肿瘤测序系列文章-1
- 标题（英文）：Knockdown of NUSAP1 inhibits cell proliferation and invasion through downregulation of TOP2A in human glioblastoma
- 标题（中文）：敲减通过控制TOP2A下调的NUSAP1可以抑制人胶质母细胞瘤的细胞增殖和侵袭
- 发表期刊：Cell Cycle
- 作者单位：山东大学齐鲁医院等
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.1080/15384101.2022.2074199
图1 文献介绍
多形性胶质母细胞瘤（GBM）是最恶性的原发性人脑肿瘤类型，其特征是增殖率高，预后不良，其中 5 年生存率仍然低于 5%。在过去的40年中，已经实施了多种治疗方式来提高生存率。然而，由于GBM的高侵入性，肿瘤组织不能通过手术完全切除，从而导致肿瘤复发。
核仁和纺锤体相关蛋白 1 （NUSAP1） 是一种不可或缺的有丝分裂调节因子，据报道参与几种类型癌症的发展、进展和转移。
在本研究中，研究者研究了NUSAP1在人GBM中的表达和功能。研究者首先分析了公开数据库中的分子和临床数据，发现NUSAP1表达在GBM组织样本和GBM细胞系中显着上调。随后，在体外和体内模型中使用敲低策略来探索NUSAP1在GBM中的功能，并鉴定可能介导NUSAP1功能的共调控分子，例如拓扑异构酶2A（TOP2A）。该研究的研究结果为治疗GBM的新型靶向治疗提供了一种潜在的策略。
样本转录组分析过程中，研究者使用Sentieon软件进行SNV和InDels检测分析。
综上所述，该研究证明了NUSAP1可能通过触发细胞凋亡来抑制体外和体内GBM细胞的增殖和侵袭。诱导细胞凋亡可能是由于伴随TOP2A表达的下调。因此，该研究为NUSAP1在人GBM发展中可能的致癌作用提供了新的见解，并进一步证明了沉默NUSAP1在恶性人脑肿瘤中的治疗相关性。
肿瘤测序系列文章-2
- 标题（英文）：Palbociclib-based high-throughput combination drug screening identifies synergistic therapeutic options in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma
- 标题（中文）：基于Palbociclib的高通量联合药物筛选确定了HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的协同治疗选择
- 发表期刊：BMC Medicine
- 作者单位：上海交通大学医学院附属第九人民医院等
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.1186/s12916-022-02373-6
人瘤病毒阴性（HPV-）头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是HNSCC的一个主要亚型，与HPV阳性疾病相比，其临床结局较差，对放化疗以及针对EGFR和PD-1的治疗的反应率较低。在超过一半的HNSCCs HPV- 中观察到CCND1和CDKN2A畸变介导的细胞周期信号传导的失调;这一发现强烈建议在这种疾病中研究CDK4 / 6抑制剂。 。
以组合矩阵的形式筛选了162种FDA批准的药物和在研药物，并在更广泛的HPVneg HNSCC细胞系中验证了最佳组合。还进行了转录组分析，以探索药物协同作用的分子机制。最后，在一组基因多样化的 HPVneg HNSCC 细胞系和患者衍生异种移植模型中，评估并比较了基于 palbociclib 的最有效药物组合与 palbociclib 加西妥昔单抗或顺铂。
样本基因组分析过程中，研究者使用Sentieon软件TNseq模块进行somatic SNV和InDels检测分析。
综上所述，研究者提供了一个基于帕博昔单抗的全面的药物相互作用数据集，并确定了alpelisib（一种PI3Kα抑制剂）在HPVneg HNSCC中是最有效的增效剂，尤其是在PIK3CA改变的病例中疗效更高。此外，通过使用一组不同基因的细胞系和 PDX 模型，该研究发现 palbociclib 加 alpelisib 的疗效优于 palbociclib 加西妥昔单抗或顺铂，后者目前正在 HNSCC 的临床试验中进行研究。因此，对基于palbociclib的药物组合的研究有助于深入了解与CDK4/6抑制相关的系统性联合效应，并支持进一步探索在生物标志物指导下使用palbociclib加alpelisib组合治疗HPV阴性HNSCC的临床试验。
Sentieon软件介绍
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