scatter_paired_line
今天我们复现一幅2022年7月发表在nature communications上的配对连线散点图。
❝Title：Evaluation of transplacental transfer of mRNA vaccine products and functional antibodies during pregnancy and infancy
❞
之前复现过的「散点图」：
- 跟着 Cell 学作图 | 箱线图+散点(组间+组内差异分析)
- R实战 | 对称云雨图 + 箱线图 + 配对散点 + 误差棒图 +均值连线
- 跟着 Cell 学作图 | 分组抖动散点图+差异分析
- 跟着 Cell 学作图 | 分组蜂群图+均值线+差异分析(组间+组内)
本期图片
figure
结果展示
❝纯R实现，放心食用。
❞
复现结果
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绘制
# 生成示例数据 dt = data.frame(sample = paste0('sample',1:30), A = runif(30,0,450), B = runif(30,100,500), C = runif(30,0,300)) head(dt) # 长宽转换 library(tidyverse) library(reshape2) dt_long <- melt(dt, measure.vars = c("A","B",'C'), variable.name = "group", value.name = "value") # 绘图 library(ggplot2) library(ggthemes) head(dt_long) # 绘制散点图+配对连线 p1 <- ggplot(dt_long,aes(group, value, fill = group))+ geom_line(aes(group = sample), size = 0.5)+#图层在下，就不会显示到圆心的连线 geom_point(shape = 21, size = 3, stroke = 0.6, color = 'black')+ scale_x_discrete(expand = c(-1.05, 0)) + # 坐标轴起始 scale_fill_manual(values = c('#800040','#fc6666','#108080'))+ geom_rangeframe() + # 坐标轴分离 theme_tufte() + theme(legend.position = 'none', # 标签字体等 axis.text.y = element_text(size = 14, face = "bold"), axis.text.x = element_text(size =14, face = "bold"), axis.title.y = element_text(size = 15, color = "black", face = "bold")) + labs(x = ' ', y = 'Values') p1 # 为了绘制原图的差异形式 手动计算p值 library(rstatix) result = t_test(dt_long,value~group) head(result) # 添加显著性标记 p2 <- p1 + coord_cartesian(clip = 'off',ylim = c(0,500))+ theme(plot.margin = margin(1,0,0,0.5,'cm'))+ annotate('segment',x=1,xend=1.99,y=510,yend=510,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=1,xend=1,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=1.99,xend=1.99,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=2.01,xend=3,y=510,yend=510,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=2.01,xend=2.01,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=3,xend=3,y=505,yend=515,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=1,xend=3,y=530,yend=530,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=1,xend=1,y=525,yend=535,color='black',cex=.6)+ annotate('segment',x=3,xend=3,y=525,yend=535,color='black',cex=.6)+ annotate("text", x = 1.5, y = 520, label ="p = 0.080",size = 6)+ annotate("text", x = 2.5, y = 520, label ="p = 0.129",size = 6)+ annotate("text", x = 2, y = 540, label ="p = 0.0004",size = 6) p2 ggsave('paired_scatter.pdf',p2,width = 8,height = 7)
复现结果
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