Win10（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）
Linux（CentOS 7）（64位）系统下安装Pymol（1.8.6）
Pymol（1.8.6）作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型
Pymol（1.8.6）作图技巧之创建质心
Pymol | Pymol绘制GridBox图
PyMOL
PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：
高质量科学论文发表图形
动画制作
文档文件和会话文件并存
鼠标操作与命令行操作
免费的开放源码
缺点：
缺乏足够的文件资料
没有UNDO功能
功能不完善
PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL官网
PyMOL维基
https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page
命令行操作
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写。
Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：
Pymol> keyword argument
其中关键词（keyword） 如load、 zoom、 color、 set等等， 是必须的， ；
而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：
Pymol> quit
通常情况下需要加变量，当不加任何变量时， Pymol会默认一个变量all。
在Internal GUI中，我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作，所以我们一定要熟悉，All指所有的对象，(sele)是选择的对象按钮
A:代表对这个对象的各种action，
S：显示这个对象的某种样式，
H：隐藏某种样式，
L：显示某种label，
C：显示的颜色
对象选择
Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件，并命名
Pymol> fetch object # 直接从网上下载，不用加后缀
#如果打开了多个PDB文件，想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
Pymol> disable object-name Pymol> enable object-name
#删除选定的目标或者整个对象：
Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name
对象显示
Pymol> show representation #以不同方式显示蛋白质结构
Pymol> hide representation
Pymol>as representation #不论原来有多少种表示形式，只显示一种
其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。
