农业系列文章-1
- 标题（英文）：Chromosome-Scale Genome of Masked Palm Civet (Paguma larvata) Shows Genomic Signatures of Its Biological Characteristics and Evolution
- 标题（中文）：果子狸（Paguma larvata）的染色体规模基因组显示其生物学特征和进化的基因组特征
- 发表期刊：Frontiers in Genetics
- 作者单位：国家农业基因组重点实验室等
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.3389/fgene.2021.819493
棕榈果子狸（Paguma larvata）是一种具有独特生物学特征的小型食肉动物，喜欢杂食性饮食，也是病原体的载体。虽然该物种不是濒临灭绝的动物，但据报道其种群数量正在下降。自2003年严重急性呼吸系统综合症（SARS）流行以来，公众对该物种尤为关注。
在该研究中，研究者展示了 P. larvata 的第一个基因组，包括 22 条染色体，使用单管长片段读取 （stLFR） 和 Hi-C 技术组装而成。基因组长度为 2.41 Gb，支架 N50 为 105.6 Mb。鉴定了 107.13 Mb X 染色体和一个 1.34 Mb Mb Y 连接支架，并通过对 45 个 P. larvata 个体进行重测序来验证它们。预测了 18,340 个蛋白质编码基因，其中 18,333 个基因进行了功能注释。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行数据比对、去重复、BQSR 及胚系突变变异检测等。
综上所述，该研究中，果子狸染色体水平基因组的构建为了解其生物学特征、进化和疾病传播控制的遗传基础提供了必要的资源和见解。
农业系列文章-2
- 标题（英文）：Identification of Key Candidate Genes for Beak Length Phenotype by Whole-Genome Resequencing in Geese
- 标题（中文）：通过全基因组重测序鉴定鹅喙长表型的关键候选基因
- 发表期刊：Frontiers in Veterinary Science
- 作者单位：江西科技师范大学生命科学学院
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.3389/fvets.2022.847481
家鹅是农业中重要的经济动物，其喙是一种具有高遗传力的性状，在促进食物摄入和抵御攻击方面发挥着重要作用。在这项研究中，研究者使用低深度（~1 ×）全基因组重测序策略对 772 只 420日龄的杏果灰雁 （XGG） 进行了测序。然后，研究者对XGG的喙长性状进行了全基因组关联研究。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行数据去重复、BQSR 等。
总之，根据全基因组重测序数据获得的 SNPs，该研究对 XGG 群体的喙长性状进行了 GWAS 分析。分析结果显示，在全基因组水平上，4号染色体上的57个SNP与喙长显著相关，并在其附近发现了7个候选基因，分别是TAPT1、DHX15、CCDC149、LGI2、SEPSECS、ANAPC4和Slc34a2。其中，CCDC149、LGI2和SEPSECS可能是影响XGG喙长的关键基因，尤其是LGI2基因，可能在颅神经嵴细胞的发育中起着重要作用，与鹅喙的形成高度相关。该研究结果为研究家鹅表型性状的遗传机制奠定了基础，也为其他鸟类喙发育的分子遗传学研究提供了参考。
Sentieon软件介绍
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