WaveRider for Sentieon,加速云中的下一代测序

本文涉及的产品
云服务器 ECS,每月免费额度280元 3个月
云服务器ECS,u1 2核4GB 1个月
简介: Memory Machine软件的WaveRider功能提高了Sentieon性能40%,这是Sentieon基因组分析相对于开源替代品的10倍性能优势的补充。

近日,Big Memory软件的先驱MemVerge®与基因组软件市场领导者Sentieon®宣布展开合作,加速在公有云中进行下一代测序(NGS)。

MemVerge和Sentieon将高效率的云自动化平台与先进的基因组软件引擎相结合,形成了适用于Sentieon的WaveRider。对于试图通过加速任务完成来降低云成本的生物信息学家和生物技术研究人员,Memory Machine软件的WaveRider功能提高了Sentieon性能40%,这是Sentieon基因组分析相对于开源替代品的10倍性能优势的补充。

作为合作的一部分,图片WaveRider for Sentieon用户每月可获得最多5000核小时的免费Sentieon使用权。

01

HZPC的实践:基因组测序处理的显著改善

全球驰名的马铃薯基因组研究市场领导者HZPC面临在云中运行数千个长时间运行的下一代测序作业的成本和时间挑战。随着样本的收集增加,计算时间迅速增加。HZPC需要一个既能缩短计算时间又能减少云成本的平台。使用WaveRider for Sentieon,HZPC看到了显著的性能改善和成本节约。

“我们对WaveRider for Sentieon解决方案的性能印象深刻。初步测试显示出4-5倍加速,我们期望在调优解决方案时进一步改善结果。更快的处理速度再加上利用spot instances显著降低了我们的云成本,” HZPC生物信息学项目负责人Remco Ursem表示,“这个解决方案使我们能够比以往更有效地完成我们的NGS运行,并将帮助我们的研究提升到一个新的水平。”图片

02

WaveRider for Sentieon

Sentieon软件为BWA-MEM、STAR、Minimap2、GATK、Mutect2和大型队列联合调用提供了可替代方案,还提供了具有增强准确性和速度的其他变异调用流程。Sentieon软件支持目前所有可用的短读和长读测序平台,具有:

• 获奖级准确性
• 快速交付时间
• 大幅降低成本

Sentieon工具通过优化的计算算法设计和企业级软件实施实现其效率,并使用行业最经过验证的数学方法实现高准确性。

“通过与MemVerge合作,Sentieon进一步扩大了对其先进基因组软件引擎的访问,并进一步提高了Sentieon市场领先产品的性能,” Sentieon的产品管理总监Frank Hu表示,“通过与MemVerge的Memory Machine Cloud结合,WaveRider for Sentieon解决方案真正成为世界上快且高效的公共云下一代测序(NGS)引擎。”

WaveRider:相对基准的40%速度提升

MMCloud是一个强大而直观的计算软件平台,专为在云端运行数据密集型管道和交互式计算应用而设计。其创新的WaveRider技术能够根据工作负载的实时需求调整云资源。

当在MMCloud上启动Sentieon工作负载时,它们能够智能地利用WaveRider技术,在需要时灵活调配更多资源,而在适当时精准地使用更少资源。这一创新性的技术带来了前所未有的性能提升和成本效益。

在进行WGS基准测试时,WaveRider for Sentieon解决方案相对于基准提高了40%的性能,同时通过使用On-Demand实例,成功降低了34%的云成本。更进一步,通过使用spot instances,我们能够实现更大幅度的云成本降低。这标志着在云计算领域取得了令人瞩目的进展,为用户提供了更高效、更经济的解决方案。

“基因组研究人员在利用公共云的过程中面临的最大障碍是成本、资源效率和易用性,” MemVerge的首席运营官Jon Jiang表示,“我们设计Memory Machine Cloud来通过自动化解决这些挑战。通过致力于将我们强大的云自动化平台与Sentieon领先的二次分析引擎集成,我们正在使基因组分析比以往任何时候都更加高效,最终帮助加速发现。”

WaveRider for Sentieon现已上线。通过此集成解决方案,MemVerge为用户提供免费license访问Sentieon基因组软件,具体免费额度可联系我们进行咨询。

Sentieon系列内容: Sentieon开箱测评
产品已上架云市场,点击立享30天免费试用。

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