关键词：临床试验；变异检测；基因检测；
文献介绍
- 标题（英文）：Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study
- 标题（中文）：美国大型综合医疗系统中mRNA BNT162b2新冠疫苗接种后6个月内的有效性：一项回顾性队列研究
- 发表期刊：THE LANCET
- 作者单位：美国加利福尼亚州帕萨迪纳市南加州凯撒医疗机构研究与评估部等
- 发表年份：2021
- 文章地址：DOI: 10.1016/S0140-6736(21)02183-8
图1 文献介绍
新冠疫情爆发以来，疫苗的开发和应用成为全球应对COVID-19的关键策略。其中，BNT162b2 mRNA疫苗因其快速开发和高效性而备受关注。然而，随着时间推移和新变异株的出现，评估疫苗的长期有效性变得至关重要。为此，研究人员进行了一项大规模研究，旨在评估BNT162b2疫苗在实际使用中的长期有效性。
测序流程
在生物信息学处理阶段，研究组使用Sentieon Haplotyper 检测SARS-CoV-2的变异。
Sentieon Haplotyper以高性能和速度著称，能够比传统工具更快地处理数据，同时保持或提高准确性，尤其在复杂区域的变异检测方面表现出色。Haplotyper具有良好的可扩展性和一致性，易于集成到现有生物信息学流程中，并能支持多种变异类型的检测。适应性强，可处理各种测序数据，且内存需求较低。
图2 Sentieon的作用
这项研究采用回顾性队列研究设计，分析了2020年12月14日至2021年8月8日期间3,436,957名12岁及以上的样本数据，其中1,043,289人完全接种了疫苗。这种研究方法能够有效评估疫苗在实际使用中的长期效果，提供了更为可靠和具有代表性的结果。
图3 南加州凯撒医疗机构12岁以上会员（n=3,436,957）的选定特征，按BNT162b2疫苗接种状态（截至2021年8月8日）和SARS-CoV-2结果（2020年12月14日至2021年8月8日）分类
研究发现，BNT162b2疫苗对SARS-CoV-2感染的总体有效性为73%，对COVID-19相关住院的有效性达90%。这一结果表明，疫苗在预防感染和减少严重疾病风险方面均表现出显著效果。然而，研究也揭示了疫苗效力在不同年龄组和时间段的变化。
图4 预防SARS-CoV-2感染和住院的调整后估计疫苗有效性 (A) 按年龄组和完全接种BNT162b2疫苗后的月数分类的预防SARS-CoV-2感染的疫苗有效性（95%置信区间） (B) 按年龄组和完全接种BNT162b2疫苗后的月数分类的预防COVID-19住院的疫苗有效性（95%置信区间） *BNT162b2疫苗于2021年5月获准用于12-15岁人群，因此该年龄组的随访时间有限
在年龄方面，12-15岁年龄组中疫苗对感染的有效性最高，达91%，而在65岁及以上年龄组中最低，为61%。这种差异可能反映了不同年龄组免疫系统对疫苗的响应能力差异，也为制定针对性的疫苗接种策略提供了依据。
图5 a) 按年龄组和BNT162b2疫苗接种状态分类的预防SARS-CoV-2感染的未调整和调整后疫苗有效性及95%置信区间。 b) 按年龄组和BNT162b2疫苗接种状态分类的预防SARS-CoV-2住院的未调整和调整后疫苗有效性及95%置信区间
时间因素对疫苗效力的影响尤为显著。对感染的保护效力从完全接种后第一个月的88%降至5个月或更长时间后的47%。这一发现强调了监测疫苗长期效力和考虑加强剂量的必要性。相比之下，疫苗对住院的保护效力在研究期间保持相对稳定，从完全接种后第一个月的87%到5个月后的88%，表明疫苗在预防严重疾病方面的持久性。
图6 a. 按年龄组和完全接种BNT162b2疫苗后的月数分类的预防SARS-CoV-2感染的调整后疫苗有效性及95%置信区间。 b. 按年龄组和完全接种BNT162b2疫苗后的月数分类的预防SARS-CoV-2住院的调整后疫苗有效性及95%置信区间
针对Delta变异株，研究提供了宝贵的见解。疫苗对Delta的整体有效性为75%，低于对其他变异株的91%。然而，疫苗对Delta引起的住院仍然保持高效，有效性为93%。这一结果强调了疫苗在面对新变异株时仍具有重要防护作用，尤其是在预防严重疾病方面。
图7 按完全接种后的月数和测序结果分类的BNT162b2预防SARS-CoV-2感染的调整后*疫苗有效性及95%置信区间
值得注意的是，尽管疫苗对感染的保护效力随时间下降，但对严重疾病的保护在所有年龄组中都保持较高水平。这一发现凸显了疫苗在预防COVID-19相关住院和严重疾病方面的持续重要性，为公共卫生决策提供了重要依据。
Sentieon 软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。截至 2023 年 3 月份，Sentieon 已经在全球范围内为 1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如 NEJM、Cell、Nature 等广泛引用，引用次数超过 700 篇。此外，Sentieon 连续数年摘得了 Precision FDA、Dream Challenges 等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
文献讨论
图8 文献讨论
这项研究证实了BNT162b2疫苗在预防COVID-19，尤其是严重病例方面的有效性。虽然疫苗对感染的保护作用随时间有所减弱，特别是对Delta变种，但对住院的保护在研究期间仍保持稳定。这一发现强调了继续推广疫苗接种的重要性。
研究结果表明，疫苗效力的下降主要是由于时间因素，而非Delta变种的免疫逃逸。这为考虑加强剂量提供了依据，以恢复初期的高水平保护。然而，在制定加强剂量政策时，还需要考虑全球疫苗供应的现状。
尽管研究存在一些局限性，如无法控制所有潜在混杂因素，但它为理解疫苗在实际应用中的表现提供了宝贵数据。研究结果强调了持续监测疫苗长期有效性的必要性，特别是在新变种出现和即将到来的呼吸道病毒季节的背景下。
结论
总的来说，这项研究提供了BNT162b2疫苗在实际使用中的长期有效性的全面图景。研究结果不仅对评估和应对新变异株的威胁具有重要的参考价值，也为未来可能出现的变异株做好准备提供了科学基础。更重要的是，这项研究强调了持续监测疫苗有效性的必要性，为全球公共卫生决策提供了宝贵的实证数据，有助于制定更精准的疫苗接种策略和公共卫生措施。
