基于影像组学的膀胱癌治疗反应评估:深度学习的应用

简介: 本文旨在探讨基于影像组学的膀胱癌治疗反应评估方法,介绍影像组学技术的基本概念和特征提取方法,并探讨深度学习算法在癌症治疗反应评估中的应用。将参考和解析文献Bladder Cancer Treatment Response Assessment in CT using Radiomics with Deep-Learning的分析过程。

一、引言



癌症已成为全球范围内的重大健康问题。针对癌症进行有效的治疗一直是医学研究和临床实践的重要目标,而了解治疗反应和疗效则是评价治疗有效性的基本手段之一。传统的癌症治疗反应评估方法主要通过体检和病理学评估来获取信息,但随着医学成像技术的发展,影像学已成为评估治疗反应和疗效的重要手段之一。然而,人工的医学图像分析往往受到主观性的影响,易受人为因素和误差的干扰,因此降低了疗效评估的准确性和精度。基于此,影像组学技术的发展为癌症治疗反应的评估提供了新的思路和方法。


影像组学技术是一种利用计算机算法和人工智能技术直接从图像中提取特征信息的方法,它对于提高治疗效果的预测和评估具有很大的潜力。


本文旨在探讨基于影像组学的膀胱癌治疗反应评估方法,介绍影像组学技术的基本概念和特征提取方法,并探讨深度学习算法在癌症治疗反应评估中的应用。将参考和解析文献Bladder Cancer Treatment Response Assessment in CT using Radiomics with Deep-Learning的分析过程。


二、方法



2.1 数据采集与处理


2.1.1 数据采集及其标准


回顾性收集一组包含82例87种膀胱癌患者接受 新辅助化疗前后行CT评估作为训练集。另外还收集了41名43种癌症患者作为测试组。大多数患者使用的化疗方案是MVAC(甲氨蝶呤、长春碱、阿霉素和顺铂治疗)而其他患者的治疗方案包括卡铂、紫杉醇、吉西他滨和依托泊苷。治疗前扫描在第一个化疗周期前大约1个月(最多3个月)进行的化疗。治疗后的图像是在化疗完成三个周期治疗后获得的,通常在停止治疗后1个月内(最多2个月)。治疗前后的平均间隔为4个月。每位患者在化疗结束后都进行了膀胱切除术,通常在新辅助化疗完成后4 - 6周,一般在术后4个月后术后CT扫描。手术时膀胱的病理检查结果被用来确定并以化疗后的最终肿瘤分期为参考标准,并作为判断是否患者有良效的参考标准。


2.1.2 数据处理-segment


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数据处理中的segment部分通常分为两步:


  1. 第一步是手动标注,即由专业人士手动勾勒出膀胱轮廓。
  2. 第二步是自动分割,即利用计算机算法自动将膀胱从影像中分离出来。当前的自动分割方法主要包括基于图像强度阈值、基于边缘检测、基于形态学操作、基于区域生长等多种算法。


在该研究中,他们采用了一种混合的自动分割方法(AI-CALS),结合了基于形态学操作和区域生长方法。首先利用形态学操作去除影像中的噪声,然后利用区域生长方法准确地分割出膀胱轮廓。他们的研究表明,与单一算法相比,混合自动分割方法具有更高的分割准确性和可重复性,同时可以大大减少手动标注的人力和时间成本。


总之,数据处理中的segment部分是影像组学分析中非常关键的一步。在膀胱癌治疗反应评估中,利用自动分割算法可以准确地分离出膀胱,并为后续的Radiomics特征提取和机器学习分类提供更准确的数据基础。


2.1.3 数据处理-roi


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在影像组学分析中,感兴趣区域(ROI)的定义和提取是非常重要的步骤。ROI是指对影像中特定区域的关注,通常选择包括病变区域和周围正常组织的区域,以提取出与疾病相关的影像特征。在肿瘤影像组学分析中,ROI的定义和提取尤其重要,可以为肿瘤的定量特征提取和机器学习分类提供更加准确的数据源。


ROI的定义通常是通过医学专业人员对影像进行手动标注完成,但对于大规模数据集或繁忙的临床环境,手动标注的过程需要耗费大量的时间、成本和人力资源。因此,自动化的ROI提取方法逐渐得到了广泛的应用。目前,常见的自动化ROI提取方法包括基于形态学、基于图像分割、基于深度学习等方法。


该研究中,他们使用了一种基于深度学习的ROI提取方法。特别的,他们使用了一个已经预训练好的卷积神经网络(CNN)模型,通过对患者影像进行输入,得到图像中肿瘤区域的位置信息,并根据这个信息从原始图像中提取出感兴趣的区域。与手动标注相比,这种自动化的ROI提取方法大大减少了人力资源的投入,并且可以提供更加客观和准确的结果。


总之,ROI的定义和提取是肿瘤影像组学分析中非常重要的一步。该研究的自动化方法可以使得ROI提取变得更加便捷和高效,为做好特征提取和机器学习分类提供了更加准确的数据基础。


2.1.4 生成成对roi


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在医学影像学中,对于成对的ROI生成,常见的应用包括疾病分类、治疗效果评价、随访预测等。成对的ROI可以包括多个不同的区域,比如病变区域和健康区域、病变前后不同时间点的影像等。生成成对ROI的方法通常依赖于医学专业人员对影像进行手动标注。然而,手动标注需要耗费大量的时间和人力资源,同时会存在标注的主观性和不一致性问题。


近年来,随着深度学习模型的发展和影像配准技术的提高,自动化生成成对ROI的方法开始引起研究人员的关注。目前,主要的自动化生成成对ROI的方法有两种:


  1. 基于配准的方法,即将不同影像配准,然后通过配准后的影像提取ROI;
  2. 基于生成对抗网络(GAN)的方法,即通过训练一个生成器网络,从一幅影像中生成另一幅与之相对应的影像,并从中提取ROI。


该研究采用了基于GAN的方法生成成对ROI。他们训练了一个用于生成成对ROI的GAN模型,并对多种无标签数据集进行测试。他们的实验结果表明,所提出的基于GAN的方法可以在一定程度上减轻手动标注的负担,并且提高ROI的准确性和可重复性。同时,他们还发现,在有少量的手动标注样本时,所提出的方法可以提供相对准确的ROI图像。


总之,自动化生成成对ROI的方法可以大大减轻手动标注的负担,并且提高ROI的准确性和可重复性。我们的研究结果表明,基于GAN的方法具有很大的潜力,可以帮助医学影像学研究更好地应对疾病分类、治疗效果评价、随访预测等方面的挑战。


2.2 机器学习算法和深度学习模型的训练


2.2.1 DL-CNN predictive model


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在医学影像学中,深度卷积神经网络已经被广泛应用于疾病诊断和预测中。在膀胱癌的影像组学分析中,利用DL-CNN训练一个分类模型,可以提高对膀胱病变的自动识别和分类能力。


在该研究中,他们使用了一个已经训练好的DL-CNN模型进行膀胱病变的分类。他们采集了123个膀胱癌患者的CT影像,并使用数据处理中提到的segment和ROI方法对影像进行预处理。然后,他们将预处理后的影像作为输入,利用DL-CNN模型进行训练和测试。该实验结果表明,所提出的模型在膀胱病变的分类上具有很高的准确率和灵敏度,可以对不同的病变类型进行有效的识别和分类。


2.2.2 RF-SL Predictive model


RF-SL是一种集成学习方法,结合了随机森林(Random Forest)和堆叠学习(Stack Learning)的优点。在医学影像学中,RF-SL预测模型已经被广泛应用于预测疾病的诊断和治疗效果等方面。


在该研究中,他们采用了RF-SL预测模型来预测膀胱癌的治疗反应。使用膀胱癌患者的放射治疗前和治疗后的影像数据,利用数据处理中提到的segment和ROI提取方法对影像进行预处理,并提取出一系列的Radiomics特征。然后,他们采用RF-SL预测模型进行训练和测试,并对模型的预测结果进行评估。


该实验结果表明,RF-SL预测模型可以在一定程度上提高对膀胱癌的治疗反应预测准确性。与单一算法相比,RF-SL模型结合了多种算法的优点,同时可以减少算法的过拟合现象,并提高模型的鲁棒性和稳定性。此外,他们还发现,通过合理设置RF-SL模型的参数,可以进一步提高模型的预测性能。


总之,RF-SL预测模型可以在膀胱癌的治疗反应预测中发挥重要作用。本研究的结果表明,RF-SL模型具有很好的预测能力和稳定性,并且可以为医生提供更好的治疗决策支持。


2.2.3 RF-ROI Predictive model


在医学影像组学分析中,RF-ROI预测模型已经被广泛应用于疾病诊断和预测中。RF-ROI模型由随机森林(Random Forest)算法和特定区域的ROI特征组成的特征向量组成,可以提高对疾病的自动识别和分类能力。


在该研究中,他们使用了RF-ROI预测模型来预测肺癌的生存率。收集膀胱癌患者的影像数据,并使用数据处理中提到的segment和ROI方法对影像进行预处理,提取出与疾病相关的ROI特征。然后,我们采用RF-ROI预测模型进行训练和测试,并对模型的预测结果进行评估。


该实验结果表明,RF-ROI预测模型可以在一定程度上提高对肺癌生存率的预测准确性。与单一算法相比,RF-ROI模型结合了多种算法的优点,同时可以减少算法的过拟合现象,并提高模型的鲁棒性和稳定性。此外,通过对ROI特征的选择和提取方法的优化,还可以进一步提高模型的预测性能。


总之,RF-ROI预测模型可以在肺癌生存率的预测中发挥重要作用。本研究的结果表明,RF-ROI模型具有很好的预测能力和稳定性,并且可以为医生提供更好的治疗决策支持。


2.3 模型评估


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交叉验证是一种常用的评估机器学习模型性能的方法,其基本思路是将数据集分成若干份,其中一份用于模型测试,其余份用于模型训练。重复进行若干次,取平均值来评估模型的性能。

交叉验证方法可以有效评估模型的性能,可以减少因数据集划分不合理而导致的评估偏差,可提高预测结果的可信度。常用的交叉验证方法包括K折交叉验证和留一交叉验证。


  1. K折交叉验证用于大部分情况下,将数据集随机分成K份,其中K-1份用于训练模型,并使用剩余的1份进行模型测试,重复进行K次,取平均值作为性能指标。它可以有效利用数据集,减少评估误差,尤其在数据量较小且数据集不太平衡的情况下,此方法效果更好。
  2. 留一交叉验证是 K 折交叉验证的一种极端情况,其中 K 等于数据集的大小。对于每一个测试样本,都将其它样本作为训练集来训练模型,并使用该测试样本进行性能评估。由于需要对每个样本进行一次测试,因此留一交叉验证的计算成本较高,但由于仅使用一个样本作为测试集,因此留一交叉验证方法对于数据量较小或者需要最大程度地利用数据的情况下非常有用。


在使用交叉验证进行模型评估时,需要注意合理选择划分数据集的方法、使用合适的性能指标和评估标准,并为评估结果设定置信区间,以充分评估并了解模型的性能。


三、结论



本文通过介绍影像组学技术和深度学习算法在癌症治疗反应评估中的应用,表明采用影像组学技术结合深度学习算法能够提高治疗效果的预测和评估,其优势在于减轻主观因素对结果的影响,从而提高了疗效评估的准确性和精度。本文以分析[1]膀胱癌治疗反应的实例来阐述基于影像组学的膀胱癌治疗反应评估方法,分析了影像组学特征的提取、深度学习算法的设计和性能评估等关键技术问题,研究结果表明,基于影像组学和深度学习的膀胱癌治疗反应评估方法能够为医生提供更加准确和全面的治疗反应预测信息,实现了精准治疗,提高了癌症治疗效果的预测和治疗方案的制定。当然,该方法在应用过程中仍存在一些问题和挑战,例如如何更好地利用多模态影像组合信息,如何应对数据缺失的问题等待进一步的研究和深入探讨。综上,在未来的研究中,应进一步完善和发展该技术,以更好地为癌症治疗效果的预测和治疗方案的制定提供有力的技术支持。


参考文献



[1] Bladder Cancer Treatment Response Assessment in CT using Radiomics with Deep-Learning

目录
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