OpenEye | Windows下安装配置OpenEye

OpenEye简介

      OpenEye是一款用于药物先导发现和改造的专业工具，它不仅考虑了严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化，尤其擅长分子对接（包含三种对接算法）、基于静电和形状相似性的虚拟筛选（速度非常快）、基于片段的药物设计、预测水分子对蛋白-配体结合作用影响和预测药物构象自由能等。

OpenEye软件支持多CPU/多核心计算，支持Linux，Windows与Mac OS X。

OpenEye安装配置

Step1：安装Anaconda

Windows 10下安装Anaconda

Step2：运行 Anaconda Navigator

Step3：配置 OpenEye Channel

环境完成初始化后，点击“channels”，将弹出一个对话框。 点击“Add”，然后 添加OpenEye channels中输入https://conda.anaconda.org/openeye后 回车。 然后点击“Update channels”。

Step4：安装 OpenEye相关包

选中‘Not installed’ or ‘All’ ，在 ‘Search packages’ 窗口输入openeye回车；

将出现一个对话框，指示openeye-toolkits并将安装其他依赖项； 点击“Apply”。

Step5：测试OpenEye

https://docs.eyesopen.com/toolkits/python/_downloads/oecheminfo.py

运行

python oecheminfo.py

运行结果：

nstalled OEChem version: 2.3.0 platform: microsoft-win64-msvc14-x64 built: 20191016 release name: 2019.Oct.2

Examples: C:\Anaconda3\lib\site-packages\openeye\examples

Doc Examples: C:\Anaconda3\lib\site-packages\openeye\docexamples

code| ext           | description                       |read? |write?

----+---------------+-----------------------------------+------+------

 1 | smi           | Canonical stereo SMILES           | yes  | yes

 2 | mdl,mol,rxn   | MDL Mol                           | yes  | yes

 3 | pdb,ent       | PDB                               | yes  | yes

 4 | mol2,syb      | Tripos MOL2                       | yes  | yes

 5 | usm           | Non-Canonical non-stereo SMILES   | yes  | yes

 6 | ism,isosmi    | Canonical stereo SMILES           | yes  | yes

 7 | mol2h         | MOL2 with H                       | yes  | yes

 8 | sdf,sd        | MDL SDF                           | yes  | yes

 9 | can           | Canonical non-stereo SMILES       | yes  | yes

10 | mf            | Molecular Formula                 | no   | yes

11 | xyz           | XYZ                               | yes  | yes

12 | fasta,seq     | FASTA                             | yes  | yes

13 | mopac,pac     | MOPAC                             | no   | yes

14 | oeb           | OEBinary v2                       | yes  | yes

15 | dat,mmd,mmod  | Macromodel                        | yes  | yes

16 | sln           | Tripos SLN                        | no   | yes

17 | rdf,rd        | MDL RDF                           | yes  | no

18 | cdx           | ChemDraw CDX                      | yes  | yes

19 | skc           | MDL ISIS Sketch File              | yes  | no

20 | inchi         | IUPAC InChI                       | yes  | yes

21 | inchikey      | IUPAC InChI Key                   | no   | yes

22 | csv           | Comma Separated Values            | yes  | yes

23 | json          | JavaScript Object Notation        | yes  | yes

24 | cif           | Crystallographic Information File | yes  | no

25 | oez           | Zstd Compressed OEBinary          | yes  | yes

26 | cif           | Macromolecular Crystallographic Information Framework | yes  | no

----+---------------+-----------------------------------+------+------

License文件配置

Microsoft Windows 7/8.1/10:

license文件oe_license.txt放入下面文件夹

C:\Users\USERNAME\AppData\Local\OpenEye

Linux/UNIX:

~USERNAME/.OpenEye

macOS:

/Users/USERNAME/Library/OpenEye