ggsci | 让你的配色Nature化(下)

简介: ggsci | 让你的配色Nature化

辛普森(The Simpsons)


p1_simpsons <- p1 + scale_color_simpsons()
p2_simpsons <- p2 + scale_fill_simpsons()
grid.arrange(p1_simpsons, p2_simpsons, ncol = 2)

image.png


连续型调色板


用相关性热图来展示。

library("reshape2")
data("mtcars") #示例数据
cor <- cor(unname(cbind(mtcars, mtcars, mtcars, mtcars)))
cor_melt <- melt(cor)
p3 <- ggplot(
  cor_melt,
  aes(x = Var1, y = Var2, fill = value)
) +
  geom_tile(colour = "black", size = 0.3) +
  theme_bw() +
  theme(
    axis.title.x = element_blank(),
    axis.title.y = element_blank()
  )

image.png


GSEA


GSEA调色板的灵感来自GSEA GenePattern生成的热图。

p3_gsea <- p3 + scale_fill_gsea()
p3_gsea_inv <- p3 + scale_fill_gsea(reverse = TRUE)
grid.arrange(p3_gsea, p3_gsea_inv, ncol = 2)

image.png


Material Design


The Material Design color palettes are from the material design color guidelines.


先生成一个随机矩阵

library("reshape2")
set.seed(42)
k <- 9
x <- diag(k)
x[upper.tri(x)] <- runif(sum(1:(k - 1)), 0, 1)
x_melt <- melt(x)
p4 <- ggplot(x_melt, aes(x = Var1, y = Var2, fill = value)) +
  geom_tile(colour = "black", size = 0.3) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) +
  scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) +
  theme_bw() + theme(
    legend.position = "none", plot.background = element_blank(),
    axis.line = element_blank(), axis.ticks = element_blank(),
    axis.text.x = element_blank(), axis.text.y = element_blank(),
    axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_blank(),
    panel.background = element_blank(), panel.border = element_blank(),
    panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()
  )

用19种Material Design调色板绘制矩阵:

grid.arrange(
  p4 + scale_fill_material("red"), p4 + scale_fill_material("pink"),
  p4 + scale_fill_material("purple"), p4 + scale_fill_material("deep-purple"),
  p4 + scale_fill_material("indigo"), p4 + scale_fill_material("blue"),
  p4 + scale_fill_material("light-blue"), p4 + scale_fill_material("cyan"),
  p4 + scale_fill_material("teal"), p4 + scale_fill_material("green"),
  p4 + scale_fill_material("light-green"), p4 + scale_fill_material("lime"),
  p4 + scale_fill_material("yellow"), p4 + scale_fill_material("amber"),
  p4 + scale_fill_material("orange"), p4 + scale_fill_material("deep-orange"),
  p4 + scale_fill_material("brown"), p4 + scale_fill_material("grey"),
  p4 + scale_fill_material("blue-grey"),
  ncol = 6
)

image.png

非ggplot图


如果不是··作的图,可以直接调用颜色参数。

mypal <- pal_npg("nrc", alpha = 0.7)(9)
mypal
library("scales")
show_col(mypal)

image.png


总结


下表总结了所有可用的调色板。

image.png

参考

https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html

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