据转换为使用NA等数据类型的数据,例如Int64DtypeArrowDtype。这在从 IO 方法读取数据集并推断数据类型后特别有帮助。

在这个例子中,虽然所有列的 dtype 都已更改,但我们仅展示前 10 列的结果。

In [50]: import io
In [51]: data = io.StringIO("a,b\n,True\n2,")
In [52]: df = pd.read_csv(data)
In [53]: df.dtypes
Out[53]: 
a    float64
b     object
dtype: object
In [54]: df_conv = df.convert_dtypes()
In [55]: df_conv
Out[55]: 
 a     b
0  <NA>  True
1     2  <NA>
In [56]: df_conv.dtypes
Out[56]: 
a      Int64
b    boolean
dtype: object 
```## 插入缺失数据
你可以通过简单地赋值给`Series`或`DataFrame`来插入缺失值。所使用的缺失值标记将根据 dtype 选择。
```py
In [57]: ser = pd.Series([1., 2., 3.])
In [58]: ser.loc[0] = None
In [59]: ser
Out[59]: 
0    NaN
1    2.0
2    3.0
dtype: float64
In [60]: ser = pd.Series([pd.Timestamp("2021"), pd.Timestamp("2021")])
In [61]: ser.iloc[0] = np.nan
In [62]: ser
Out[62]: 
0          NaT
1   2021-01-01
dtype: datetime64[ns]
In [63]: ser = pd.Series([True, False], dtype="boolean[pyarrow]")
In [64]: ser.iloc[0] = None
In [65]: ser
Out[65]: 
0     <NA>
1    False
dtype: bool[pyarrow] 

对于object类型,pandas 将使用给定的值:

In [66]: s = pd.Series(["a", "b", "c"], dtype=object)
In [67]: s.loc[0] = None
In [68]: s.loc[1] = np.nan
In [69]: s
Out[69]: 
0    None
1     NaN
2       c
dtype: object 
```## 使用缺失数据进行计算
缺失值在 pandas 对象之间的算术运算中传播。
```py
In [70]: ser1 = pd.Series([np.nan, np.nan, 2, 3])
In [71]: ser2 = pd.Series([np.nan, 1, np.nan, 4])
In [72]: ser1
Out[72]: 
0    NaN
1    NaN
2    2.0
3    3.0
dtype: float64
In [73]: ser2
Out[73]: 
0    NaN
1    1.0
2    NaN
3    4.0
dtype: float64
In [74]: ser1 + ser2
Out[74]: 
0    NaN
1    NaN
2    NaN
3    7.0
dtype: float64 

在数据结构概述中讨论的描述性统计和计算方法(在此处列出 series 和 frame)都考虑了缺失数据。

在对数据求和时,NA 值或空数据将被视为零。

In [75]: pd.Series([np.nan]).sum()
Out[75]: 0.0
In [76]: pd.Series([], dtype="float64").sum()
Out[76]: 0.0 

在进行乘法运算时,NA 值或空数据将被视为 1。

In [77]: pd.Series([np.nan]).prod()
Out[77]: 1.0
In [78]: pd.Series([], dtype="float64").prod()
Out[78]: 1.0 

累积方法如cumsum()cumprod()默认情况下忽略 NA 值,但在结果中保留它们。可以使用skipna更改此行为。

  • 累积方法如cumsum()cumprod()默认情况下忽略 NA 值,但在结果数组中保留它们。要覆盖此行为并包含 NA 值,请使用skipna=False
In [79]: ser = pd.Series([1, np.nan, 3, np.nan])
In [80]: ser
Out[80]: 
0    1.0
1    NaN
2    3.0
3    NaN
dtype: float64
In [81]: ser.cumsum()
Out[81]: 
0    1.0
1    NaN
2    4.0
3    NaN
dtype: float64
In [82]: ser.cumsum(skipna=False)
Out[82]: 
0    1.0
1    NaN
2    NaN
3    NaN
dtype: float64 
```## 删除缺失数据
`dropna()`删除具有缺失数据的行或列。
```py
In [83]: df = pd.DataFrame([[np.nan, 1, 2], [1, 2, np.nan], [1, 2, 3]])
In [84]: df
Out[84]: 
 0  1    2
0  NaN  1  2.0
1  1.0  2  NaN
2  1.0  2  3.0
In [85]: df.dropna()
Out[85]: 
 0  1    2
2  1.0  2  3.0
In [86]: df.dropna(axis=1)
Out[86]: 
 1
0  1
1  2
2  2
In [87]: ser = pd.Series([1, pd.NA], dtype="int64[pyarrow]")
In [88]: ser.dropna()
Out[88]: 
0    1
dtype: int64[pyarrow] 

填充缺失数据

按值填充

fillna()用非 NA 数据替换 NA 值。

用标量值替换 NA

In [89]: data = {"np": [1.0, np.nan, np.nan, 2], "arrow": pd.array([1.0, pd.NA, pd.NA, 2], dtype="float64[pyarrow]")}
In [90]: df = pd.DataFrame(data)
In [91]: df
Out[91]: 
 np  arrow
0  1.0    1.0
1  NaN   <NA>
2  NaN   <NA>
3  2.0    2.0
In [92]: df.fillna(0)
Out[92]: 
 np  arrow
0  1.0    1.0
1  0.0    0.0
2  0.0    0.0
3  2.0    2.0 

向前或向后填补间隙

In [93]: df.ffill()
Out[93]: 
 np  arrow
0  1.0    1.0
1  1.0    1.0
2  1.0    1.0
3  2.0    2.0
In [94]: df.bfill()
Out[94]: 
 np  arrow
0  1.0    1.0
1  2.0    2.0
2  2.0    2.0
3  2.0    2.0 

限制填充的 NA 值数量

In [95]: df.ffill(limit=1)
Out[95]: 
 np  arrow
0  1.0    1.0
1  1.0    1.0
2  NaN   <NA>
3  2.0    2.0 

NA 值可以用与SeriesDataFrame对齐的索引和列之间的对应值替换。

In [96]: dff = pd.DataFrame(np.arange(30, dtype=np.float64).reshape(10, 3), columns=list("ABC"))
In [97]: dff.iloc[3:5, 0] = np.nan
In [98]: dff.iloc[4:6, 1] = np.nan
In [99]: dff.iloc[5:8, 2] = np.nan
In [100]: dff
Out[100]: 
 A     B     C
0   0.0   1.0   2.0
1   3.0   4.0   5.0
2   6.0   7.0   8.0
3   NaN  10.0  11.0
4   NaN   NaN  14.0
5  15.0   NaN   NaN
6  18.0  19.0   NaN
7  21.0  22.0   NaN
8  24.0  25.0  26.0
9  27.0  28.0  29.0
In [101]: dff.fillna(dff.mean())
Out[101]: 
 A     B          C
0   0.00   1.0   2.000000
1   3.00   4.0   5.000000
2   6.00   7.0   8.000000
3  14.25  10.0  11.000000
4  14.25  14.5  14.000000
5  15.00  14.5  13.571429
6  18.00  19.0  13.571429
7  21.00  22.0  13.571429
8  24.00  25.0  26.000000
9  27.00  28.0  29.000000 

注意

DataFrame.where()也可用于填充 NA 值。与上述结果相同。

In [102]: dff.where(pd.notna(dff), dff.mean(), axis="columns")
Out[102]: 
 A     B          C
0   0.00   1.0   2.000000
1   3.00   4.0   5.000000
2   6.00   7.0   8.000000
3  14.25  10.0  11.000000
4  14.25  14.5  14.000000
5  15.00  14.5  13.571429
6  18.00  19.0  13.571429
7  21.00  22.0  13.571429
8  24.00  25.0  26.000000
9  27.00  28.0  29.000000 
```### 插值
`DataFrame.interpolate()`和`Series.interpolate()`使用各种插值方法填充 NA 值。
```py
In [103]: df = pd.DataFrame(
 .....:    {
 .....:        "A": [1, 2.1, np.nan, 4.7, 5.6, 6.8],
 .....:        "B": [0.25, np.nan, np.nan, 4, 12.2, 14.4],
 .....:    }
 .....: )
 .....: 
In [104]: df
Out[104]: 
 A      B
0  1.0   0.25
1  2.1    NaN
2  NaN    NaN
3  4.7   4.00
4  5.6  12.20
5  6.8  14.40
In [105]: df.interpolate()
Out[105]: 
 A      B
0  1.0   0.25
1  2.1   1.50
2  3.4   2.75
3  4.7   4.00
4  5.6  12.20
5  6.8  14.40
In [106]: idx = pd.date_range("2020-01-01", periods=10, freq="D")
In [107]: data = np.random.default_rng(2).integers(0, 10, 10).astype(np.float64)
In [108]: ts = pd.Series(data, index=idx)
In [109]: ts.iloc[[1, 2, 5, 6, 9]] = np.nan
In [110]: ts
Out[110]: 
2020-01-01    8.0
2020-01-02    NaN
2020-01-03    NaN
2020-01-04    2.0
2020-01-05    4.0
2020-01-06    NaN
2020-01-07    NaN
2020-01-08    0.0
2020-01-09    3.0
2020-01-10    NaN
Freq: D, dtype: float64
In [111]: ts.plot()
Out[111]: <Axes: > 


In [112]: ts.interpolate()
Out[112]: 
2020-01-01    8.000000
2020-01-02    6.000000
2020-01-03    4.000000
2020-01-04    2.000000
2020-01-05    4.000000
2020-01-06    2.666667
2020-01-07    1.333333
2020-01-08    0.000000
2020-01-09    3.000000
2020-01-10    3.000000
Freq: D, dtype: float64
In [113]: ts.interpolate().plot()
Out[113]: <Axes: > 


相对于TimestampDatetimeIndex上的插值可通过设置method="time"来实现。

In [114]: ts2 = ts.iloc[[0, 1, 3, 7, 9]]
In [115]: ts2
Out[115]: 
2020-01-01    8.0
2020-01-02    NaN
2020-01-04    2.0
2020-01-08    0.0
2020-01-10    NaN
dtype: float64
In [116]: ts2.interpolate()
Out[116]: 
2020-01-01    8.0
2020-01-02    5.0
2020-01-04    2.0
2020-01-08    0.0
2020-01-10    0.0
dtype: float64
In [117]: ts2.interpolate(method="time")
Out[117]: 
2020-01-01    8.0
2020-01-02    6.0
2020-01-04    2.0
2020-01-08    0.0
2020-01-10    0.0
dtype: float64 

对于浮点索引,请使用method='values'

In [118]: idx = [0.0, 1.0, 10.0]
In [119]: ser = pd.Series([0.0, np.nan, 10.0], idx)
In [120]: ser
Out[120]: 
0.0      0.0
1.0      NaN
10.0    10.0
dtype: float64
In [121]: ser.interpolate()
Out[121]: 
0.0      0.0
1.0      5.0
10.0    10.0
dtype: float64
In [122]: ser.interpolate(method="values")
Out[122]: 
0.0      0.0
1.0      1.0
10.0    10.0
dtype: float64 

如果您安装了scipy,您可以将一个 1-d 插值例程的名称传递给method。如在 scipy 插值文档和参考指南中指定。适当的插值方法将取决于数据类型。

提示

如果您处理的是以增长速度增长的时间序列,请使用method='barycentric'

如果您有接近累积分布函数的值,请使用method='pchip'

若要填充缺失值以实现平滑绘图,请使用method='akima'

In [123]: df = pd.DataFrame(
 .....:   {
 .....:      "A": [1, 2.1, np.nan, 4.7, 5.6, 6.8],
 .....:      "B": [0.25, np.nan, np.nan, 4, 12.2, 14.4],
 .....:   }
 .....: )
 .....: 
In [124]: df
Out[124]: 
 A      B
0  1.0   0.25
1  2.1    NaN
2  NaN    NaN
3  4.7   4.00
4  5.6  12.20
5  6.8  14.40
In [125]: df.interpolate(method="barycentric")
Out[125]: 
 A       B
0  1.00   0.250
1  2.10  -7.660
2  3.53  -4.515
3  4.70   4.000
4  5.60  12.200
5  6.80  14.400
In [126]: df.interpolate(method="pchip")
Out[126]: 
 A          B
0  1.00000   0.250000
1  2.10000   0.672808
2  3.43454   1.928950
3  4.70000   4.000000
4  5.60000  12.200000
5  6.80000  14.400000
In [127]: df.interpolate(method="akima")
Out[127]: 
 A          B
0  1.000000   0.250000
1  2.100000  -0.873316
2  3.406667   0.320034
3  4.700000   4.000000
4  5.600000  12.200000
5  6.800000  14.400000 

当通过多项式或样条逼近进行插值时,您还必须指定逼近的次数或阶数:

In [128]: df.interpolate(method="spline", order=2)
Out[128]: 
 A          B
0  1.000000   0.250000
1  2.100000  -0.428598
2  3.404545   1.206900
3  4.700000   4.000000
4  5.600000  12.200000
5  6.800000  14.400000
In [129]: df.interpolate(method="polynomial", order=2)
Out[129]: 
 A          B
0  1.000000   0.250000
1  2.100000  -2.703846
2  3.451351  -1.453846
3  4.700000   4.000000
4  5.600000  12.200000
5  6.800000  14.400000 

比较几种方法。

In [130]: np.random.seed(2)
In [131]: ser = pd.Series(np.arange(1, 10.1, 0.25) ** 2 + np.random.randn(37))
In [132]: missing = np.array([4, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 29])
In [133]: ser.iloc[missing] = np.nan
In [134]: methods = ["linear", "quadratic", "cubic"]
In [135]: df = pd.DataFrame({m: ser.interpolate(method=m) for m in methods})
In [136]: df.plot()
Out[136]: <Axes: > 


通过Series.reindex()从扩展数据中插值新观测。

In [137]: ser = pd.Series(np.sort(np.random.uniform(size=100)))
# interpolate at new_index
In [138]: new_index = ser.index.union(pd.Index([49.25, 49.5, 49.75, 50.25, 50.5, 50.75]))
In [139]: interp_s = ser.reindex(new_index).interpolate(method="pchip")
In [140]: interp_s.loc[49:51]
Out[140]: 
49.00    0.471410
49.25    0.476841
49.50    0.481780
49.75    0.485998
50.00    0.489266
50.25    0.491814
50.50    0.493995
50.75    0.495763
51.00    0.497074
dtype: float64 


Pandas 2.2 中文官方教程和指南(十六)(2)https://developer.aliyun.com/article/1509817

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