从NCBI获取物种线粒体基因信息

简介: 本分分享了一种从 NCBI获取物种基因组信息页面提取其线粒体基因信息的操作指南,以供参考

以查找斑胸草雀(zebra finch)线粒体基因为例:
打开NCBI("https://www.ncbi.nlm.nih.gov"), 选择基因组数据库(Gneome)数据库搜索物种名: "zebra finch"

斑胸草雀基因组表单

跳转到斑胸草雀的基因组详情页,往下翻阅
斑胸草雀基因组染色体详情表单(1)

斑胸草雀基因组染色体详情表单(2)

在斑胸草雀的参考基因组染色体详细表单中定位到Type列为MT的染色体(线粒体基因组),记下MT染色体的RefSeq(Scaffold序列号)NC_007897.1
接下来下载斑胸草雀的参考基因组的注释文件,点击Assembly跳转
斑胸草雀基因组表单
Assembly下载页面

在斑胸草雀基因组的Assembly页面点击Download Assemblies 选择RefSeq(参考基因组)的Genomic.gtf文件下载注释文件,下载后打开
下载的gtf文件

用less -S 命令查看 less -S GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf ;红框的部分显示的是所有Scaffold序列号
斑胸草雀基因组gtf详情

用以下shell命令提取NC_007897.1序列(线粒体基因组)的的注释信息,然后提取出”gene"标签的内容,去重得到的便是线粒体基因名
cat GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf | awk '{if($1 == "NC_007897.1"){print $0}}' | awk '{match($0,/.+gene ([^;]+)/,a);print a[1]}' | sort -u >GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri.MitoFeatures.txt

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