Docker 一键式部署方案丨 Linux服务器中安装配置指定版本R以及Rstudio server

2023-08-25 270

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简介： Docker 一键式部署方案丨 Linux服务器中安装配置指定版本R以及Rstudio server

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Docker部署Rstudio server

背景：如果您想在服务器上运行RstudioServer，可以按照如下方法进行操作，笔者测试时使用天意云服务器（系统centos7），需要在管理员权限下运行

Rstudio 官方提供了使用不同 R 版本的 Rstudio 镜像，使用 docker 来运行它们就可以在容器中使用不同的 R 版本，此方法非常的简单方便，开箱即用。

第一步：安装docker

打开终端，输入cat /etc/os-release查看系统信息
检查系统版本，如果Linux的发行版系统是centOS，安装最新版的docker需要centOS 7以上的系统

step 1: 安装必要的一些系统工具
sudo yum install -y yum-utils device-mapper-persistent-data lvm2
Step 2: 添加软件源信息
sudo yum-config-manager --add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo
Step 3: 更新yum索引列表并安装Docker引擎
sudo yum makecache fast
Step 4: 开启Docker服务
sudo service docker start

配置仓库镜像
完成（输入docker出现提示信息）

第二步：安装Rstudio镜像

在安装了Docker，但没有容器运行的机器上，直接输入下面的一行命令并运行：

docker run  -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere rocker/rstudio

注意：密码部分要根据自己情况进行修改，默认安装的是最新版本。

根据官方说明，此时以用户名rstudio，密码yourpasswordhere，即可成功登录Rstudio Server，使用浏览器打开IP:端口即可使用，该服务运行于虚拟机中，不会影响外部配置信息，刚刚查看已经更新到4.2.3的版本了

image-20230328194953732

安装指定版本的R和Rstudioserver

https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio/tags打开官网后，可以自由选择指定版本，如果不加参数，默认使用最新版。比如，想使用3.6版本的R，只需把命令末尾的rocker/rstudio替换为rocker/rstudio:3.6.1即可

第三步：文件传输

docker容器内是个完整的linux系统，这个系统共享宿主机内核，但其上层却是和宿主机隔离的，因而docker内部可以随意折腾，而不必担心把宿主机的系统弄崩溃，直接通过网页进入Rstudio后，发现里边无法找到我们所需要的文件。

若需要用这个Rstudio处理宿主机上的数据，我们需要将宿主机上的路径映射如容器内。通过-v参数实现，命令格式-v outDir:inDir，outDir为宿主机的路径，inDir为docker容器内映射的路径，两者都需要写绝对路径。

docker run  -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere \
                      -v /mnt/public:/home/rstudio/public_data \
                      rocker/rstudio

可以通过多个-v参数，往容器中挂载多个路径。

第四步：端口映射

可以通过-p参数将容器内部的端口映射到宿主机上，以便容器能够能够对外提供服务或者方便外部访问宿主机。命令格式-p outPort:inPort，outPort为映射出的宿主机端口，inPort为容器内部端口。

若宿主机同时运行多个镜像，多个镜像间，端口不要冲突 例如，某个正在运行的Rstudio容器，已经占据了8787端口，那么新启动的Rstudio容器，需要避开这个端口，例如将端口设置为-p otherPort:8787等，冒号前是外部端口，冒号后是docker内端口

重要补充

环境变量-e：

- PASSWORD：登录密码，必须设置
- USER：用户名
- ROOT：是否允许容器内对外部具有最高权限，这个一般需要关闭，如果开启的话虚拟机中可以对外部主机进行任意修改，很危险

一键式启动方案

docker run  --name myRstudio -d --restart always\
  -p 8787:8787 \
  -p 3838:3838 \
  -e USER=user \
  -e PASSWORD=passwd \
  -e USERID=1000 \
  -e GROUPID=1000 \
  -e ADD=shiny \
  -v /mnt/public:/home/ \
  rocker/rstudio