考虑以下简单的速度测试arrayfun:
T = 4000; N = 500; x = randn(T, N); Func1 = @(a) (3a^2 + 2a - 1);
tic Soln1 = ones(T, N); for t = 1:T for n = 1:N Soln1(t, n) = Func1(x(t, n)); end end toc
tic Soln2 = arrayfun(Func1, x); toc 在我的机器上(Linux Mint 12上的Matlab 2011b),此测试的输出为:
Elapsed time is 1.020689 seconds. Elapsed time is 9.248388 seconds. 什么?!?arrayfun,虽然公认是一种更干净的解决方案,但速度要慢一个数量级。这里发生了什么?
此外,我进行了类似的测试cellfun,发现它比显式循环慢大约3倍。同样,此结果与我预期的相反。
我的问题是:为什么是arrayfun和cellfun这么多慢?鉴于此,是否有充分的理由使用它们(除了使代码看起来更好)?
注意:我在这里谈论的是标准版本arrayfun,而不是并行处理工具箱中的GPU版本。 问题来源于stack overflow
您可以通过运行其他版本的代码来获得灵感。考虑显式写出计算,而不是在循环中使用函数
tic Soln3 = ones(T, N); for t = 1:T for n = 1:N Soln3(t, n) = 3x(t, n)^2 + 2x(t, n) - 1; end end toc 在计算机上进行计算的时间:
Soln1 1.158446 seconds. Soln2 10.392475 seconds. Soln3 0.239023 seconds. Oli 0.010672 seconds. 现在,虽然完全“矢量化”的解决方案显然是最快的,但是您可以看到,为每个x条目定义要调用的函数都是巨大的开销。只需明确地写出计算,我们就能获得5倍加速。我猜这表明MATLAB JIT编译器不支持内联函数。根据gnovice的回答,实际上写一个正常的函数要好于匿名函数。尝试一下。
下一步-删除(向量化)内部循环:
tic Soln4 = ones(T, N); for t = 1:T Soln4(t, :) = 3x(t, :).^2 + 2x(t, :) - 1; end toc
Soln4 0.053926 seconds. 另一个因素5加速:这些语句中有一些内容表明您应该避免MATLAB中的循环...还是真的?看看这个
tic Soln5 = ones(T, N); for n = 1:N Soln5(:, n) = 3x(:, n).^2 + 2x(:, n) - 1; end toc
Soln5 0.013875 seconds. 更接近“完全”矢量化版本。Matlab按列存储矩阵。您应该始终(在可能的情况下)将计算的结构构造为“按列”矢量化。
现在我们可以回到Soln3。循环顺序是“行向”的。让我们改变它
tic Soln6 = ones(T, N); for n = 1:N for t = 1:T Soln6(t, n) = 3x(t, n)^2 + 2x(t, n) - 1; end end toc
Soln6 0.201661 seconds. 更好,但仍然很糟糕。单循环-好。双环-不好。我想MATLAB在改善循环性能方面做了不错的工作,但是循环开销仍然存在。如果您要在里面做一些较重的工作,您将不会注意到。但是由于此计算受内存带宽限制,因此您确实会看到循环开销。你会更清楚地看到调用FUNC1那里的开销。
那么,arrayfun怎么了?那里也没有函数inlinig,所以开销很大。但是为什么比双嵌套循环那么糟糕呢?实际上,已经多次广泛讨论了使用cellfun / arrayfun的主题(例如here,here,here和here)。这些函数很慢,您不能将它们用于这种细粒度的计算。您可以将它们用于单元格和数组之间的代码简洁性和精美转换。但是该功能必须比您编写的功能重:
tic Soln7 = arrayfun(@(a)(3x(:,a).^2 + 2x(:,a) - 1), 1:N, 'UniformOutput', false); toc
Soln7 0.016786 seconds. 请注意,Soln7现在是一个单元格了。有时这很有用。现在的代码性能非常好,如果需要使用单元格作为输出,则在使用完全矢量化的解决方案后,无需转换矩阵。
那么为什么arrayfun比简单的循环结构慢?不幸的是,由于没有可用的源代码,我们无法确定地说。您只能猜测,由于arrayfun是通用函数,可以处理各种不同的数据结构和参数,因此在简单情况下并不一定很快,您可以将其直接表示为循环嵌套。我们不知道开销来自何处。更好的实施方案可以避免开销吗?也许不吧。但是,不幸的是,我们唯一能做的就是研究性能,以确定哪些情况有效,哪些情况无效。
更新由于该测试的执行时间很短,为了获得可靠的结果,我现在在测试周围添加了一个循环:
for i=1:1000 % compute end 下面给出了一些时间:
Soln5 8.192912 seconds. Soln7 13.419675 seconds. Oli 8.089113 seconds. 您会看到arrayfun仍然很糟糕,但至少比矢量化解决方案差三个数量级。另一方面,具有按列计算的单个循环的速度与完全矢量化的速度一样快……所有操作都在单个CPU上完成。如果我切换到2个内核,则Soln5和Soln7的结果不会改变-在Soln5中,我必须使用parfor使其并行化。忘记加速... Soln7不能并行运行,因为arrayfun不能并行运行。另一方面,Olis矢量化版本:
Oli 5.508085 seconds.
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