背景

Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。有时在安装运行过程中会出现报错：

ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to contact the license server at 10.10.10.1:8990

Jemalloc 是一个内存分配器，针对多线程方案中的高内存分配性能和更少的内存碎片进行了优化。可通过以下办法，修复这个ERROR。有关 jemalloc的更多信息，请参考 https://github.com/jemalloc/jemalloc

安装步骤

Sentieon建议安装一个预构建包，用户可能需要root 访问权限才能完成安装。

RHEL/CentOS 8.x

yum install epel-release
yum install jemalloc

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

默认情况下，安装在

/usr/lib64/libjemalloc.so.2

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

RHEL/CentOS 7.x

yum install epel-release
yum install jemalloc

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

默认情况下，安装在

/usr/lib64/libjemalloc.so.1

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

Ubuntu 20.04

apt update
apt install libjemalloc2

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

默认情况下，安装在

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

Ubuntu 18.04

apt update
apt install libjemalloc1

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

默认情况下，安装在

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

没有预构建软件包的其他系统，请参考jemalloc GitHub页面，https://github.com/jemalloc/jemalloc以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。

在Sentieon流程中加载jemalloc

可以使用环境变量在运行时加载jemalloc库到Sentieon中。

例如，在CentOS 8.x 系统上，在运行Sentieon 工具之前，您可以使用以下代码设置环境变量：

export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2

        

          
        
        
        

          

          AI 代码解读
        
      
      

Sentieon软件介绍
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。

Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。

截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。

软件试用：https://www.insvast.com/sentieon