火山图的意义
火山图可用于展示两组样本间基因表达水平差异的分布状况。
横轴log2 fold change差异表达倍数（Fold Change值，简称FC），差异越大的基因分布X轴在两端。
纵坐标用-log10 p-value表示，对P值进行-log10的转化。转化后，值越大就表示差异越显著。
数据格式
绘制
setwd(".../data")#设置目标路径,自己修改library(RColorBrewer)#配色用 df <- read.csv("df.csv",row.names = 1) #导入数据，第一列作为行名 fd <- 0.25 #设置foldchange阈值 cut.fd <- 0.25 pvalue <- 0.05 #设置p阈值 pdf( "df_volcano.pdf") #打开画板 plot(df$fd, -log10(df$P_value_adjust), col="#00000033", pch=19, xlab=paste("log2 (fold change)"), ylab="-log10 (P_value_adjust)") #筛选上下调 up <- subset(df, df$P_value_adjust < pvalue & df$fd > cut.fd) down <- subset(df, df$P_value_adjust< pvalue & df$fd< as.numeric(cut.fd*(-1))) #绘制上下调 points(up$fd, -log10(up$P_value_adjust), col=1, bg = brewer.pal(9, "YlOrRd")[6], pch=21, cex=1.5) points(down$fd, -log10(down$P_value_adjust), col = 1, bg = brewer.pal(11,"RdBu")[9], pch = 21,cex=1.5) #加上线p、fd阈值线 abline(h=-log10(pvalue),v=c(-1*fd,fd),lty=2,lwd=1) dev.off()#关闭
注：也可以用ggplot来绘制。
大功告成！
