1、NetworkX
NetworkX是一个用Python语言开发的图论与复杂网络建模工具，内置了常用的图与复杂网络分析算法，可以方便的进行复杂网络数据分析、仿真建模等工作。networkx支持创建简单无向图、有向图和多重图;内置许多标准的图论算法，节点可为任意数据;支持任意的边值维度，功能丰富。主要用于创造、操作复杂网络，以及学习复杂网络的结构、动力学及其功能。用于分析网络结构
建立网络模型，设计新的网络算法，绘制网络等等。
Gallery — NetworkX 3.0b1.dev0 documentation
非常强大，可以生成ER、SF、小世界等网络，有向网络等。
2、graphviz
Graphviz是一个开源的图形可视化软件。图的可视化是将结构信息表示为抽象图和网络图的一种方法。它在网络、生物信息学、软件工程、数据库和web设计、机器学习以及其他技术领域的可视化接口方面具有重要的应用。
Graphviz布局程序以简单的文本语言描述图形，并以有用的格式(如web页面的图像和SVG)生成图形;PDF或附言，以供纳入其他文件;或显示在交互式图形浏览器中。Graphviz对于具体图表有许多有用的特性，比如颜色、字体、表格节点布局、行样式、超链接和自定义形状的选项。
3、gnuplot
一款科学作图软件
非常非常强大、类似于MATLAB，但是有很多demo，及其方便。
4、graph-tool
专业画图。图，网络。
Graph-tool is an efficient Python module for manipulation and statistical analysis of graphs (a.k.a. networks). Contrary to most other Python modules with similar functionality, the core data structures and algorithms are implemented in C++, making extensive use of template metaprogramming, based heavily on the Boost Graph Library. This confers it a level of performance that is comparable (both in memory usage and computation time) to that of a pure C/C++ library.
5、matplotlib and seaborn
比较广泛，不在详细介绍了。
不过我用的最多哈哈哈。
